EP-1处理雄性红耳龟肠道菌群16S rRNA基因扩增子测序原始数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.57760/sciencedb.015k8

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

本数据集包含雄性红耳龟（Trachemys scripta elegans）结肠粪便样本的原始16S rRNA基因扩增子测序数据。本研究旨在评估激素类绝育剂EP-1（100 ppm，E:P=1:1）对雄性龟生殖功能及肠道微生物群的影响。龟被分为对照组（Con）和EP-1处理组（EP）。在处理阶段及28天恢复期后采集结肠粪便样本（注：Con组中的样本Con1和Con2未获得）。采用CTAB法提取总基因组DNA，并使用引物341F/806R扩增16S rRNA基因的V3-V4高变区。在Illumina HiSeq 2500平台上进行双端测序（PE250）。原始数据使用QIIME 1.9.1和UNOISE3流程进行处理。本数据集支持肠道微生物α多样性和β多样性、群落组成（如LEfSe分析）、共现网络以及与血清生殖激素（如GnRH、FSH、LH）的Spearman相关性分析。

此外，通过PICRUSt2进行的KEGG功能预测显示，EP组中次级代谢通路显著富集，包括信号转导、免疫系统、内分泌系统和脂质代谢。该数据集为理解激素不育剂通过宿主-肠道微生物群相互作用影响爬行动物繁殖的机制提供了基础数据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。