基本信息

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创建/更新时间

2026-10-09

资源简介

哺乳动物小肠上皮分区定义五个离散代谢域

该数据集名为“Epithelial zonation along the mammalian small intestine defines five discrete metabolic domains”，来源于 CZ CELLxGENE 平台，属于内分泌、营养和代谢疾病 / 其他分类。数据集收录了小鼠和人类小肠全长 30 个等分节段的分选上皮细胞（CD45–、EpCAM+）以及隐窝细胞富集群体（CD45–、Ep-CAM+、CD44+，小鼠中为 Lgr5-DTR-GFP+），这些细胞经 MULTIseq 技术标记后混合，并采用 10x 3' v3 平台进行单细胞测序。该数据集主题标签为“normal”，疾病背景为正常，组织类型为小肠，旨在为研究哺乳动物小肠上皮沿全长分布的代谢分区特征提供单细胞转录组资源。

【数据集背景】

哺乳动物小肠在结构和功能上沿其全长呈现显著的区域差异，这种差异与营养吸收、代谢分工以及上皮细胞的区带化分布密切相关。该数据集聚焦于小肠上皮细胞沿全长的异质性，通过覆盖小鼠和人类小肠完整长度的 30 个等分节段，系统性地捕获了上皮细胞和隐窝细胞富集群体的转录组信息。数据集的主题标签为“normal”，疾病背景为正常，不涉及病理状态，因此可作为研究正常小肠上皮代谢分区的基础参考。该数据集的源站描述指出，其目标在于解析小肠上皮沿哺乳动物小肠全长的区带化特征，并定义五个离散的代谢域。

【数据内容】

该数据集包含来自小鼠和人类小肠全长 30 个等分节段的上皮细胞。具体而言，分选的上皮细胞标记为 CD45–、EpCAM+，同时还包括一个隐窝细胞富集群体，其标记为 CD45–、Ep-CAM+、CD44+，在小鼠中该群体还带有 Lgr5-DTR-GFP+ 标记。这些细胞通过 MULTIseq 技术进行标记，随后混合并测序。检测平台为 10x 3' v3，属于单细胞转录组测序。数据集为单细胞数据集，来源站为 cellxgene.cziscience.com。源站描述中未提供具体的细胞数量、基因数量或测序深度等细节。

【采集与来源】

该数据集的细胞采集自小鼠或人类小肠的 30 个等分节段，覆盖小肠全长。采集的细胞类型包括分选的上皮细胞（CD45–、EpCAM+）以及隐窝细胞富集群体（CD45–、Ep-CAM+、CD44+，小鼠中为 Lgr5-DTR-GFP+）。细胞经 MULTIseq 技术标记后混合，并采用 10x 3' v3 平台测序。源站描述提及详细方法可参考 Zwick et al., 2023。数据来源站为 cellxgene.cziscience.com。源站未提供样本的具体个体数量、性别、年龄或伦理审批信息。

【适用场景】

该数据集适用于研究哺乳动物小肠上皮沿全长的区带化分布，特别是与代谢分区相关的上皮细胞异质性。由于主题标签为“normal”，疾病背景为正常，该数据集可用于建立正常小肠上皮的基线参考，比较不同节段间上皮细胞和隐窝细胞富集群体的转录组差异。此外，该数据集可用于探索小肠上皮五个离散代谢域的分子特征，以及小鼠和人类之间的保守性或差异。适用场景包括单细胞转录组分析、细胞类型注释、空间区带化研究以及代谢相关基因表达模式分析。源站未提供其他具体应用场景。

【使用方法】

该数据集可通过 CZ CELLxGENE 平台访问和下载。用户可利用标准单细胞分析流程对 10x 3' v3 数据进行处理，包括质控、归一化、降维、聚类和差异表达分析。由于数据涵盖小肠全长 30 个等分节段，分析时可按节段位置进行分组比较，以揭示沿小肠长轴的转录组梯度。MULTIseq 标记信息可用于样本拆分和多重比较。源站未提供具体的分析代码、参数设置或预处理步骤。

【质量与限制】

该数据集来源于 CZ CELLxGENE，采用 10x 3' v3 平台和 MULTIseq 技术，属于单细胞转录组数据。源站描述未提供质控指标、细胞存活率、双细胞率或批次效应评估等信息。由于数据仅涵盖正常小肠组织，不包含疾病样本，因此不适用于直接推断病理状态下的变化。此外，源站未提供物种间样本量平衡、个体差异或技术重复的详细信息。使用时应考虑单细胞测序固有的稀疏性和 dropout 事件。源站未提供其他质量与限制说明。

【引用与许可】

源站描述提及详细方法可参考 Zwick et al., 2023。源站未提供具体的引用格式、许可类型或数据使用条款。用户在使用该数据集时，应遵循 CZ CELLxGENE 平台的相关规定，并引用原始文献。源站未提供其他引用与许可信息。

原始链接

https://cellxgene.cziscience.com/collections/3db5617e-9f12-4eb4-8416-94893a0d7c46

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使用方式

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/3db5617e-9f12-4eb4-8416-94893a0d7c46

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

从小鼠或人小肠全长均匀分为30个片段，收集分选的上皮细胞（CD45–、EpCAM+）和隐窝细胞富集群体（CD45–、Ep-CAM+、CD44+，小鼠中为Lgr5-DTR-GFP+），使用MULTIseq技术进行条形码标记，混合后测序。详细方法见Zwick等，2023年。疾病：正常。组织：小肠。检测方法：10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别