单细胞分辨率下人类视网膜及其类器官的细胞类型

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/2f4c738f-e2f3-4553-9db2-0582a38ea4dc

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

能够重现其靶器官细胞类型多样性和功能的人类类器官，对基础研究和转化研究具有重要价值。我们开发了具有多个核层和突触层以及功能性突触的光敏人类视网膜类器官。我们对这些类器官在七个发育时间点的285，441个单细胞以及光响应成人视网膜周边、中央凹、色素上皮和脉络膜的RNA进行了测序，并进行了组织化学分析。类器官中的细胞类型在体外成熟至稳定的“发育”状态，其速度与人类视网膜在体内的发育速度相似。类器官细胞类型的转录组向成人周边视网膜细胞类型的转录组趋同。成人视网膜中疾病相关基因的表达具有细胞类型特异性，并且这种细胞类型特异性在类器官中得以保留。我们将意想不到的细胞类型与黄斑变性等疾病联系起来。该资源确定了用于研究类器官疾病机制和人类视网膜靶向修复的细胞靶点。疾病：正常。组织：中央凹、眼色素上皮、视网膜。检测：10x 3’ v2。

Single-cell dataset (CZ CELLxGENE).

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。