单核RNA测序绘制人白色与棕色脂肪生成转录景观

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/b1912131-de29-4f13-b528-164b45d69cfd

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

脂肪生成是维持全身能量平衡和健康代谢表型的关键，因此全面理解其在人体中的分子调控至关重要。通过对超过20，000个正在分化的白色和棕色前脂肪细胞进行单核RNA测序（snRNA-seq），我们构建了人类白色和棕色脂肪生成的高分辨率时间转录图谱。白色和棕色前脂肪细胞取自同一个体的颈部区域，从而消除了两个不同谱系间的个体差异。这些前脂肪细胞还被永生化，以便进行可控的体外分化，从而能够对脂肪生成进程不同阶段的多种细胞状态进行采样。伪时间细胞排序揭示了早期脂肪生成过程中细胞外基质重塑的动态变化，以及晚期白色/棕色脂肪生成过程中的脂质生成/产热反应。与小鼠模型中的脂肪生成调控进行比较，鉴定出若干新型转录因子，可作为人类脂肪生成/产热驱动因素的潜在靶点。

在这些新候选因子中，我们探索了TRPS1在脂肪细胞分化中的作用，并表明其敲低会在体外损害白色脂肪生成。我们分析中揭示的关键成脂和脂肪生成标志物被用于分析公开可用的scRNA-seq数据集；这些数据证实了新近发现的小鼠前脂肪细胞具有独特的细胞成熟特征，并揭示了肥胖人类中成脂扩增受到抑制。总体而言，我们的研究提供了人类白色和棕色脂肪生成的全面分子描述，并为未来在健康和代谢疾病状态下研究脂肪组织发育和功能提供了重要资源。疾病：正常。组织：棕色前脂肪细胞、前脂肪细胞。检测：10x 3‘ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。