衰老扰乱小鼠卵巢周期中的时空协调

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/ed04d975-b0f9-4527-ba1d-7c249ba7b8a0

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在女性生殖寿命期间，卵巢会完成数百个周期的卵泡发育、排卵和组织再生。这些过程依赖于跨越时间和空间的精确协调的复杂多细胞相互作用。衰老如何破坏这些相互作用，导致生殖和内分泌功能整体下降，仍研究不足。为了理解卵巢功能背后的多细胞动态及其随年龄的变化，我们在此使用Slide-seq——一种近细胞空间转录组学方法——对22个小鼠卵巢在生殖周期和实际年龄中的情况进行了分析，代表了69个空间转录组图谱中的610,620个近细胞位点。我们开发了一种分割分析，以识别空间生态位，从原位静态快照中捕捉卵泡发生不同状态，使我们能够检查358个卵母细胞、668个卵泡和236个黄体的多细胞动态。我们发现，衰老在周期停止之前就破坏了卵泡发生的空间组织和时间协调，这可能有助于激素产生和信号传导的失调。

这些紊乱以免疫细胞动态改变、炎症信号传导及整体组织解构为特征，损害了卵巢功能所需的周期性重塑。我们的研究揭示了多细胞微环境如何协调卵巢功能，并证明了随年龄增长，组织构造在时间和空间上的解体先于生殖功能衰退。疾病：正常。组织：卵巢。检测方法：Slide-seqV2。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。