真菌云杉病原Onnia tomentosa定殖与传播模式数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.8281

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数据说明

担子菌类真菌绒毛毡座菌（Onnia tomentosa）是北美分布最广的根腐病原菌之一。尽管该病害在云杉和松树上更为严重，但该病原菌可侵染多种针叶树。为研究O. tomentosa的种群结构，我们于1997年秋季在魁北克西部一片45年生的白云杉人工林中采集了180个子实体，并直接从单个子实体中提取DNA。结合空间坐标与基于两个线粒体位点和三个核位点分析的分子数据，我们测定了平均基因型大小和分子多样性，并评估了担孢子与营养生长对林分定殖的相对贡献。大多数在空间上聚集的采样子实体属于同一基因型。共获得37个离散的多位点基因型，平均大小为3.42 m。基因型大小分布偏向较小的基因型（< 3 m），其多样性高于较大的基因型（> 3 m）。

在较大的无性系中，核位点符合哈迪-温伯格平衡，但在较小的无性系中则不然，后者显示出杂合子不足。这暗示了瓦伦德效应，即不同的定殖事件导致预期杂合度高于观察到的杂合度。利用对该真菌生长速率的估计，仅有少数最大的无性系大致与种植园同龄。这些观察结果与下述情况一致：在整地和植树之后，由担孢子进行的定殖，随后发生次级定殖事件和无性繁殖扩散。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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