斑马鱼颅缝建立过程中BMP依赖的细胞动力学

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE223147

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

颅缝分隔相邻的颅骨，并含有驱动骨骼生长的骨骼干细胞。一个关键问题是，在颅骨扩张过程中，成骨活性如何被调控以促进骨骼生长，同时防止异常骨融合。本研究整合了单细胞转录组学、体内表达验证、基于光转换的谱系追踪以及斑马鱼颅缝早闭模型，以揭示调控颅骨扩张过程中骨形成的关键发育转变。除了斑马鱼和小鼠之间脑膜及成骨细胞谱系细胞的保守性外，对斑马鱼颅骨的单细胞转录组分析还揭示了颅缝间充质中存在不同的亚群，这些亚群在颅缝建立过程中发生转录组变化。利用成骨细胞特异性nlsEOS报告基因进行的谱系追踪显示，骨形成主要发生在颅缝边缘，而颅缝中部区域的一部分间充质细胞上调了一系列基因，包括BMP拮抗剂（如grem1a）和促血管生成因子。此外，利用grem1a:nlsEOS进行的谱系追踪表明，这一颅缝中部亚群在很大程度上是非成骨性的。

在twist1b; tcf12突变斑马鱼模型中——该模型用于研究Saethre-Chotzen综合征的冠状缝早闭——grem1a+缝中细胞的减少与冠状缝处骨形成调控异常及血管减少相关。此外，对富集于缝中细胞亚群的BMP拮抗剂进行联合突变，会导致缝内BMP信号增强、骨形成调控异常以及缝形态异常。这些数据支持缝中间充质的一个亚群在局部促进BMP拮抗作用、从而确保正常缝形态的功能。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。