人主动脉瘤单核RNA测序的主动脉细胞多样性与全基因组关联研究性状优先级定量分析

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/172c8f6d-2afa-46ae-8c62-ced6b0827853

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们从人类胸主动脉中测序了71 689个细胞核，并鉴定出14个聚类，与11种细胞类型相符，主要为血管平滑肌细胞(VSMCs)，与主动脉组织学特征一致。采用无偏倚方法，我们发现了7个血管平滑肌细胞亚群和6个成纤维细胞亚群。差异表达基因分析显示，一个血管平滑肌细胞群体贡献了大部分差异基因表达。动脉瘤中的成纤维细胞群体表现出独特行为，静息成纤维细胞几乎完全消失。差异表达基因被用于优先考虑主动脉直径和扩张性全基因组关联研究位点的基因，特别强调了成纤维细胞中的JUN、LTBP4(潜伏转化生长因子β结合蛋白1)和IL34(白细胞介素34)，血管平滑肌细胞中的ENTPD1、PDLIM5(PDZ和LIM域5)、ACTN4(α-辅肌动蛋白-4)和GLRX，以及巨噬细胞群体中的LRP1。疾病：主动脉瘤，正常。组织：升主动脉。检测方法：10x 3’ v3。单细胞数据集(CZ CELLxGENE)。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。