T-ALL中的NFAT转录组

T细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL)是一种侵袭性恶性肿瘤,可用的靶向疗法很少。我们此前报道,磷酸酶钙调磷酸酶(Cn)是T-ALL的LIC(白血病起始能力)潜能所必需的,这提示Cn是一个有意义的治疗靶点

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基因组分类T-ALLNFAT白血病转录组钙调磷酸酶白血病起始能力
NFAT transcriptome in T-ALL

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
许可
CC0 1.0 Universal (CC0 1.0) Public Domain Dedication
创建/更新时间
2026-10-22

资源简介

T-ALL中的NFAT转录组

NFAT transcriptome in T-ALL 是一个聚焦于肿瘤/白血病领域的转录组数据集,其关注对象为 T 细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL)。T-ALL 是一种侵袭性恶性肿瘤,目前可用的靶向疗法很少。既有研究曾报道,磷酸酶钙调磷酸酶(Cn)是 T-ALL 白血病起始能力(LIC)潜能所必需的,这提示 Cn 可能是一个有意义的治疗靶点;但钙调磷酸酶抑制剂存在不希望的副作用。NFAT 转录因子在钙调磷酸酶下游、在胸腺细胞发育、T 细胞分化、活化与能量代谢中发挥关键作用。该数据集围绕 NFAT 在 T-ALL 中的功能相关性展开,利用可对 Nfat 基因进行单基因或组合失活的小鼠 T-ALL 模型,展示 NFAT 对 T-ALL 的 LIC 潜能以及 T-ALL 细胞存活、增殖和迁移的必要性,并揭示 Nfat 基因在 T-ALL 中的功能冗余,同时鉴定出一个常被失调的基因节点。

【数据集背景】

T 细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL)是一种侵袭性恶性肿瘤,可用的靶向疗法很少。此前有报道指出,磷酸酶钙调磷酸酶(Cn)是 T-ALL 的 LIC(白血病起始能力)潜能所必需的,这使 Cn 成为有意义的治疗靶点;然而钙调磷酸酶抑制剂具有不希望的副作用。NFAT 转录因子在胸腺细胞发育、T 细胞分化、活化与能量代谢过程中位于钙调磷酸酶下游并发挥关键作用。该数据集正是在这一背景下,旨在阐明 NFAT 在 T-ALL 中的功能相关性。

【数据内容】

该数据集为 T-ALL 相关的 NFAT 转录组数据。根据源站描述,研究使用小鼠 T-ALL 模型,其中 Nfat 基因可被单独失活或组合失活;研究显示 NFAT 为 T-ALL 的 LIC 潜能所必需,并且对 T-ALL 细胞的存活、增殖和迁移至关重要。研究还证明 Nfat 基因在 T-ALL 中具有功能冗余性,并鉴定出一个常被失调的基因节点。源站描述在“identified a node of genes commonly deregu”处截断,该基因节点的完整信息源站未提供。数据集的具体样本数量、测序平台、基因列表、表达矩阵结构等细节源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 search.dataone.org。其英文名称为 NFAT transcriptome in T-ALL,本站分类为肿瘤 / 白血病。源站描述表明研究基于小鼠 T-ALL 模型开展,涉及对 Nfat 基因的单基因失活与组合失活。除此之外,样本采集地点、采集时间、实验批次、测序或检测平台等具体采集信息源站未提供。

【适用场景】

基于源站描述,该数据集适用于研究与 NFAT 转录因子相关的 T-ALL 生物学问题,包括 NFAT 在 T-ALL 白血病起始能力(LIC)潜能中的作用、NFAT 对 T-ALL 细胞存活、增殖和迁移的影响、Nfat 基因在 T-ALL 中的功能冗余性,以及钙调磷酸酶—NFAT 轴作为潜在治疗靶点的相关探索。也可用于关注 T-ALL 中常被失调的基因节点的分析。具体分析类型与适用范围源站未提供。

【使用方法】

源站未提供该数据集的具体使用方法,包括数据下载方式、文件格式、预处理步骤、分析流程或软件工具等均未说明。

【质量与限制】

该数据集采用 CC0 1.0 Universal(CC0 1.0)公共领域贡献许可。源站描述在“identified a node of genes commonly deregu”处中断,相关结论的完整表述源站未提供。数据集的样本规模、测序深度、质控指标、批次效应评估、验证实验范围等质量相关信息源站未提供。使用时应仅依据可获得的数据与描述,避免超出源站信息范围推断其具体属性。

【引用与许可】

该数据集英文名称为 NFAT transcriptome in T-ALL,来源站为 search.dataone.org,许可为 CC0 1.0 Universal (CC0 1.0) Public Domain Dedication。除上述信息外,作者列表、发表文献、版本号与引用格式等源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://search.dataone.org/view/sha256%3A696661f5a40d1e77712d6442741d8696e3426794f66136194abc1b0e5848504b

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  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

T细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL)是一种侵袭性恶性肿瘤,目前可用的靶向治疗手段很少。我们此前报道,磷酸酶钙调神经磷酸酶(Cn)是T-ALL白血病起始能力(LIC)潜能所必需的,提示Cn是一个有意义的治疗靶点。然而,钙调神经磷酸酶抑制剂具有不良副作用。NFAT转录因子在胸腺细胞发育、T细胞分化、活化及无能(anergy)过程中于钙调神经磷酸酶下游发挥关键作用。本文中,我们阐明了NFAT在T-ALL中的功能相关性。利用可单独或联合失活Nfat基因的小鼠T-ALL模型,我们证明NFAT是T-ALL LIC潜能所必需的,并且对T-ALL细胞的存活、增殖和迁移至关重要。我们还证明Nfat基因在T-ALL中功能冗余,并鉴定出一个在Cn或NFAT失活后共同失调的基因节点,该节点可能成为未来T-ALL的候选靶点。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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