用于ionScell验证的乳腺癌与胶质母细胞瘤细胞系单细胞MALDI-MSI数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.20070095

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 29.75 GB。

数据说明

本数据集包含通过细胞离心涂片沉积的人类细胞系样本，使用Bruker MALDI TimsToF flex质谱仪进行分析所获得的MALDI-MSI单细胞数据集。数据以imzML + ibd格式导出，用于ionScell单细胞MSI流程的开发与验证。数据集包括四个单独细胞系的采集数据：AU565（HER2阳性乳腺癌）、MDA-MB-231（三阴性乳腺癌）、MCF7（管腔型乳腺癌）、NCH82（胶质母细胞瘤）。细胞通过细胞离心涂片制备沉积在导电ITO载玻片上，以获得单层分布，然后进行MALDI-MSI采集。采集在正离子和负离子两种模式下进行。除单细胞系数据集外，还提供了两个混合细胞数据集：二元混合群体：AU565 + NCH82；三元混合群体：AU565 + MCF7 + MDA-MB-231（注：文件名中存在错误；实际使用的细胞系是MCF7而非NCH82）。对于每个混合数据集，采集均在正离子和负离子模式下进行。

这些数据集旨在评估使用ionScell工作流程进行自动单细胞分割、光谱提取、分子亚群检测和细胞类型区分的效果。文件以标准imzML/ibd格式提供，以便与SCiLS Lab、Cardinal、pyimzML和ionScell等MSI软件平台实现互操作。方法 样品制备：将细胞离心涂片沉积在ITO包被的载玻片上 基质：使用HTX喷雾器或HTX Sublimate制备的降哈尔满 仪器：Bruker MALDI TimsToF flex 采集模式：正离子和负离子 数据格式：centroid imzML + ibd 空间分辨率：10 µm 质量范围：350-1100 m/z

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。