野生动物转录组学新方法揭示两栖动物种群疾病介导的差异表达与微生物组变化数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.q4g75

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数据集大小约 594.1 MB。

数据说明

蛙病毒是两栖动物中一种致死性新发传染病的病原，威胁着全球两栖动物种群。尽管如此，人们对两栖动物种群如何应对蛙病毒感染仍知之甚少。在英国，蛙病毒影响普通蛙（Rana temporaria）。英国公众对蛙病毒研究的大量参与促成了一个独特的野外站点体系，这些站点中的蛙种群具有已知的蛙病毒病史。在这一独特的自然野外体系中，我们利用RNA测序（RNA-Seq）比较了有蛙病毒病史和无蛙病毒病史的R. temporaria种群的基因表达谱。我们采用了一种整合Bloom过滤器的RNA读段过滤方案——该方案此前用于临床环境——以限制在非实验室系统中使用RNA-Seq时可能带来的污染。我们鉴定出407个在不同蛙病毒病史种群间差异表达的转录本。这一集合包含与免疫、发育、蛋白质转运和嗅觉接收等功能相关的基因。

在我们的差异表达集中存在很大比例的潜在非编码RNA转录本，这首次提供了长非编码RNA（lncRNA）可能参与两栖动物对病毒反应的证据。我们的读取过滤方法还从疾病史阳性群体生成的文库中显著移除了更多细菌读取。后续分析显示，这些细菌读取集代表了不同的细菌种类群落，这暗示了在野外环境中蛙病毒与宿主微生物组之间可能存在相互作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。