GSE168729：ZFP36L2-mRNA 相互作用基于转录组分析绘制通用规则

在本研究中，我们聚焦于鉴定 ZFP36L2（锌指蛋白 like 2 或 L2）的潜在生理靶标，它是 ZFP36 蛋白家族三个灵长类成员之一

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基因组预测血液与淋巴系统疾病出血性疾病ZFP36L2mRNA 相互作用转录组分析组织特异性小鼠脾脏

GSE168729: ZFP36L2-mRNA Interaction: Drawing general rules based on transcriptomic analysis

基本信息

模态

基因组

任务类型

预测

创建/更新时间

2026-10-23

资源简介

GSE168729：ZFP36L2-mRNA 相互作用基于转录组分析绘制通用规则

GSE168729 是一项围绕 ZFP36L2 与 mRNA 相互作用展开的转录组学研究数据集，其英文全称为“ZFP36L2-mRNA Interaction: Drawing general rules based on transcriptomic analysis”。该数据集聚焦于鉴定 ZFP36L2（锌指蛋白 like 2，或称 L2）的潜在生理靶标。ZFP36L2 是 ZFP36 蛋白家族的三个灵长类成员之一，而该家族关于 ARE 特异性的多数研究此前均以原型成员 ZFP36（即 TTP）为对象，对其他家族成员特异性的了解相对有限。数据集在本站分类中归属于血液与淋巴系统疾病下的出血性疾病方向，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。整体而言，该数据集为研究 ZFP36L2 靶向作用的组织特异性提供了转录组层面的分析基础。

【数据集背景】

ZFP36 蛋白家族在灵长类中有三个成员，ZFP36L2 是其中之一。围绕该家族 ARE 特异性的研究大多使用原型成员 ZFP36（TTP）开展，相比之下，其他家族成员的特异性所知较少。此前针对 ZFP36L2 靶 mRNA 的研究曾在两个不同系统中鉴定出高比例的转录因子，这两个系统分别是红细胞谱系细胞和卵母细胞。然而，这些研究中鉴定出的基因与利用缺失 ZFP36L2 的小鼠脾脏（L2-cKO）所鉴定出的基因之间重叠极少。这一观察提示，ZFP36L2 的靶向作用以高度组织特异性的方式发生。为理解支配这种潜在组织特异性的因素，研究对差异表达情况进行了刻画。

【数据内容】

该数据集的核心内容是 ZFP36L2 与 mRNA 相互作用的转录组学分析，用于鉴定 ZFP36L2 的潜在生理靶标，并在此基础上探讨其靶向作用的组织特异性。源站描述提及对差异表达情况进行了刻画，但具体的差异表达基因数量、统计指标、样本规模等细节，源站未提供。

【采集与来源】

数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov。研究体系涉及缺失 ZFP36L2 的小鼠脾脏（L2-cKO），并与既往在红细胞谱系细胞和卵母细胞中开展的 ZFP36L2 靶 mRNA 研究结果进行了比较。关于样本采集的具体流程、测序平台、建库方法等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究 ZFP36L2 的潜在生理靶标鉴定、ZFP36 蛋白家族成员 ARE 特异性的比较分析，以及 ZFP36L2 靶向作用组织特异性的探讨。由于涉及红细胞谱系细胞与小鼠脾脏等体系，也可用于血液与淋巴系统相关疾病方向中出血性疾病领域的探索性分析。其他具体应用场景源站未提供。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法说明，包括数据下载方式、分析流程、参数设置等均未在已有信息中给出。

【质量与限制】

该数据集的一个已知限制体现在研究结论层面：利用小鼠脾脏 L2-cKO 鉴定出的基因与此前红细胞谱系细胞、卵母细胞研究中鉴定出的基因重叠极少，说明不同体系间的结果一致性有限，ZFP36L2 靶向具有高度组织特异性，跨组织外推需谨慎。关于数据质量评分、批次效应、技术偏差等具体质量指标，源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE168729

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE168729

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在本研究中，我们致力于鉴定ZFP36L2（锌指蛋白样2或L2）的潜在生理靶点，该蛋白是ZFP36蛋白家族三个灵长类成员之一。关于这个小家族ARE特异性的大部分研究都是使用原型家族成员ZFP36或TTP进行的；然而，对于其他家族成员的特异性知之甚少。先前对ZFP36L2靶mRNA的研究在两个不同系统中鉴定出高比例的转录因子，即红细胞谱系细胞和卵母细胞。然而，这些研究中鉴定的基因与本研究中使用缺乏ZFP36L2的小鼠脾脏（L2-cKO）所鉴定的基因之间重叠极少。这一观察表明，ZFP36L2的靶向作用以高度组织特异性的方式发生。为了理解是什么因素决定了这种潜在的组织特异性，我们对L2-cKO小鼠模型脾脏中的差异表达基因进行了表征，脾脏是在人类和小鼠中L2高水平表达的器官。我们对缺乏ZFP36L2的小鼠（L2-cKO）和正常表达的小鼠（WT）的RNA脾脏样本进行了全转录组分析。WT与

L2-cKO小鼠脾脏显示549个基因上调，603个基因下调。通过qPCR实验验证了9个基因。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别