SARS-CoV-2感染气道上皮培养物的活细胞成像

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A66403abb51ecbbe90028e98eae81b4b6484df4215fb429342fef1c5343f9e72a

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数据说明

SARS-CoV-2感染传导气道，而黏液纤毛清除功能可抑制病原体穿透。黏液纤毛清除是一个动态系统，宿主和病原体均可对其产生影响。为更好地理解SARS-CoV-2如何改变黏液纤毛清除，我们对感染的分化原代人支气管上皮培养物进行了多天的活细胞成像。我们使用荧光报告病毒以及微管蛋白和凋亡细胞的荧光标记，以了解感染细胞和旁观者细胞中培养物的变化。在全培养物动态影像中，我们看到SARS-CoV-2感染灶沿黏液运动轨迹分布，提示黏液纤毛清除塑造了病毒的播散。随后我们监测了感染过程中黏液纤毛清除的变化。我们发现，SARS-CoV-2感染在感染细胞和旁观者细胞中均诱导了纤毛运动缺陷，感染细胞需约4天时间才增多并成熟到足以影响培养物整体的纤毛运动。倒置ALI培养物的活细胞成像在配备载物台顶部孵育器的DeltaVision Elite显微镜上进行。

对于整个培养物的电影，成像是在4个Z平面上以5x5的1024 x 1024视野（FOV）面板进行的，跨越80微米，使用4倍空气镜头（Olympus UPLXAPO4X），每2小时采集一次面板。对于纤毛运动电影，使用10倍空气镜头以每秒125帧的速度采集256x256像素的FOV。以每个纤毛运动电影较小FOV为中心，还使用相同的10倍镜头采集了所有通道的1024 x 1024参考图像，跨越约20微米的Z轴。通道包括SPY650-Tubulin（远红）、NucView 530（橙色）、GFP（绿色）和白光。每个实验的详细信息在随附的.csv文件中提供。纤毛运动电影使用cellpose 3细胞质去噪模型进行去噪。纤毛摆动频率使用scipy.signal.periodogram在纤毛运动电影上计算。整个培养物电影在ImageJ中使用Grid…拼接，，# 数据来自

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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