GSE58347：转录组分析揭示RPL5缺陷斑马鱼模型Diamond-Blackfan贫血的综合调控网络

资源简介

GSE58347：转录组分析揭示RPL5缺陷斑马鱼模型Diamond-Blackfan贫血的综合调控网络

GSE58347 是一个来自 NCBI GEO 的基因表达数据集，英文标题为“Transcriptome Analysis Reveals a Comprehensive Regulatory Network Involved in the Zebrafish Model of Diamond-Blackfan Anemia from RPL5 Deficiency”，中文可译为“转录组分析揭示 RPL5 缺陷斑马鱼模型 Diamond-Blackfan 贫血的综合调控网络”。该数据集围绕 RPL5 缺陷所致 Diamond-Blackfan 贫血的斑马鱼模型展开转录组层面的表达谱研究，属于血液及造血器官疾病领域的“其他”类别。数据集由作者 yadong，yang 提交，发布时间为 Jun 10 201，主题涉及高通量测序表达谱分析，关联平台 GPL14875 与物种编号 7955，共包含 1 个数据文件，样例文件为 GSE58347_series_matrix.txt.gz。整体而言，该数据集为研究 RPL5 缺陷相关贫血模型中的基因表达变化与调控网络提供了可下载的表达谱矩阵资源。

【数据集背景】

Diamond-Blackfan 贫血是一种血液及造血器官相关疾病。该数据集以斑马鱼为模型，针对 RPL5 缺陷这一条件开展转录组分析，旨在揭示与该贫血模型相关的综合调控网络。数据集的源站标题明确指向“Transcriptome Analysis Reveals a Comprehensive Regulatory Network Involved in the Zebrafish Model of Diamond-Blackfan Anemia from RPL5 Deficiency”，说明其研究重心在于通过转录组层面的表达谱数据刻画 RPL5 缺陷背景下的调控关系。该数据集在分类上归入血液及造血器官疾病下的“其他”类别，主题标签包含“Expression profiling by high throughput sequencing”，表明其数据来自高通量测序的表达谱分析。

【数据内容】

该数据集包含 1 个文件，文件样例为 GSE58347_series_matrix.txt.gz，即一个经 GZIP 压缩的系列矩阵文件。系列矩阵通常以表格形式组织样本与表达信息，便于后续读取与整合。主题标签中还列出了 GPL14875 与 7955，分别对应数据所关联的平台编号与物种编号。源站描述指出“This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below.”，说明该条目属于 SuperSeries 结构，由若干子系列组成；但具体子系列的构成与内容，源站未提供进一步说明。数据集中各样本的分组、重复数、测序深度等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，即 NCBI GEO 数据库，属于公开可获取的基因表达数据资源。作者为 yadong，yang，发布时间为 Jun 10 201。数据通过高通量测序方式进行表达谱采集，主题标签中的“Expression profiling by high throughput sequencing”反映了这一技术路线。关于具体测序平台型号、建库方法、样本处理流程与实验设计，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于围绕 RPL5 缺陷斑马鱼模型开展 Diamond-Blackfan 贫血相关转录组研究的使用场景，例如表达谱层面的差异分析、调控网络探索以及与其他血液及造血器官疾病表达数据的对照研究。由于数据以系列矩阵文件形式提供，也适合用于表达矩阵的读取、字段核对与批量接入等数据工程环节。具体分析目标与结论应由使用者结合自身研究设计确定，源站未提供针对特定应用的说明。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE58347_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式进行读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入，以降低因格式或编码问题导致的处理错误。读取后可按系列矩阵的表格结构整理样本与表达信息，并结合平台编号 GPL14875 与物种编号 7955 进行注释对照。关于具体的分析流程与参数设置，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集仅包含 1 个文件，且源站描述表明其为由子系列组成的 SuperSeries，但子系列的详细内容、样本规模、重复设置与质控指标均未提供，因此难以据此评估数据的技术质量与适用范围边界。发布时间标注为 Jun 10 201，年份信息不完整。使用时应以实际下载文件的内容为准，并在分析前完成字段与编码核对。其他质量相关信息，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的作者为 yadong，yang，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于引用方式、许可条款与使用限制，源站未提供。