PRJNA1525007：ATRX缺失预示软组织肉瘤不良预后并揭示其对TEAD抑制的治疗易感性——ATAC

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1525007

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数据说明

ATRX 是一种 ATP 依赖性染色质重塑因子，在肉瘤中频繁发生改变，并在维持染色质组织和转录调控中发挥重要作用。ATRX 缺失与侵袭性肿瘤行为相关，但 ATRX 缺陷型肉瘤背后的染色质调控机制仍不完全清楚。在本研究中，我们研究了肉瘤模型中与 ATRX 缺失相关的染色质可及性变化。我们进行了 ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing，转座酶可及性染色质测序），以表征 ATRX 缺陷型和对照肉瘤细胞中的全基因组可及染色质景观。我们的分析发现，ATRX 缺失后染色质可及性发生广泛改变并出现染色质去阻遏，差异可及区域富集转录因子基序。这些 ATAC-seq 数据提供了全基因组可及染色质图谱，并支持对肉瘤中 ATRX 依赖性调控元件和转录程序的研究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。