Cosmc沉默Tn+ 4T1细胞小鼠三阴性肿瘤转录组图谱
异常O-糖基化与Tn抗原的积累与三阴性乳腺癌（TNBC）的侵袭性表型相关。为研究Tn抗原表达的转录组学后果，我们分析了携带CRISPR/Cas9介导的Cosmc基因沉默（Tn+）的小鼠4T1乳腺癌细胞与亲本野生型4T1细胞（WT）的基因表达谱
基本信息
资源简介
Cosmc沉默Tn+ 4T1细胞小鼠三阴性肿瘤转录组图谱
GSE332663 是一个聚焦三阴性乳腺癌（TNBC）转录组学特征的数据集，来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），在本站归类于肿瘤 / 乳腺癌方向。该数据集围绕异常 O-糖基化与 Tn 抗原积累这一与 TNBC 侵袭性表型相关的生物学现象展开，通过对比携带 CRISPR/Cas9 介导 Cosmc 基因沉默（Tn+）的小鼠 4T1 乳腺癌细胞成瘤组织与亲本野生型 4T1 细胞（WT）成瘤组织，获取基因表达谱，旨在揭示 Tn 抗原表达所引发的转录组学后果。数据基于小鼠成瘤样本的总 RNA，采用 Illumina NovaSeq X 技术进行 RNA 测序，为研究 O-糖基化异常在 TNBC 中的分子机制提供了转录层面的数据资源。
【数据集背景】
三阴性乳腺癌（TNBC）是一种侵袭性较强的乳腺癌亚型。异常 O-糖基化以及 Tn 抗原的积累被认为与 TNBC 的侵袭性表型相关。Cosmc 基因在 O-糖基化过程中具有重要作用，其功能缺失可导致 Tn 抗原的表达。为探究 Tn 抗原表达对肿瘤细胞转录组的影响，该数据集以小鼠 4T1 乳腺癌细胞为模型，构建了 CRISPR/Cas9 介导的 Cosmc 基因沉默细胞（Tn+），并与亲本野生型 4T1 细胞（WT）进行对比，从而在成瘤组织中分析基因表达差异。
【数据内容】
该数据集包含小鼠 4T1 乳腺癌细胞成瘤组织的基因表达谱数据。具体而言，样本分为两组：一组为携带 Cosmc 基因沉默（Tn+）的 4T1 细胞所形成的肿瘤，另一组为亲本野生型 4T1 细胞（WT）所形成的肿瘤。从这些成瘤组织中提取总 RNA，并进行了 RNA 测序。测序数据可用于比较 Tn+ 与 WT 肿瘤之间的转录组差异，进而反映 Tn 抗原表达相关的基因表达变化。数据集英文全称为 “Transcriptomic profiling of Cosmc-silenced Tn+ 4T1 cells-bearing triple-negative tumors in mice”。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），本站将其归类为肿瘤 / 乳腺癌。样本来自小鼠体内成瘤的 4T1 乳腺癌细胞，包括 Cosmc 沉默（Tn+）组和野生型（WT）组。总 RNA 提取自成瘤组织，并采用 Illumina NovaSeq X 技术进行 RNA 测序。源站描述中未提供样本数量、测序深度、具体小鼠品系、成瘤时间等更详细的采集信息。
【适用场景】
该数据集适用于研究三阴性乳腺癌中异常 O-糖基化与 Tn 抗原相关的转录组学变化。具体可应用于：比较 Cosmc 沉默（Tn+）与野生型 4T1 肿瘤之间的基因表达差异；探索 Tn 抗原表达对肿瘤细胞基因表达谱的影响；为 TNBC 侵袭性表型的分子机制研究提供转录组层面的参考数据；也可作为 O-糖基化相关通路分析的候选数据资源。由于数据基于小鼠 4T1 细胞模型，其结论向人类 TNBC 的转化需谨慎对待。
【使用方法】
使用者可通过 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov）获取该数据集。在获得测序数据后，通常可进行质量控制、比对至小鼠参考基因组、表达定量以及差异表达分析等标准 RNA 测序数据处理流程，以比较 Tn+ 与 WT 组之间的转录组差异。具体的数据格式、下载方式、分析流程及参数设置，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于小鼠 4T1 乳腺癌细胞成瘤模型，并非人类临床样本，因此其转录组发现向人类 TNBC 的外推存在物种与模型局限。样本仅涉及 Cosmc 沉默（Tn+）与野生型（WT）两组对比，源站未提供重复数、测序深度、批次信息及质量控制指标等，无法据此评估数据的统计效力与可重复性。此外，源站未提供完整的实验设计细节与数据分析结果，使用时应结合原始数据自行评估质量。
【引用与许可】
该数据集来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），英文名称为 GSE332663。关于具体的引用方式、作者信息、发表文献以及数据使用许可条款，源站未提供。
下载信息
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无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE332663
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
异常O-糖基化和Tn抗原的积累与三阴性乳腺癌（TNBC）的侵袭性表型相关。为了研究Tn抗原表达引起的转录组学后果，我们分析了携带CRISPR/Cas9介导的Cosmc基因沉默的小鼠4T1乳腺癌细胞（Tn+）与亲本野生型4T1细胞（WT）相比的基因表达谱。我们从（Tn和WT）小鼠的4T1细胞荷瘤组织中提取总RNA，并使用Illumina NovaSeq X技术进行RNA测序。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
