ANA、SMA 和 SLA/LP 研究特征数据
本数据集为一项关于肠道菌群与自身免疫性胆汁淤积性肝病（ACLD）孟德尔随机化研究的补充数据表，文件为 CSV 格式，包含 ANA、SMA 和 SLA/LP 相关研究的特征信息
基本信息
资源简介
ANA、SMA 和 SLA/LP 研究特征数据
Data_Sheet_2_Association between gut microbiota and autoimmune cholestatic liver disease, a Mendelian randomization study.CSV
本数据集为一项关于肠道菌群与自身免疫性胆汁淤积性肝病（ACLD）孟德尔随机化研究的补充数据表，文件为 CSV 格式，包含 ANA、SMA 和 SLA/LP 相关研究的特征信息。研究采用 MiBioGen 联盟肠道菌群全基因组关联研究的汇总统计作为暴露工具变量，并以 FinnGen 数据库 R9 版本的原发性胆汁性胆管炎（PBC）和原发性硬化性胆管炎（PSC）汇总统计为结局，使用 IVW、cML-MA 等方法探索因果关系。数据可用于复现或核查该孟德尔随机化分析中的研究特征（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《Dysbiosis of oral microbiota and its association with salivary immunological biomarkers in autoimmune liver disease》发表于 PLOS ONE（2018），DOI：10.1371/journal.pone.0198757。源站首次发布：2024-03-27。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：背景：既往研究表明肠道菌群（GM）与自身免疫性胆汁淤积性肝病（ACLD）的发生发展密切相关，但受混杂因素等限制，肠道菌群与自身免疫性胆汁淤积性肝病之间的因果关系仍不明确。因此，我们采用两样本孟德尔随机化作为研究方法，探讨两者之间的因果关系。方法：采用 MiBioGen 联盟开展的全基因组关联研究荟萃分析所获得的肠道菌群汇总统计量，作为暴露因素的工具变量。原发性胆汁性胆管炎（PBC）和原发性硬化性胆管炎（PSC）的汇总统计量来自 FinnGen 数据库 R9 版本（
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 1.53 KB。数据集 DOI：10.3389/fmicb.2024.1348027.s002。
【主题与分类】
源站学科分类：Microbiology、Microbial Genetics、Microbial Ecology、Mycology。主题标签：gut microbiota、autoimmune cholestatic liver disease、Mendelian randomization、primary biliary cholangitis、primary sclerosing cholangitis。本站分类：消化系统疾病。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Microbiology、Microbial Genetics、Microbial Ecology、Mycology。
【获取与许可】
源站页面：https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Data_Sheet_2_Association_between_gut_microbiota_and_autoimmune_cholestatic_liver_disease_a_Mendelian_randomization_study_CSV/25485430
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Cui, YangLin; Guo, YuMeng; Kong, YuChen; Zhang, GuangYe (2024). Data_Sheet_2_Association between gut microbiota and autoimmune cholestatic liver disease, a Mendelian randomization study.CSV. Frontiers. Dataset
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数据集获取（Figshare）
- 源站标题：Data_Sheet_2_Association between gut microbiota and autoimmune cholestatic liver disease, a Mendelian randomization study.CSV
- DOI：10.3389/fmicb.2024.1348027.s002
- 发布日期：2024-03-27
- 文件数：1 个
- 文件总体积：1.53 KB
- 源站页面：https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Data_Sheet_2_Association_between_gut_microbiota_and_autoimmune_cholestatic_liver_disease_a_Mendelian_randomization_study_CSV/25485430
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curl -L -o "Data_Sheet_2_Association between gut microbiota and autoimmune cholestatic liver disease, a Mendelian randomization study.CSV" "https://ndownloader.figshare.com/files/45291772"
文件清单
Data_Sheet_2_Association between gut microbiota and autoimmune cholestatic liver disease, a Mendelian randomization study.CSV（1.53 KB）
文件总体积 1.53 KB（源站 API 实测）。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
数据说明
背景既往研究提示肠道微生物群（GM）与自身免疫性胆汁淤积性肝病（ACLD）的发生发展密切相关，但受混杂因素存在等局限性影响，肠道微生物群与自身免疫性胆汁淤积性肝病之间的因果关系仍不明确。因此，我们采用两样本孟德尔随机化作为研究方法，探讨二者之间的因果关系。方法以MiBioGen联盟开展的全基因组关联研究荟萃分析所获得的肠道微生物群汇总统计量作为暴露因素的工具变量。原发性胆汁性胆管炎（PBC）和原发性硬化性胆管炎（PSC）的汇总统计量取自FinnGen数据库R9版本（https://r9.finngen.fi/）。
采用逆方差加权法（IVW）、cML-MA、MR-Egger回归、加权中位数法（WME）、加权众数法（WM）和简单众数法（SM）检测肠道菌群与ACLD之间的因果关系，其中以IVW方法为主，基于效应指标优势比（OR）及95%置信区间（CI）进行评估。结合敏感性分析、异质性检验、基因多效性检验、MR多效性残差和离群值检验（MR-PRESSO）验证结果的稳定性与可靠性。对与ACLD存在因果关联的肠道菌群进行反向孟德尔随机化分析。结果IVW结果显示，Clostridium innocuum group属、Butyricicoccus属和Erysipelatoclostridium属的相对丰度与PBC风险呈负相关，即丰度增加降低PBC风险，为保护因素；Eubacterium hallii属的相对丰度与PSC风险呈正相关，是PSC的危险因素。
梭菌科1和毛螺菌科与PSC风险呈负相关，是PSC的保护因素。结论本研究发现肠道微生物群与ACLD之间存在因果关系。
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.3389/fmicb.2024.1348027.s002（source: https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Data_Sheet_2_Association_between_gut_microbiota_and_autoimmune_cholestatic_liver_disease_a_Mendelian_randomization_study_CSV/25485430）。
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