GSE329431: Environmental chemical mixtures reprogram mammary epithelial development to epigenetic states associated with breast cancer [Bisulfite-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE329431

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

环境暴露以复杂混合物形式发生，但其改变人类组织发育并赋予癌症易感性的机制仍不明确。在此，我们建立了一个生理性3D人乳腺类器官高内涵筛选（3D-HCS）平台，可将暴露引起的发育紊乱与癌症相关细胞状态定量关联。对结构多样的环境化学物进行单药及混合物筛选，揭示了异质性但可重复的发育反应，表明不同的环境化学物干扰乳腺形态发生的不同方面。聚焦双酚类，我们显示，一个生理剂量混合物（BPA、BPS和BPF；3BPX）会破坏类器官发育，并诱导以细胞外基质重塑、上皮可塑性和部分上皮–间充质转化（EMT）为特征的转录程序，伴随广泛的DNA甲基化重塑。3BPX暴露特征映射到ER⁺管腔型乳腺癌，并优先富集于浸润性小叶癌（ILC）——一种以上皮可塑性和基质相互作用为特征的亚型。

全基因组DNA甲基化谱分析显示，3BPX相关甲基化特征可在原发肿瘤和邻近正常组织中检测到，并在Normal-like型肿瘤和ILC中富集。总之，这些发现表明，环境相关化学暴露诱导了异质性发育扰动，这些扰动汇聚于与上皮可塑性、组织重塑和癌症易感性相关的保守转录和表观遗传程序。这些暴露诱导的状态以分子“瘢痕”形式持续存在，并定位于人类乳腺癌中明确的上皮和基质区室，支持这样一种模型：发育期暴露建立了一个致癌潜能增强的场。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。