基本信息

模态

蛋白质

创建/更新时间

2013-07-04

资源简介

PXD000107：铜绿假单胞菌内膜蛋白质组

PXD000107 数据集聚焦于铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）内膜蛋白质组，是该领域首个针对内膜蛋白质组的系统性描述。研究以 PAO1 参考菌株为对象，通过不连续蔗糖梯度离心实现膜组分的高效分离，并借助基于质谱的蛋白质组学策略进行鉴定。实验设置了三个生物学重复，每个样本经 nanoLC-MS/MS（LTQ-Orbitrap Velos pro）分析两次，最终利用 Mascot、IRMa 及自制 hEIDI 等工具整合数据，建立了一份包含 991 个非冗余蛋白质的核心列表。该数据集在分类上归属于感染 / 感染性疾病，来源站为 ebi.ac.uk，主题标签涉及 LC-MS/MS 以及铜绿假单胞菌 PAO1 等受控词汇，为研究该菌内膜蛋白组成提供了基础资源。

【数据集背景】

铜绿假单胞菌是一种重要的条件致病菌，其内膜蛋白质组在物质转运、能量代谢及致病过程中发挥关键作用。然而，在该数据集产生之前，针对其内膜蛋白质组的系统性描述尚属空白。PXD000107 的建立正是为了填补这一空白，首次对铜绿假单胞菌 PAO1 参考菌株的内膜蛋白质组进行专门解析。该数据集属于感染 / 感染性疾病分类，来源于 ebi.ac.uk，主题标签涵盖 LC-MS/MS 以及铜绿假单胞菌 PAO1 等受控术语，体现了其在病原微生物蛋白质组学研究中的基础定位。

【数据内容】

该数据集的核心产出是一份包含 991 个非冗余蛋白质的列表。这些蛋白质是通过对铜绿假单胞菌 PAO1 参考菌株的内膜组分进行质谱分析后，结合多种软件工具整合得到的。实验设计了三个生物学重复，每个重复进行两次 nanoLC-MS/MS 分析，以增强数据的可靠性。最终的非冗余蛋白质列表由 Mascot（v.2.4）、IRMa（v.1.30.4）和自制 hEIDI（v.1.13）共同处理生成。除该核心列表外，源站未提供其他关于蛋白质功能注释、定量信息或亚细胞定位验证的详细内容。

【采集与来源】

数据采集基于不连续蔗糖梯度离心与质谱联用策略。首先，利用不连续蔗糖梯度离心从铜绿假单胞菌 PAO1 参考菌株中高效分离膜组分，以富集内膜蛋白质。随后，采用 nanoLC-MS/MS 平台（LTQ-Orbitrap Velos pro）对三个生物学重复各进行两次分析。质谱数据经 Mascot、IRMa 和 hEIDI 软件处理，最终建立非冗余蛋白质列表。该数据集的来源站为 ebi.ac.uk，主题标签中包含 NEWT:208964（Pseudomonas aeruginosa PAO1）和 MS:1003096（LTQ Orbitrap）等受控词汇，明确了物种与仪器信息。

【适用场景】

该数据集适用于铜绿假单胞菌内膜蛋白质组的基础研究，例如作为参考列表用于比较不同菌株或不同生长条件下的内膜蛋白表达差异，或用于验证特定内膜蛋白的质谱鉴定结果。在感染 / 感染性疾病领域，该数据集可辅助研究者探索与致病机制相关的内膜蛋白。此外，由于提供了明确的实验流程和软件工具信息，它也可用于蛋白质组学方法学的参考，尤其是在膜蛋白分离与质谱数据整合方面。源站未提供其他具体应用场景的说明。

【使用方法】

使用者可依据源站提供的非冗余蛋白质列表进行后续分析。该列表由 Mascot、IRMa 和 hEIDI 整合生成，可作为铜绿假单胞菌 PAO1 内膜蛋白质组的参考数据集。若需重复实验，可参考不连续蔗糖梯度离心分离膜组分、三个生物学重复、每个样本两次 nanoLC-MS/MS 分析以及 LTQ-Orbitrap Velos pro 仪器的流程。源站未提供数据下载格式、访问链接或具体使用协议，因此实际使用需参照 ebi.ac.uk 上的原始条目。

【质量与限制】

该数据集通过三个生物学重复和两次质谱分析提升了可靠性，并采用多种软件工具整合数据以减少假阳性。然而，源站未提供关于蛋白质鉴定置信度、错误发现率、定量准确性或膜蛋白纯度验证的具体指标。此外，该数据集仅针对 PAO1 参考菌株的内膜蛋白质组，未涵盖其他菌株或生长条件。源站未提供数据覆盖度、动态范围或技术重复一致性的评估信息，因此使用者需注意这些潜在限制。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式或使用许可信息。使用者应直接访问 ebi.ac.uk 上的 PXD000107 条目以获取最新的引用要求和许可条款。

原始链接

https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD000107

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD000107

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本数据集首次描述了铜绿假单胞菌的内膜蛋白质组。为此，我们结合了使用不连续蔗糖梯度离心法从PAO1参考菌株中高效分离膜组分与基于质谱的蛋白质组学分析。制备了三个生物学重复样本，并通过纳升液相色谱-串联质谱（nanoLC-MS/MS，LTQ-Orbitrap Velos pro）各分析了两次。利用Mascot（版本2.4）、IRMa（版本1.30.4）及自制的hEIDI（版本1.13），确立了包含991个非冗余蛋白质的核心列表。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别