用于机器学习练习的TCGA乳腺癌数据

该数据集来自figshare,由Stephen Piccolo于2015年发布,基于TCGA乳腺癌临床与基因表达数据整理而成

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2016-01-19 更新
浏览 7
基因组分类breast cancergene expression microarrayMachine learningher2Bioinformatics
Breast cancer data from TCGA for machine learning exercise

基本信息

模态
基因组
大小
0.037455452 GB
任务类型
分类
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2016-01-19
版本
v3

资源简介

用于机器学习练习的TCGA乳腺癌数据

Breast cancer data from TCGA for machine learning exercise

该数据集来自figshare,由Stephen Piccolo于2015年发布,基于TCGA乳腺癌临床与基因表达数据整理而成。作者解析临床数据确定HER2阳性患者,提取这些患者的基因表达数据并构建无缺失值的基因表达矩阵,矩阵首行标注HER2状态(1为阳性,-1为阴性)。数据仅含一个文件BRCA.expr.HER2.txt,适用于以基因表达特征进行HER2状态分类的机器学习练习(来源 figshare,CC BY 4.0 许可)。

【数据集背景】

源站首次发布:2015-01-28。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):我访问了该出版物中使用的数据( = 阳性,-1 = 阴性)。

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个,合计 37.46 MB。数据集 DOI:10.6084/m9.figshare.1294983.v3。

【主题与分类】

源站学科分类:Bioinformatics and computational biology not elsewhere classified。主题标签:breast cancer、gene expression microarray、Machine learning、her2、Bioinformatics。本站分类:肿瘤/乳腺癌。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Bioinformatics and computational biology not elsewhere classified。

【获取与许可】

源站页面:https://figshare.com/articles/dataset/Breast_cancer_data_from_TCGA_for_machine_learning_exercise/1294983

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:Piccolo, Stephen (2015). Breast cancer data from TCGA for machine learning exercise. figshare. Dataset

【使用注意】

· 源站最后修改于 2016-01-19,引用时请注意版本时效。

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使用方式

数据集获取(Figshare)

命令行下载

curl -L -o "BRCA.expr.HER2.txt" "https://ndownloader.figshare.com/files/1874300"

文件清单

  • BRCA.expr.HER2.txt(37.46 MB)

文件总体积 37.46 MB(源站 API 实测)。

数据说明

我访问了本出版物中使用的数据(https://tcga-data.nci.nih.gov/docs/publications/brca_2012/),并解析了临床数据以确定哪些患者为HER2阳性。随后,我提取了这些患者的基因表达数据,并创建了一个矩阵,用以表示所有无缺失值基因的表达水平。第一行表示HER2状态(1 = 阳性,-1 = 阴性)。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.6084/m9.figshare.1294983.v3(source: https://figshare.com/articles/dataset/Breast_cancer_data_from_TCGA_for_machine_learning_exercise/1294983)。

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