IDR idr0103-coomer-hiv1fusion(experimentA)数据集

主题标签:HIV-1、病毒感染、艾滋病、细胞成像、组织成像、IDR。本站分类:感染/艾滋病毒/艾滋病。本数据集为感染领域公开数据集,主题涵盖病毒感染。

idr
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医学影像图像分割HIV-1病毒感染艾滋病细胞成像组织成像IDR
IDR idr0103-coomer-hiv1fusion (experimentA)

基本信息

模态
医学影像
任务类型
图像分割
创建/更新时间
2026-10-09

资源简介

IDR idr0103-coomer-hiv1fusion(experimentA)数据集

IDR idr0103-coomer-hiv1fusion (experimentA) 是一个聚焦于 HIV-1 病毒感染与融合过程的细胞及组织成像研究数据集,隶属于感染 / 艾滋病毒/艾滋病分类。该数据集来源于 IDR(Image Data Resource)开放显微成像资源,由 OME/EMBL-EBI 提供策展支持,属于经过人工整理的高质量成像研究。数据集以 experimentA 为实验标识,共包含 3 幅图像,主题标签涵盖 HIV-1、病毒感染、艾滋病、细胞成像、组织成像以及 IDR。整体而言,该数据集面向病毒感染领域的公开研究需求,为观察 HIV-1 在细胞与组织层面的融合行为提供了成像数据基础,适合感染生物学、病毒学及艾滋病相关研究方向的科研人员参考使用。

【数据集背景】

艾滋病毒/艾滋病(HIV/AIDS)是全球范围内备受关注的重大传染病之一,HIV-1 作为其主要病原型别,其进入宿主细胞并发生膜融合的过程是病毒感染建立的关键步骤。对该过程进行可视化观察,有助于理解病毒与宿主细胞相互作用的时空特征。IDR idr0103-coomer-hiv1fusion 正是围绕这一主题组织的成像研究数据集,归属于感染 / 艾滋病毒/艾滋病分类,并以 experimentA 作为具体实验单元。该数据集由 IDR 平台收录,IDR 是面向细胞与组织成像研究的策展型资源,依托 OME 与 EMBL-EBI 的基础设施,为公开科研数据提供组织、存储与访问支持。该数据集的英文全称为 IDR idr0103-coomer-hiv1fusion (experimentA),其命名中的 hiv1fusion 直接指向 HIV-1 融合这一研究焦点。

【数据内容】

该数据集包含 3 幅图像,主题标签包括 HIV-1、病毒感染、艾滋病、细胞成像、组织成像以及 IDR。从标签构成来看,数据内容同时涉及细胞成像与组织成像两个层面,说明其成像对象可能覆盖体外培养的细胞样本以及组织水平的样本,但具体样本类型、成像模态、通道设置、分辨率、像素尺寸、时间序列长度等细节,源站未提供。数据集以 experimentA 标识其具体实验,属于 IDR study idr0103-coomer-hiv1fusion 的组成部分。图像数量为 3,规模较小,适合作为特定实验条件下的代表性成像记录。除上述信息外,源站未提供关于图像具体内容、标记物、荧光探针或分子靶点的进一步说明。

【采集与来源】

该数据集来源于 idr.openmicroscopy.org,即 Image Data Resource 的官方站点。源站将其描述为 IDR study idr0103-coomer-hiv1fusion 下的 experimentA,图像数量为 3,并注明其为 Image Data Resource 策展的细胞/组织成像研究,依托 OME/EMBL-EBI。由此可知,该数据集并非原始未加工的投稿数据,而是经过 IDR 策展流程整理后发布的公开成像研究资源。策展意味着数据在元数据规范性、图像组织方式以及可访问性方面遵循 OME 相关标准。关于具体的采集设备、显微镜型号、物镜参数、曝光条件、实验时间、样本制备方法以及原始数据提供者等采集细节,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签与分类,该数据集适用于感染 / 艾滋病毒/艾滋病领域的成像研究参考,尤其适合关注 HIV-1 病毒感染与融合过程的科研场景。细胞成像与组织成像的双重标签表明,该数据可用于观察病毒在细胞水平与组织水平的表现,可能服务于病毒进入机制研究、融合事件分析以及感染模型建立等方向。此外,作为 IDR 策展的公开数据集,它也可用于成像数据分析方法的教学演示、图像处理流程的测试以及数据复用与二次分析。由于数据集规模为 3 幅图像,其更适合作为特定实验条件的示例性数据,而非大规模统计分析的唯一数据来源。关于该数据集是否适用于药物筛选、临床诊断或疫苗评价等具体应用,源站未提供相关信息。

【使用方法】

该数据集可通过 idr.openmicroscopy.org 访问,属于 IDR 平台公开资源的一部分。使用者可依据 IDR 平台提供的浏览与检索功能定位到 IDR study idr0103-coomer-hiv1fusion 下的 experimentA,并查看其中包含的 3 幅图像。由于该数据集遵循 OME/EMBL-EBI 的策展规范,通常可借助支持 OME 标准的图像查看与分析工具进行读取和处理。关于具体的下载格式、访问权限、是否需要注册、是否提供 API 接口以及推荐的图像分析软件等操作细节,源站未提供。使用者应参照 IDR 平台的一般使用说明进行操作。

【质量与限制】

该数据集由 IDR 策展发布,来源为 OME/EMBL-EBI,具备策展型成像研究资源的基本质量保障。其图像数量为 3,规模有限,可能限制其在需要大样本量或统计功效的研究中的直接应用。主题标签明确指向 HIV-1、病毒感染、艾滋病、细胞成像与组织成像,说明其内容聚焦度较高,但关于图像的分辨率、信噪比、标注完整性、是否包含对照、是否经过定量验证等质量指标,源站未提供。此外,该数据集仅标识为 experimentA,是否属于更大研究系列的一部分、是否存在配套的其他实验,源站未提供。使用者在使用时应结合自身研究目的评估其适用性。

【引用与许可】

该数据集来源于 idr.openmicroscopy.org,属于 IDR study idr0103-coomer-hiv1fusion 的 experimentA。关于该数据集的具体引用格式、DOI 标识、作者署名、原始文献出处以及许可协议类型(如是否采用 Creative Commons 或其他开放许可),源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集时,应访问 IDR 平台对应页面,查阅其官方发布的引用与许可说明,并遵循 OME/EMBL-EBI 及 IDR 的相关使用条款。

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使用方式

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源站:https://idr.openmicroscopy.org/webclient?show=project-1501

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

IDR study idr0103-coomer-hiv1fusion. Experiment: experimentA. Images: 3. Image Data Resource: curated cell/tissue imaging study (OME/EMBL-EBI).

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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