基本信息

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基因组

任务类型

预测

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA515731：胶质母细胞瘤患者基因组拷贝数变异与生存结局相关

该数据集对应 NCBI BioProject 编号 PRJNA515731，英文标题为“Genomic copy number variation correlates with survival outcomes in glioblastoma patients”，中文可理解为“基因组拷贝数变异与胶质母细胞瘤患者生存结局的相关性”。其来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，本站分类归入肿瘤 / 脑肿瘤方向，主题标签为 Variation。整体来看，该数据集围绕胶质母细胞瘤患者中基因组拷贝数变异与生存结局之间的关联展开，属于 NCBI BioProject 体系下的一项生物项目记录，可用于查找与该项目相关的多种数据类型和链接信息。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject，项目编号为 PRJNA515731。BioProject 是 NCBI 提供的一种项目组织方式，用于汇集与某一项研究计划相关的生物数据。按照源站描述，一个 BioProject 通常来源于单一机构或联合体，并围绕同一项研究计划组织数据。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，以便找到该项目所产生的不同类型数据及其相关链接。该数据集的标题明确指出其研究关注点为基因组拷贝数变异与胶质母细胞瘤患者生存结局之间的相关性，因此其背景属于肿瘤学、尤其是脑肿瘤研究中的基因组变异与临床结局关联方向。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Variation，说明其内容与变异相关。结合标题可知，其核心内容涉及胶质母细胞瘤患者中的基因组拷贝数变异，以及这些变异与生存结局之间的相关性。本站分类为肿瘤 / 脑肿瘤，进一步表明其研究对象属于肿瘤领域中的脑肿瘤方向。关于具体样本数量、变异位点、生存指标、统计结果、数据文件类型等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，记录类型为 BioProject，编号为 PRJNA515731。源站描述指出，BioProject 记录可提供用户一个单一入口，用于查找该项目生成的多种数据类型。该项目来源于单一组织或联合体，但具体机构名称、采集地点、采集时间、样本来源、伦理审批信息等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于围绕胶质母细胞瘤中基因组拷贝数变异与生存结局相关性进行检索、浏览和二次利用的场景。研究人员可借助 BioProject 记录查找与该项目相关的不同数据类型的链接。由于本站分类为肿瘤 / 脑肿瘤，主题标签为 Variation，该数据集也可用于脑肿瘤基因组变异相关研究的资料定位。关于具体分析流程、统计模型、临床终点定义等适用细节，源站未提供。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 编号 PRJNA515731 在 ncbi.nlm.nih.gov 上定位该记录。BioProject 记录提供统一入口，便于查找该项目产生的多种数据类型及其链接。关于具体下载方式、文件格式、数据处理步骤、分析工具或代码等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 记录，源站描述强调其作用是汇集与单一研究计划相关的生物数据并提供链接入口。关于数据质量评估、完整性、批次效应、样本代表性、生存结局的随访完整性、拷贝数变异检测方法及其阈值等，源站未提供。因此，使用时应以源站记录及其链接的原始数据说明为准。

【引用与许可】

该数据集的英文名称为“PRJNA515731: Genomic copy number variation correlates with survival outcomes in glioblastoma patients”，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于引用格式、许可条款、使用限制或数据共享政策等，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE125255

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA515731

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肿瘤等位基因特异性拷贝数分析（ASCAT）在评估拷贝数变异（CNV）时，会考虑异常细胞比例（ACF）和肿瘤倍性。在此，我们评估ASCAT评估的CNV是否与WHO IV级胶质瘤患者的生存结局相关。方法：我们确定了56名WHO IV级胶质瘤患者。通过Affymetrix OncoScan FFPE Assay分析的肿瘤数据产生了对数比率（R）和B等位基因频率（BAF）。输入ASCAT后，利用分割功能量化CNV，以测量整个基因组中的拷贝数拐点。采用Kaplan-Meier方法评估总生存期（OS）和无进展生存期（PFS），并通过log-rank检验比较亚组。结果在癌症基因组图谱（TCGA）胶质母细胞瘤数据集中得到验证。结果：我们队列的中位年龄为60.4岁（范围：26.1-86.3）。25例（44.6%）肿瘤MGMT超甲基化，6例（10.7%）有IDH1突变。中位随访时间为36.4个月，中位PFS和OS分别为8个月和14.7个月。较高的log R和BAF片段计数与更长的PFS相关，风险比（HR）分别为0.32和0.49（p<0.001和p=0.022）。

log R片段计数较高的患者12个月OS显著更长（81% vs 46.3%，p=0.0088）。在TCGA验证队列中，BAF片段计数较高者12个月OS更长，log R则呈现延长趋势（分别为62.3% vs. 51.9%，p=0.0129和63.6% vs. 55.2%，p=0.0696）。结论：我们的分析表明，基因组CNV增多的患者PFS和OS更长。这可能为评估胶质母细胞瘤预后提供一种新方法。总体设计：在获得IRB批准后，对2009年1月至2015年8月期间在Emory University接受治疗的56例患者进行了评估，并审查了其病历。纳入标准包括原发性胶质母细胞瘤的病理诊断、既往未接受脑部放疗，以及为ASCAT输入进行的OncoScan分析。治疗在Emory University，所有胶质母细胞瘤患

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别