壶腹周围肿瘤整合基因组数据
dbGaP收录的壶腹周围肿瘤研究，包含160例样本的外显子测序和拷贝数分析数据。由Baylor College of Medicine提供，数据格式为表格，适用于分类任务，专注于肿瘤领域的壶腹癌研究。
基本信息
资源简介
壶腹周围肿瘤整合基因组数据
【一句话概览】
贝勒医学院人类基因组测序中心对壶腹周围区域肿瘤开展整合基因组分析。壶腹周围腺癌组织病理学异质，可能源自胰、胆管和十二指肠等不同上皮成分，现有分类主观且观察者间差异大，影响治疗选择与开发。研究对160例壶腹周围区域癌症进行全外显子测序和拷贝数分析，其中62例明确源自胆管（44例）或十二指肠（18例），98例壶腹周围癌（AMPAC）起源上皮无法明确界定（来源 NCBI）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Integrated Genomic Analysis of Periampullary Tumors at The Human Genome Sequencing Center, Baylor College of Medicine (HGSC-BCM)》。
【数据内容】
源站原始描述：Adenocarcinomas arising in the complex environment of the ampulla of Vater constitute a histopathological heterogenous group, presumably originating from the different epithelial cellular constituents present at the site: pancreas, bile duct, and intestinal duodenum. These tumors have been described in many different ways: intra-ampullary, periampullary, intra-ampullary papillary-tubular neoplasm, ampullary-ductal, periampullary-duodenal, and ampullary-not otherwise specified. These varied class…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：起源于Vater壶腹复杂环境中的腺癌构成了一组组织病理学上异质性的肿瘤，推测其起源于该部位存在的不同上皮细胞成分：胰腺、胆管和十二指肠肠道。这些肿瘤曾被以多种不同方式描述：壶腹内、壶腹周围、壶腹内乳头状-管状肿瘤、壶腹-胆管型、壶腹周围-十二指肠型以及壶腹非特指型。这些多样的分类反映了将这些肿瘤归入特定类别的困难。只有明确局限于胆管或十二指肠的肿瘤才被认定为远端胆管癌（CAC）或十二指肠腺癌（DUOAC）。目前的分类基于可能区分起源上皮的大体特征、微观特征、临床病理标准、组织病理学及鉴别标志物的表达。这种分类具有主观性，容易产生观察者间差异，并显著影响治疗选择和治疗开发。为了定义具有临床相关性的壶腹周围癌亚型，我们对160例起源于壶腹周围区域的癌症进行了全外显子组测序和拷贝数分析，其中62例明确起源于胆管（n = 44）或十二指肠（n = 18），以及98例无法明确定义起源上皮的壶腹周围癌（AMPAC）。
【主题与分类】
主题标签：Gastrointestinal Neoplasms、Periampullary Tumors、Adenocarcinoma、Whole Exome Sequencing、Copy Number Analysis、Exome Capture、Exome Sequencing、ELF3。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000895
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000895
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
dbGaP收录的壶腹周围肿瘤研究，包含160例样本的外显子测序和拷贝数分析数据。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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