衰老小鼠卵巢单细胞图谱

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/350fe77e-cc64-482e-a42a-18bec9e4a629

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

卵巢衰老会导致生育力下降、内分泌信号失调以及慢性疾病负担增加。这些影响早在卵泡耗竭之前就已开始显现。人类女性在35岁左右生育力急剧下降，这与卵母细胞质量下降相对应。尽管已有越来越多的研究工作，该领域仍缺乏一份全面的衰老小鼠卵巢转录组变化的细胞图谱，以识别卵巢衰退的早期驱动因素。为填补这一空白，我们对年轻（3月龄）和生殖衰老（9月龄）小鼠的卵巢组织进行了单细胞RNA测序。我们的分析揭示，衰老卵巢中免疫细胞数量翻倍，其中淋巴细胞比例增加最多，这一结果通过流式细胞术得到证实。我们还发现，基质成纤维细胞中胶原酶通路随年龄下调，这与卵巢纤维化的增加相对应。卵泡细胞随衰老表现出应激反应、免疫原性和纤维化信号通路的诱导。本报告为卵巢衰老表型背后的机制提供了关键见解。

数据可通过基于Shiny的网页应用进行交互式探索。疾病：正常。组织：卵巢。检测方法：10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。