六位乳腺癌患者非转移性与转移性淋巴结的RNA-seq数据
乳腺癌细胞抑制宿主免疫系统以有效侵入淋巴结，但其潜在机制仍不完全清楚。在此，我们报告转移的乳腺癌细胞选择性地消除CD169+巨噬细胞，这是抗癌免疫的启动者，从淋巴结中
基本信息
资源简介
六位乳腺癌患者非转移性与转移性淋巴结的RNA-seq数据
PRJDB15979 收录了一组来自六位乳腺癌患者的淋巴结 RNA-seq 数据，样本涵盖同一患者体内非转移性与转移性淋巴结。该数据集聚焦于乳腺癌细胞与宿主免疫系统之间的相互作用，特别是转移性乳腺癌细胞对淋巴结中 CD169+ 巨噬细胞的选择性消除现象。CD169+ 巨噬细胞被认为是抗癌免疫的启动者，其在转移淋巴结中的减少可能与肿瘤免疫逃逸密切相关。通过比较同一患者来源的非转移性与转移性淋巴结转录组，研究者发现转移性淋巴结中 CD169+ 巨噬细胞相关基因出现选择性下调。该数据集为探索乳腺癌淋巴结转移的免疫机制提供了转录组层面的资源。
【数据集背景】
乳腺癌细胞能够抑制宿主免疫系统，从而更有效地侵入淋巴结，但其潜在机制尚未被完全理解。该数据集所对应的研究关注淋巴结转移过程中免疫微环境的变化，尤其是转移性乳腺癌细胞对 CD169+ 巨噬细胞的影响。CD169+ 巨噬细胞被视为抗癌免疫的启动者，在免疫监视中发挥关键作用。研究收集了六位乳腺癌患者的淋巴结样本，这些患者均存在淋巴结转移，但没有临床证据表明存在远处器官转移。通过对比同一患者体内非转移性与转移性淋巴结的转录组，研究揭示了转移性淋巴结中 CD169+ 巨噬细胞相关基因的选择性下调。这一背景为理解乳腺癌淋巴结转移的免疫逃逸机制提供了重要线索。
【数据内容】
该数据集包含来自六位乳腺癌患者的淋巴结 RNA-seq 数据，样本分为非转移性淋巴结和转移性淋巴结两类。研究共从十六个淋巴结中采集了二十个激光显微切割切片，用于转录组测序分析。这些数据能够反映淋巴结在转移与非转移状态下的基因表达差异，特别是与 CD169+ 巨噬细胞相关的基因表达变化。通过比较同一患者配对样本的转录组，研究者发现转移性淋巴结中 CD169+ 巨噬细胞相关基因被选择性下调。数据集的核心内容即为这些淋巴结样本的 RNA-seq 表达谱，可用于进一步分析免疫相关基因在转移过程中的表达调控。
【采集与来源】
该数据集来源于 ebi.ac.uk，英文名称为 PRJDB15979: RNA-seq data of non-metastatic and metastatic lymph nodes from six breast cancer patients。样本采集自六位乳腺癌患者，这些患者均存在淋巴结转移，但无临床证据显示远处器官转移。研究采用激光显微切割技术从十六个淋巴结中获取了二十个切片，以确保样本的精确性和特异性。随后对这些切片进行 RNA-seq 测序，获得转录组数据。数据来源站为 ebi.ac.uk，本站分类为肿瘤 / 乳腺癌。源站描述中提及了研究的主要发现，即转移性乳腺癌细胞选择性消除 CD169+ 巨噬细胞，并导致相关基因在转移淋巴结中下调。
【适用场景】
该数据集适用于乳腺癌淋巴结转移相关的免疫机制研究，尤其是关注 CD169+ 巨噬细胞在抗癌免疫中作用的研究者。通过分析非转移性与转移性淋巴结的转录组差异，可以探索肿瘤细胞如何抑制宿主免疫系统并促进淋巴结转移。此外，该数据还可用于识别转移性淋巴结中免疫相关基因的表达变化，为潜在生物标志物或治疗靶点的发现提供线索。适用于肿瘤免疫学、乳腺癌转移机制、淋巴结微环境以及 RNA-seq 数据分析等研究方向。对于希望验证 CD169+ 巨噬细胞相关基因下调现象的研究，该数据集提供了直接的转录组证据。
【使用方法】
使用者可以下载该数据集中的 RNA-seq 数据，进行差异表达分析，比较同一患者来源的非转移性与转移性淋巴结之间的基因表达差异。重点关注 CD169+ 巨噬细胞相关基因的表达变化，以验证或拓展源站描述中的发现。分析时需考虑样本配对设计，即同一患者的非转移性与转移性淋巴结应作为配对样本处理，以减少个体间差异带来的干扰。此外，可结合基因集富集分析或通路分析，探索免疫相关通路的整体变化。由于数据涉及激光显微切割样本，分析时需注意样本量较小以及切片来源的异质性。源站未提供具体的分析流程或软件推荐，使用者需根据自身研究目的选择合适的方法。
【质量与限制】
该数据集基于六位乳腺癌患者的十六个淋巴结和二十个激光显微切割切片，样本量相对有限，可能影响统计功效和结论的普适性。研究仅纳入存在淋巴结转移但无临床远处转移证据的患者，因此结果可能不适用于已发生远处转移的乳腺癌病例。此外，源站描述中未提供测序深度、读长、比对率等具体技术参数，也未说明数据质量控制的具体措施。数据集仅包含 RNA-seq 数据，未涵盖其他组学或临床随访信息，可能限制对免疫机制的多维度解析。源站未提供关于数据质量与限制的更多细节，使用者需谨慎评估数据的适用性。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用格式或许可信息。使用者应直接访问 ebi.ac.uk 上的 PRJDB15979 页面，以获取最新的引用要求和许可条款。在未明确许可的情况下，建议遵循源站的一般使用政策，并尊重数据提供者的权益。源站未提供具体的引用文献或授权说明，因此无法在此列出。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJDB15979
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
乳腺癌细胞会抑制宿主免疫系统，以便高效侵袭淋巴结，但其潜在机制仍未完全阐明。在此，我们报道，发生转移的乳腺癌细胞会选择性地从淋巴结中清除CD169+巨噬细胞，而后者是抗癌免疫的启动者。我们从6例有淋巴结转移但无远处器官转移临床证据的乳腺癌患者的16个淋巴结中，采集了20个激光显微切割切片。通过比较同一患者非转移性与转移性淋巴结的转录组，我们发现CD169+巨噬细胞相关基因在转移性淋巴结中选择性下调。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
