人眼前节细胞图谱：组织特异性与共享细胞类型

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/63d03351-06be-478e-a0db-f7a653b6b19b

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

眼前节由角膜、虹膜、睫状体、晶状体和房水流出通路组成。这些组织共同对眼睛的正常功能至关重要。视力障碍被归因于所有这些组织的缺陷；一些疾病，包括青光眼和白内障，是全球最常见的致盲原因之一。为了表征构成这些组织的细胞类型，我们利用高通量单核RNA测序（snRNAseq）生成了人眼前节细胞图谱。我们对来自六个人类供体的非病变眼前节组织的195,248个细胞核进行了分析，识别出超过60种细胞类型。其中许多细胞类型是离散的，而其他细胞类型，尤其是在晶状体和角膜中，形成了与已知发育过渡相对应的连续体，这些过渡在成年期持续存在。在分别分析每种组织后，我们对整个眼前节进行了整合分析，揭示出一些细胞类型是单一结构所独有的，而另一些则跨组织共享。

随后，该整合细胞图谱被用于研究通过孟德尔遗传模式或全基因组关联研究鉴定出的900多个人类眼部疾病基因的细胞类型特异性表达模式。疾病：正常。组织：睫状体、角膜、角膜巩膜交界、眼小梁网、虹膜、相机型眼晶状体。检测方法：10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。