PRJNA1529291：组蛋白H3第27位赖氨酸巴豆酰化在基因转录抑制中的作用 [H43S ChIP-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1529291

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   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
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数据说明

组蛋白赖氨酸乙酰化和甲基化通过协调染色质结构与转录活性来调控基因转录。然而，我们对组蛋白在基因调控中作用的认识还远不完整，部分原因在于新发现的组蛋白修饰，其功能尚待揭示1。本文报道，组蛋白H3第27位赖氨酸巴豆酰化（H3K27cr）被GAS41的YEATS结构域选择性识别，并与SIN3a-HDAC1/2共抑制复合物结合，从而介导基因转录抑制。GAS41 YEATS结构域二聚体结合原癌转录因子c-Myc，后者将GAS41/SIN3a-HDAC1/2复合物募集至染色质中的靶基因位点，如细胞周期抑制因子p21。在多柔比星刺激下，由肿瘤抑制因子p53指导的p21转录去阻遏，涉及c-Myc/GAS41/SIN3a-HDAC1/2复合物从染色质解离、H3K27巴豆酰化减少，以及p21基因座H3K27乙酰化随之增加。通过CRISPR/Cas9敲除GAS41或耗竭H3K27cr结合，会导致小鼠中p21激活、细胞周期停滞和肿瘤生长抑制。我们的研究从机制上解释了GAS41和c-Myc基因扩增对人结直肠癌中p21下调的因果效应，并提示GAS41可作为抗癌靶点。我们提出，H3K27巴豆酰化代表一种此前未被认识且独特的染色质状态，介导基因转录抑制；这与H3K27三甲基化介导长期转录沉默、H3K27乙酰化介导转录激活形成对比。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。