IDR idr0084-oudelaar-alphaglobin 实验A 血液与淋巴系统疾病地中海贫血数据集

主题标签:地中海贫血、血液与淋巴系统疾病、IDR、细胞成像、组织成像、OME、EMBL-EBI。本站分类:血液与淋巴系统疾病/地中海贫血

idr
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基因组图像分割地中海贫血血液与淋巴系统疾病IDR细胞成像组织成像OMEEMBL-EBI
IDR idr0084-oudelaar-alphaglobin (experimentA)

基本信息

模态
基因组
任务类型
图像分割
创建/更新时间
2026-10-09

资源简介

IDR idr0084-oudelaar-alphaglobin 实验A 血液与淋巴系统疾病地中海贫血数据集

IDR idr0084-oudelaar-alphaglobin(experimentA)是一个聚焦于α-珠蛋白相关研究的地中海贫血主题细胞与组织成像数据集,收录于Image Data Resource(IDR)平台。该数据集属于血液与淋巴系统疾病范畴,具体归类为地中海贫血,来源于idr.openmicroscopy.org。作为IDR中经过策展的成像研究之一,它遵循OME与EMBL-EBI相关规范,包含6幅图像,围绕α-珠蛋白这一地中海贫血研究中的关键对象展开,为相关领域的科研人员提供了可供查看与分析的公开成像资源。

【数据集背景】

地中海贫血是一组因珠蛋白链合成异常导致的遗传性血液疾病,α-珠蛋白基因的变异或表达异常是其中重要的致病因素之一。该数据集以“alphaglobin”为标识,表明其研究内容与α-珠蛋白相关,属于血液与淋巴系统疾病下地中海贫血方向的成像研究。数据集由IDR平台收录并策展,IDR是面向细胞与组织成像研究的公开资源库,致力于汇集经过质量控制的成像数据,便于科研社区检索、浏览与再利用。该数据集作为IDR研究idr0084-oudelaar-alphaglobin中的experimentA部分,是这一研究实验组成中的一环。

【数据内容】

该数据集包含6幅图像,属于细胞/组织成像研究数据。图像以OME数据模型进行组织与描述,符合IDR对成像研究的策展要求。数据集的主题标签涵盖地中海贫血、血液与淋巴系统疾病、IDR、细胞成像、组织成像、OME以及EMBL-EBI,反映出其内容同时涉及细胞层面与组织层面的成像观察。图像的具体生物样本类型、染色方法、成像设备参数、分辨率、通道数量以及每幅图像对应的具体实验条件等信息,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于idr.openmicroscopy.org,即Image Data Resource。IDR被描述为经过策展的细胞/组织成像研究资源,与OME及EMBL-EBI相关联。数据集英文名称为IDR idr0084-oudelaar-alphaglobin (experimentA),其中idr0084-oudelaar-alphaglobin为研究标识,experimentA表示该研究下的实验部分。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息、实验操作流程以及成像仪器型号等细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于地中海贫血特别是α-珠蛋白相关研究方向的成像数据浏览与参考。由于同时涉及细胞成像与组织成像,可用于了解该研究在细胞与组织层面的成像表现。作为IDR中的策展研究,它也可用于成像数据管理、OME数据模型应用以及公共成像资源再利用等场景的教学或方法学参考。此外,对于血液与淋巴系统疾病领域的研究者,该数据集可作为相关主题公开成像资源的检索入口之一。具体适用于哪些分析流程或研究问题,源站未提供。

【使用方法】

该数据集托管于idr.openmicroscopy.org,可通过IDR平台进行访问与浏览。用户可依据数据集名称IDR idr0084-oudelaar-alphaglobin (experimentA)在IDR中定位该研究及其experimentA部分,查看其中包含的6幅图像。图像遵循OME/EMBL-EBI相关规范,便于在支持OME数据模型的工具中打开与分析。关于具体的下载方式、API调用方法、图像导出格式以及配套元数据文件的获取途径,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自IDR这一经过策展的细胞/组织成像研究资源,并遵循OME与EMBL-EBI相关规范,具备公共成像资源的基本策展背景。数据集规模为6幅图像,属于较小的实验子集,可能仅覆盖该研究的部分成像内容。关于图像的分辨率、信噪比、标注完整性、重复性以及是否存在缺失或排除样本等质量细节,源站未提供。使用者应注意,该数据集的具体实验条件与生物学结论需结合原始研究文献加以判断,源站未提供相关文献信息。

【引用与许可】

该数据集来源于idr.openmicroscopy.org,属于IDR研究idr0084-oudelaar-alphaglobin的experimentA部分。关于该数据集的引用格式、作者列表、发表文献、许可协议类型以及使用限制等具体信息,源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集前,应前往IDR平台查看该研究对应的正式引用说明与许可条款。

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源站:https://idr.openmicroscopy.org/webclient?show=project-1151

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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

IDR study idr0084-oudelaar-alphaglobin. Experiment: experimentA. Images: 6. Image Data Resource: curated cell/tissue imaging study (OME/EMBL-EBI).

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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