空间结构、频率依赖与抗性进化对毒素介导的微生物入侵动态的影响

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Aa6255a0228fe2645848a2d60acb20f36ce6643c942b959b0578bf7e0042f84f7

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

近期证据表明，细菌间的干扰竞争塑造了机会性病原体金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）在人下鼻气道中的分布，其机制可能是阻止定植或驱动置换。鼻部微生物群落内的这种竞争将增添至影响定植的已知宿主因素之中。我们通过将金黄色葡萄球菌与产毒素或不产毒素的表皮葡萄球菌（Staphylococcus epidermidis）鼻部分离株共培养，测试了毒素介导的干扰竞争在结构化和非结构化环境中的作用。产毒素的表皮葡萄球菌比不产毒素者更成功地侵入金黄色葡萄球菌种群，且空间结构促进了侵入。毒素抗性的进化阻止了金黄色葡萄球菌的完全置换。相反，产毒素的表皮葡萄球菌限制了金黄色葡萄球菌的侵入。金黄色葡萄球菌对产毒素表皮葡萄球菌种群的侵入源于毒素抗性的进化，而高初始频率和低空间结构有利于这一进化。某些侵入的表皮葡萄球菌种群中也进化出了增强的毒素产生。

因此，毒素的产生促进了产生菌群的入侵，同时也限制了对其的入侵。空间结构增强了这两种入侵效应。我们的研究结果表明，通过调控鼻腔微生物群落，可以限制金黄色葡萄球菌的定植，进而可能降低其传播和感染率。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。