基于形态学引导空间转录组与单细胞测序的人类卵巢细胞图谱

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/6686ada5-43a8-40b6-9a05-6894503606db

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

卵巢的生殖与内分泌功能涉及特化细胞群体之间在空间上界定的相互作用。尽管卵巢在生育和内分泌健康中至关重要，但卵巢细胞的功能特性在很大程度上仍未得到表征。在此，我们对两名绝经前供者卵巢的257个区域中的18000多个基因进行了分析，以研究卵巢中的功能单元。我们还为另外三名供者的21198个细胞生成了单细胞RNA测序数据，并鉴定出四种主要细胞类型和四种免疫细胞亚型。对采样区域进行定制选择揭示了卵母细胞、卵泡膜细胞和颗粒细胞具有不同的基因活动。这些数据贡献了卵母细胞、卵泡膜细胞和颗粒细胞特异性基因组合，从而拓展了对驱动卵泡发育的分子程序的认识。围绕卵母细胞以及跨越皮质和髓质的连续样本揭示了此前未被充分认识到的激素和细胞外基质重塑活动的变异。这一结合空间和单细胞的图谱可作为未来研究卵巢中稀有细胞和病理状态的资源。疾病：正常。组织：卵巢。检测：10x 3‘ v3。

Single-cell dataset (CZ CELLxGENE).

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。