俄勒冈健康与科学大学 Beat AML 队列数据集

Beat AML 队列是由俄勒冈健康与科学大学(OHSU)主导构建的大型白血病精准医疗研究数据集。该项目收集了近千例初治和复发急性髓系白血病患者的骨髓和外周血样本,进行了深度的全外显子测序和RNA转录组测序,并针对数百种小分子抑制剂进行了体外药物敏感性测试(药敏筛选),是连接AML分子特征与靶向药物反应机制的核心数据库。

Oregon Health & Science UniversityOregon Health & Science University
cBioPortal
2022-01-01 更新
浏览 60
表格分类aml
OHSU Beat AML Cohort

基本信息

模态
表格
数据量
942
任务类型
分类
许可
Open Access
创建/更新时间
2022-01-01

资源简介

俄勒冈健康与科学大学 Beat AML 队列数据集

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Acute Myeloid Leukemia (OHSU, Cancer Cell 2022)》。

【数据内容】

源站原始描述:Whole-exome and transcriptomic sequencing of 942 acute myeloid leukemia samples (with 500 matched normals) from the Beat AML program

【数据结构与技术规格】

数据集 DOI:pmid:35868306。

【主题与分类】

主题标签:aml。

【适用方向】

结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。

【获取与许可】

源站页面:https://www.cbioportal.org/study/summary?id=aml_ohsu_2022

规范引用:Bottomly et al. Cancer Cell 2022

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源站:https://www.cbioportal.org/study/summary?id=aml_ohsu_2022

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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

提供了超千例AML样本的基因突变、RNA表达及体外离体药物敏感性筛选结果,是研究白血病药敏响应的关键数据集。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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