基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-11-04

资源简介

PRJNA562895：结直肠癌表观基因组学 Hi-ChIP 数据集

PRJNA562895 是 NCBI BioProject 收录的一个生物项目，主题为结直肠癌表观基因组学景观的 Hi-ChIP 数据。该项目归属于肿瘤领域，在分类上被划入“肿瘤 / 其他”，其主题标签为 Epigenomics（表观基因组学）。作为 BioProject 体系中的一项记录，它汇集了与单一研究计划相关的生物数据，便于用户从统一入口查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集的核心关注点在于利用 Hi-ChIP 技术刻画结直肠癌的表观基因组学特征，为相关研究提供数据资源。以下从背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量与限制以及引用与许可等方面进行介绍。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种项目级数据组织方式，用于汇集与某一项研究计划相关的生物数据。按照 NCBI 的说明，一个 BioProject 通常源自单一机构或联合体，其记录为用户提供一个统一的位置，以便找到该项目所生成的各种数据类型。PRJNA562895 正是这样一个项目记录，其研究主题聚焦于结直肠癌的表观基因组学景观，并采用 Hi-ChIP 技术获取相关数据。该项目的主题标签为 Epigenomics，表明其数据内容属于表观基因组学范畴。在分类上，该数据集被归入肿瘤领域下的“其他”类别。

【数据内容】

该数据集为结直肠癌表观基因组学景观的 Hi-ChIP 数据。Hi-ChIP 是一种用于研究染色质三维构象与表观遗传修饰的技术，但关于该数据集具体包含的样本数量、数据文件类型、测序深度、基因组覆盖度、分辨率等具体指标，源站未提供。该项目的主题标签为 Epigenomics，说明其数据与表观基因组学相关。除此之外，关于数据的具体组成、文件格式、数据量等信息，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject，源站为 ncbi.nlm.nih.gov。其英文名称为 PRJNA562895: Hi-ChIP dataset for epigenomics landscape of colorectal cancer。源站标题为 BioProject - NCBI。关于样本采集的具体方法、实验设计、测序平台、建库方式、采集时间与地点等细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于结直肠癌表观基因组学相关的研究场景，尤其是涉及 Hi-ChIP 数据的分析工作。由于主题标签为 Epigenomics，它可能用于探索结直肠癌中染色质构象与表观遗传修饰的关系。关于具体的适用分析类型、可回答的生物学问题、是否适用于临床或转化研究等，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 记录进行访问，用户可在该记录中查找与项目相关的多种数据类型。关于具体的数据下载方式、所需工具、分析流程、预处理步骤等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 收录的项目记录，其数据质量与限制信息源站未提供。关于数据完整性、批次效应、技术偏差、样本代表性等具体质量指标，源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE136629

访问原始数据

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付，我们提供全链路闭环服务，让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持？联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

免费样本无法满足模型训练要求？千方提供经三甲医院脱敏、带病理回证与专家标注的商业级专病数据集。

去商城查看获取定制方案

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA562895

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

增强子异常正逐渐成为结直肠癌的一个关键特征，然而，我们对区分肿瘤的表观基因组模式以及肿瘤间潜在异质性的了解仍然有限。在此，通过对结直肠肿瘤、腺瘤和正常结肠组织进行表观基因组分析，我们鉴定出结直肠癌中独特的调控元件模式，该模式能够可靠地将肿瘤与正常结肠标本区分开来。我们利用正常邻近结肠、腺瘤和腺癌，定义了结直肠癌进展过程中的共享和独特增强子元件。我们验证了重要癌基因如ASCL2和Fzd10的肿瘤特异性增强子的功能特性。NMF聚类在结直肠癌中鉴定出4种表观遗传（EPIC）亚型，其与共识分子亚型（CMS）1相似，但优势在于引入了一种新的表观遗传可识别亚型，该亚型预后和生存较差。基于这一相关性，我们定义并验证了一种针对3种CMS亚型的增强子阻断BETi与通路特异性抑制剂联合治疗策略。

总之，通过全面表征结直肠肿瘤中的染色质状态模式，我们定义了肿瘤进化过程中的表观基因组模式、患者间增强子的异质性以及针对CMS亚群的联合治疗策略。总体设计：使用HiSeq4000测序仪对四种结直肠癌细胞系的H3K27Ac HiChIP数据进行深度测序生成。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别