雌激素在小鼠输卵管中生理作用的细胞类型特异性分析

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/99be70c4-e534-4413-a607-ce40b3ff2c77

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数据说明

17β-雌二醇（E2）是一种内源性雌激素，为卵巢分泌的女性类固醇激素。已充分证实E2可引起子宫的生化和组织学变化。然而，E2在体内如何调控输卵管环境尚不完全清楚。本研究采用去卵巢-激素替代小鼠模型、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、原位杂交和小鼠细胞类型特异性基因敲除技术，评估了E2对每种输卵管细胞类型的影响。我们发现输卵管中每种细胞类型对E2的响应各具特点，尤其是纤毛上皮细胞和分泌上皮细胞。外源性E2处理并未使转录组谱与动情期产生的内源性E2相比发生显著改变。此外，我们在数据集中鉴定并验证了可能用作输卵管细胞特异性和区域特异性标志物的感兴趣基因。胰岛素样生长因子1（Igf1）被鉴定为小鼠输卵管中的E2靶基因，并且也在人输卵管中表达。

在孕激素受体（Pgr）表达细胞中敲除Igf1会导致雌性生育力低下，部分原因是胚胎发育缺陷和胚胎滞留在输卵管内。总之，我们已经证明，输卵管细胞类型，包括上皮细胞、基质细胞和肌肉细胞，受到E2的差异性调控，并支持基因表达变化，例如小鼠模型中正常胚胎发育和运输所需的生长因子。此外，我们已经确定了用于靶向研究和体内功能分析的细胞特异性和区域特异性基因标记。疾病：正常。组织：输卵管、输卵管。检测：10x 3‘ v2、10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。