废水微生物组中接合质粒允许性动态数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.636b0

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 3.93 GB。

数据说明

污水处理厂（WWTPs）旨在强效处理受污染的水体。其特点是持续不断地接收有机、化学和微生物物质流，随后经过处理步骤再排放至环境。污水处理厂是细菌间通过接合质粒进行水平基因转移（HGT）的热点区域，导致潜在有害遗传物质如抗微生物药物耐药基因（AMRGs）的传播。当前关注焦点在于AMRGs扩散及环境维持的威胁，但细菌群落内部及之间的接合质粒转移动态仍大部分未知。此外，现有用于评估复杂微生物组中接合作用的体外方法并未包含受体细胞的原位行为，导致转移情况的部分呈现。我们利用广宿主范围IncP-1接合质粒pKJK5，研究了来自进水污水和出水处理水的污水处理厂微生物组的体外接合能力。建立了一种将宏基因组与16S rRNA DNA/cDNA扩增子测序相结合的彻底分子方法，运用功能响应群的生态学概念来表征微生物组。

在废水中，尤其是污水处理厂排放口，观察到了质粒受体细菌门类的广泛多样性。我们还鉴定出可能穿越污水处理厂并在水处理前后参与接合作用的容许性细菌。细菌活性和生活方式似乎影响接合的程度，因为处理后的水中的富营养菌是转接合子中最具代表性的策略者。相关性分析揭示了质粒从污水到环境群落间可能的传播途径，并识别出可能参与远缘革兰氏阳性与阴性菌门之间跨界交换的关键成员（如Arcobacter）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。