PRJNA255766:T细胞缺失下ATM缺陷促进NF-kB依赖性B细胞淋巴瘤 [aCGH]
数据基于小鼠模型,采用 aCGH 技术,围绕 T 细胞缺失背景下 ATM 缺陷促进 NF-kB 依赖性 B 细胞淋巴瘤发生这一主题,可用于研究相关淋巴瘤的基
![PRJNA255766: ATM deficiency in the absence of T cells promotes the development of NF-kB-dependent B cell lymphomas [aCGH]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/90116.jpg)
基本信息
资源简介
PRJNA255766:T细胞缺失下ATM缺陷促进NF-kB依赖性B细胞淋巴瘤 [aCGH]
PRJNA255766 是一个围绕小鼠模型建立的生物项目,主题为在 T 细胞缺失背景下 ATM 缺陷促进 NF-kB 依赖性 B 细胞淋巴瘤的发生。该项目采用 aCGH(比较基因组杂交)技术,属于肿瘤 / 淋巴瘤研究范畴,主题标签为 Variation。项目记录由 NCBI BioProject 收录,源站标题标注为 Mus musculus(ID 255766)。BioProject 作为生物数据的集合,通常关联某一项单一研究计划,来源于单一机构或联合体,并为用户提供统一入口,以便查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集可用于研究 T 细胞缺失、ATM 缺陷与 NF-kB 依赖性 B 细胞淋巴瘤发生之间的关联,尤其适合从基因组变异角度切入的淋巴瘤相关研究。
【数据集背景】
该数据集来源于 NCBI BioProject,项目编号为 PRJNA255766,源站标题为 Mus musculus(ID 255766)。其研究背景聚焦于小鼠模型中 T 细胞缺失条件下 ATM 缺陷对 NF-kB 依赖性 B 细胞淋巴瘤发生的促进作用。ATM 缺陷与 T 细胞缺失的组合是该研究关注的核心条件,而 NF-kB 依赖性则指向所发生淋巴瘤的分子特征。该项目的主题标签为 Variation,表明其数据内容与变异相关。本站将其归类为肿瘤 / 淋巴瘤,说明其在应用领域上属于肿瘤学中的淋巴瘤研究方向。BioProject 的通用定位是汇集与单一研究计划相关的生物数据,这些数据可来自单一组织或联合体,并为用户提供查找多种数据类型的统一入口。
【数据内容】
该数据集采用 aCGH 技术。aCGH 即比较基因组杂交,通常用于检测基因组拷贝数变异。结合主题标签 Variation 以及项目标题中关于 B 细胞淋巴瘤发生的内容,该数据集所涉及的数据类型与基因组变异相关。项目标题明确指向“ATM deficiency in the absence of T cells promotes the development of NF-kB-dependent B cell lymphomas”,说明其数据内容围绕 T 细胞缺失、ATM 缺陷、NF-kB 依赖性 B 细胞淋巴瘤这一系列生物学事件展开。源站描述仅对 BioProject 这一记录类型作出通用说明,未进一步列出该项目的具体样本数量、数据文件数量、变异位点数目或具体基因列表。除 aCGH 和 Variation 标签外,源站未提供更细化的数据内容描述。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI BioProject 数据库。源站标题为 Mus musculus(ID 255766),项目英文名为 PRJNA255766: ATM deficiency in the absence of T cells promotes the development of NF-kB-dependent B cell lymphomas [aCGH]。项目记录来自单一研究计划,符合 BioProject 作为生物数据集合的通用定义。关于样本采集的具体组织类型、小鼠品系背景、实验地点、采集时间、伦理审批信息以及具体研究机构或联合体名称,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤 / 淋巴瘤相关研究,尤其是围绕 B 细胞淋巴瘤发生机制的研究。由于项目主题涉及 T 细胞缺失背景下 ATM 缺陷促进 NF-kB 依赖性 B 细胞淋巴瘤,其潜在应用场景包括:从基因组变异层面探索 ATM 缺陷与淋巴瘤发生之间的关系;研究 T 细胞缺失对 B 细胞淋巴瘤发展的影响;以及围绕 NF-kB 依赖性淋巴瘤的分子特征开展分析。主题标签 Variation 提示该数据可用于变异相关分析。aCGH 技术的采用意味着该数据适合用于拷贝数变异层面的研究。以上适用方向均以项目标题和分类信息为依据,具体分析目标需结合使用者自身研究设计。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法、数据处理流程、分析工具或操作步骤。BioProject 记录的通用用途是提供统一入口,以便用户查找与该项目相关的多种数据类型。使用者可依据项目编号 PRJNA255766 在 NCBI BioProject 中定位该记录,并进一步访问其关联数据。关于如何下载、如何处理 aCGH 数据、如何进行变异调用或如何开展下游分析,源站未提供。
【质量与限制】
源站未提供该数据集的质量评估信息,包括数据完整性、覆盖度、重复性、批次效应或验证情况。该数据集基于小鼠模型,因此其结论向人类淋巴瘤研究的转化需谨慎对待。项目标题所描述的是 T 细胞缺失背景下 ATM 缺陷促进 NF-kB 依赖性 B 细胞淋巴瘤发生这一特定条件,其适用范围受该实验模型限制。aCGH 技术主要用于检测拷贝数变异,对于其他类型的基因组改变或表达层面的变化,该技术本身存在方法学局限。关于样本量、统计功效、数据质控标准及潜在偏倚,源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用格式、许可条款或使用限制。使用者如需引用或使用该数据集,应访问 NCBI BioProject 中编号为 PRJNA255766 的项目记录,以获取最新的引用与许可信息。关于数据再分发、商业使用或二次发表的授权条件,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA255766
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们的模型移除了T细胞作为淋巴瘤发生的靶标,同时也消除了T细胞依赖的免疫监视。这些小鼠专门发展出早发性IgM+ B细胞淋巴瘤,其在组织学和遗传学上类似于人类弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中的活化B细胞样(ABC)亚型。该数据集包括来自ATMKO.CD3eKO小鼠的B细胞淋巴瘤(肿瘤)的阵列CGH。总体设计:从荷瘤脾细胞中建立了总共23个ATMKO.CD3εKO B细胞淋巴瘤细胞系。根据制造商的方案提取并标记DNA。正常脾脏的DNA被用作这些实验的参考DNA。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失?
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