cBioPortal:急性髓系白血病(OHSU,Nature 2018)

cBioPortal 上的 Acute Myeloid Leukemia (OHSU, Nature 2018) 数据集,围绕 Beat AML 项目的急性髓系白血病全外显子测序数据,包含 672 例急性髓系白血病样本以及 454 例配对的正常样本,主题标签为 aml

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基因组分类aml
cBioPortal: Acute Myeloid Leukemia (OHSU, Nature 2018)

基本信息

模态
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分类
创建/更新时间
2026-10-01

资源简介

cBioPortal:急性髓系白血病(OHSU,Nature 2018)

cBioPortal 上的 Acute Myeloid Leukemia (OHSU, Nature 2018) 数据集,围绕 Beat AML 项目的急性髓系白血病全外显子测序数据,包含 672 例急性髓系白血病样本以及 454 例配对的正常样本,主题标签为 aml。它在站内归入肿瘤/其他类别,来源为 cbioportal.org。

【数据集背景】

该数据集以急性髓系白血病为研究对象,标题中带有 OHSU 与 Nature 2018 标识,相关文献标识为 pmid:30333627。源站标题为 Acute Myeloid Leukemia (OHSU, Nature 2018)。急性髓系白血病属于血液系统恶性疾病,围绕其展开的基因组研究通常关注肿瘤样本中的体细胞改变及其与正常样本的差异。关于本研究的具体队列设计、临床背景、治疗信息、随访信息、研究假设和主要结论等,源站未提供。

【数据内容】

源站描述为 Whole-exome sequencing of 672 acute myeloid leukemia samples (with 454 matched normals) from the Beat AML program. 即来自 Beat AML 项目的 672 例急性髓系白血病样本的全外显子测序,并包含 454 例配对正常样本。除样本数量、配对正常数量和全外显子测序类型外,源站未提供突变基因列表、变异类型、临床注释、表达数据、拷贝数数据、融合基因信息等细节。该数据集在本站分类中属于肿瘤/其他,主题标签为 aml。

【采集与来源】

数据来源站为 cbioportal.org,源站标题为 Acute Myeloid Leukemia (OHSU, Nature 2018),相关文献 DOI 标注为 pmid:30333627。源站描述提到样本来自 Beat AML program。关于具体采样机构、伦理审批、知情同意、测序平台、建库方法、数据生成时间、样本处理流程等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于急性髓系白血病相关的全外显子测序分析场景,例如在 cBioPortal 中浏览和探索该队列的基因组变异概况,开展肿瘤样本与配对正常样本的比较分析,或围绕 AML 的体细胞突变、驱动事件、队列水平突变谱等方向进行二次研究。由于源站未提供临床终点、治疗反应、生存信息等字段,是否适合生存分析、疗效关联分析或特定亚组分析,需以源站后续页面和原始文献为准。源站未提供关于适用场景的专门说明。

【使用方法】

可通过 cbioportal.org 访问该数据集,检索 Acute Myeloid Leukemia (OHSU, Nature 2018) 或 Acute Myeloid Leukemia OHSU Nature 2018 等标题信息,进入对应研究页面查看源站提供的数据视图。若需下载、导入分析工具或进行本地分析,具体操作方式、文件格式、下载权限、是否需要注册等,源站未提供。建议结合 pmid:30333627 对应文献了解研究背景。源站未提供逐步使用教程。

【质量与限制】

源站未提供明确的数据质量评价、样本纳入排除标准、测序深度、覆盖度、变异检出流程、质控指标、批次信息、缺失值情况等。全外显子测序通常关注蛋白编码区,但该数据集自身是否包含非编码区、结构变异、拷贝数变异、融合基因等信息,源站未提供。数据集仅有 672 例 AML 样本和 454 例配对正常样本的总体描述,其他限制需参考源站和原始文献。源站未提供更新频率、版本记录或错误更正说明。

【引用与许可】

引用时可参考源站标题 Acute Myeloid Leukemia (OHSU, Nature 2018)、来源站 cbioportal.org 以及 DOI 标注 pmid:30333627。该标识指向 Nature 2018 的相关研究,但源站未提供完整的作者列表、期刊卷期页码、文章标题和引用格式。许可条款、数据使用协议、再分发限制、商业使用规定等,源站未提供。用户应自行查阅 cBioPortal 和原始文献页面确认引用与许可要求。

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站:https://cbioportal.org/study/summary?id=aml_ohsu_2018

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对来自 Beat AML 项目的 672 份急性髓系白血病样本(含 454 份配对正常样本)进行全外显子组测序。

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