肾癌瘤内及关联区域单细胞转录组图谱

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/f7cecffa-00b4-4560-a29a-8ad626b8ee08

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肿瘤行为在很大程度上取决于癌细胞的致癌特性及其多细胞相互作用。为了理解更广泛微环境中的这些依赖关系，我们研究了来自12名肾肿瘤患者的超过270,000个单细胞转录组和100个显微切割的全外显子组，随后利用空间转录组学进行了验证。组织样本取自肿瘤核心的多个区域、肿瘤-正常组织交界处、正常周围组织以及外周血。我们发现，CD8+ T细胞克隆型的组织类型定位在很大程度上决定了其耗竭状态，且肿瘤内空间异质性无法用体细胞异质性充分解释。从单细胞RNA测序数据中进行从头突变检测，使我们能够广泛推断基质细胞的克隆性以及髓系细胞发育的谱系追踪。我们报告了六个区分肿瘤细胞功能的保守元程序，并发现一个上皮-间质转化元程序在肿瘤-正常组织交界处高度富集，与表达IL1B的巨噬细胞共定位，提供了一个潜在的治疗靶点。

疾病：肾良性肿瘤、肾嗜酸细胞瘤、非乳头状肾细胞癌、正常。组织：肾上腺组织、血液、肾脏、肾周脂肪、静脉。检测方法：10x 5’转录组分析、Visium空间基因表达V1。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。