人类视网膜的单细胞分析确定了进化上保守的和物种特异性的发育控制机制--单细胞测序数据
该数据集包含人类胚胎发育第12和14周视网膜组织的单细胞测序数据,通过10x Genomics和Illumina平台生成,数据模态为基因表达矩阵,主要用于研究视网膜发育过程中的细胞类型鉴定、基因调控网络以及进化保守性,为视网膜疾病机制探索和再生医学应用提供基础资源。

基本信息
资源简介
人类视网膜的单细胞分析确定了进化上保守的和物种特异性的发育控制机制单细胞测序数据
【数据集背景】
源站首次发布:2023-05-31。
【数据内容】
源站原始描述:获取胚胎发育期第12,14周的视网膜组织,将组织剪碎成小块,用木瓜蛋白酶和胶原酶IV以及DNase1将其消化成单细胞悬液,终止消化反应后进行流式分选,获取活性较好的视网膜单细胞,利用10x genomics对单细胞悬液进行扩增建库,获取单细胞文库,文库质检合格后送至测序公司使用Illumina平台测序,测序长度为双端150bp。
【主题与分类】
主题标签:人类视网膜、细胞命运、human retina、cell fate、人、视网膜、干细胞、转录组。
【获取与许可】
源站页面:http://data.iscr.ac.cn/Article?id=6476e8250d75754d9a29edd2
使用许可:CC0。
规范引用:35786.11.9a143178daef4b5383a471b88e720801
下载信息
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数据集获取
源站:http://data.iscr.ac.cn/Article?id=6476e8250d75754d9a29edd2
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- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集是一个单细胞测序数据集,聚焦于人类胚胎发育期(第12和14周)的视网膜组织。通过将视网膜组织剪碎、使用木瓜蛋白酶、胶原酶IV和DNase1进行消化,制备成单细胞悬液,经流式分选后获取活性良好的单细胞。随后利用10x Genomics技术进行扩增建库,构建单细胞文库,并在Illumina平台上进行双端150bp测序。数据集来源于中国科学技术大学干细胞与再生医学数据中心,主要应用于研究视网膜发育过程中的细胞异质性、基因表达调控以及进化保守和物种特异性机制,为视网膜疾病、发育生物学和再生医学研究提供关键数据支持。
数据加载示例(表格/文本类)
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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