胶质瘤干细胞原位纵向采样揭示7号染色体获得与10号染色体丢失在原发性肿瘤形成与复发中的重复事件（SNP）

该数据集来自 NCBI BioProject（ID 393731），主题为 Homo sapiens 胶质瘤干细胞的原位详细纵向采样，通过 SNP 数据揭示 7 号染色体获得与 10 号染色体丢失是原发性肿瘤形成和复发中的重复事件

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基因组分类Variation

PRJNA393731: Detailed Longitudinal Sampling of Glioma Stem Cells In Situ Reveals Chr7 Gain and Chr10 Loss As Repeated Events in Primary Tumor Formation and Recurrence (SNP)

基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

胶质瘤干细胞原位纵向采样揭示7号染色体获得与10号染色体丢失在原发性肿瘤形成与复发中的重复事件（SNP）

该数据集为 NCBI BioProject 中编号 393731 的项目，英文名称为“PRJNA393731: Detailed Longitudinal Sampling of Glioma Stem Cells In Situ Reveals Chr7 Gain and Chr10 Loss As Repeated Events in Primary Tumor Formation and Recurrence (SNP)”，源站标题为“Homo sapiens (ID 393731) - BioProject - NCBI”。其研究对象为人类（Homo sapiens）胶质瘤干细胞，采用原位详细纵向采样策略，并基于 SNP 数据开展分析。相关结果揭示，7 号染色体获得与 10 号染色体丢失是原发性肿瘤形成和复发过程中反复出现的事件。该数据集在分类上属于肿瘤 / 脑肿瘤，主题标签为 Variation，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject，项目编号为 393731。BioProject 是围绕某一项单一研究计划而汇集生物数据的集合，这些数据可来自一个机构或一个联盟。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。本项目聚焦于人类胶质瘤干细胞，关注其在原位条件下的纵向变化，并通过 SNP 数据研究原发性肿瘤形成与复发中的染色体事件。源站描述仅对 BioProject 的性质作出通用说明，未提供该研究更具体的立项背景、研究机构或资助信息。

【数据内容】

该数据集的核心内容围绕胶质瘤干细胞的原位详细纵向采样展开，数据类型为 SNP。其分析重点在于识别原发性肿瘤形成和复发过程中反复出现的染色体改变，即 7 号染色体获得与 10 号染色体丢失。主题标签为 Variation，表明数据与变异相关。除上述信息外，源站未提供样本数量、测序深度、变异位点数目、具体样本时间点或数据文件规模等细节。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题显示其对象为 Homo sapiens（ID 393731）。项目英文名称表明研究采用原位详细纵向采样方式，针对胶质瘤干细胞。该数据集属于肿瘤 / 脑肿瘤分类。关于采样地点、采样时间跨度、伦理审批、样本处理流程及测序平台等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与胶质瘤干细胞、原发性肿瘤形成及复发相关的变异研究，尤其适合关注 7 号染色体获得和 10 号染色体丢失等重复事件的 SNP 分析场景。其主题标签 Variation 也表明可用于变异层面的探索。由于源站未提供更细粒度的样本和临床信息，具体适用场景需结合原始项目记录进一步确认。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 记录（ID 393731）进行访问和检索。BioProject 记录提供统一入口，用于查找该项目关联的多种数据类型。用户可依据项目编号定位相关数据，并结合 SNP 数据类型开展后续分析。关于具体下载方式、数据格式、分析工具或处理流程，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，具备统一的项目记录入口。其研究结论涉及 7 号染色体获得与 10 号染色体丢失在原发性肿瘤形成和复发中的重复出现。但源站未提供样本量、数据完整性、测序质量、批次效应、临床随访信息或统计效力等质量相关指标，也未说明数据使用的限制条件。因此，无法依据现有信息对该数据集的质量与局限作出进一步判断。

【引用与许可】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Homo sapiens (ID 393731) - BioProject - NCBI”。关于引用方式、许可协议、使用条款或数据共享政策，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE101110

访问原始数据

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数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA393731

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在本研究中，我们通过从初次诊断时以及患者去世后肿瘤复发时大脑远端多个肿瘤区域生成多克隆和单克隆胶质瘤干细胞系，为GBM病例构建了一个广泛的数据集。我们的分析揭示了复发肿瘤中新克隆的组织广泛扩展，以及7号染色体增益和10号染色体丢失是原发性和复发性疾病中反复出现的基因组事件。此外，尽管肿瘤之间存在其他高度异质性和分歧的基因组改变，7号染色体增益和10号染色体丢失在原发性和复发性肿瘤中产生了相似的mRNA表达谱变化。我们确定了ETV1和CDK6作为可能的候选基因，以及NFKB（复合体）、IL1B、IL6、Akt和VEGF作为潜在的信号调节因子，可能是chr7增益和chr10丢失的潜在中心下游效应器。最后，7号染色体增益和10号染色体丢失后转录组变化引起的差异与大规模患者肿瘤数据集中GBM样本相较于正常大脑通常观察到的差异一致。

总体设计：按照制造商说明，对从患者肿瘤和细胞系中提取的DNA进行了Affymetrix SNP芯片检测。对来自一名GBM患者的46份样本进行了Affymetrix CSHD芯片的拷贝数分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别