RPL5缺陷斑马鱼Diamond-Blackfan贫血模型转录组分析[miRNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE58344

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在本研究中，我们利用RPL5吗啉代敲低构建了斑马鱼DBA模型，并采用高通量RNA测序和miRNA测序技术，鉴定斑马鱼发育和造血过程中的关键基因、lncRNA和miRNA。我们发现RPL5为原始造血和定向造血过程所必需，且部分由P53通路介导。cirh1a、noc2l、tars和nol6等基因以及dre-miR-10a*、dre-miR-722、dre-miR-737和dre-miR-142a-3p等miRNA显著失调，这些变化可能在造血、核糖体生物合成和发育过程中发挥关键作用。我们还对RPL5缺陷斑马鱼的lncRNome进行了表征。通过构建全面的调控网络，我们鉴定了网络中与P53通路相连的核心节点基因，这些基因几乎全部受到上述显著失调miRNA的靶向调控。因此，我们的研究结果建立了RPL5缺陷斑马鱼模型中关键基因和miRNA的调控网络，并为RPL5介导的DBA及其他核糖体病的分子发病机制提供了全面基础。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。