单细胞RNA测序揭示了缺血性和出血性中风脑组织的细胞异质性和基因表达差异

该数据集是一个基于单细胞RNA测序技术的基因表达数据集,包含缺血性和出血性中风脑组织中的细胞转录组数据,通过tSNE聚类分析揭示了健康与损伤纹状体的基因表达差异,并识别了星形胶质细胞和小胶质细胞等细胞类型的特异性亚型与差异表达基因,主要用于神经科学领域的中风病理机制研究、细胞异质性分析和潜在生物标志物探索。

干细胞与再生医学数据中心
2023-02-10 更新
浏览 29
异质性缺血性中风出血性中风heterogeneityischemic strokehemorrhagic strokeMus musculusBrainOtherTranscriptome
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cellular Heterogeneity and Gene Expression Differences in Ischemic and Hemorrhagic Stroke Brain Tissues

基本信息

许可
licenseAgreement
创建/更新时间
2023-02-10

资源简介

单细胞RNA测序揭示了缺血性和出血性中风脑组织的细胞异质性和基因表达差异

【数据集背景】

源站首次发布:2023-02-10。

【数据内容】

源站原始描述:Cluster analysis using nonlinear dimensionality reduction ([tSNE]) revealed the differences in global gene expression profiles of healthy and injured striatum, and identified clusters of cells with unique genetic signatures in both ischemic brain and hemorrhagic brain. Genes with p-value < 0.05 and fold change ≥1.5 were regarded as differentially expressed genes (DEGs). For astrocytes, 135 DEGs were downregulated in hemorrhagic stroke compared to ischemic stroke. The secondary profiling of astro…

【主题与分类】

主题标签:异质性、缺血性中风、出血性中风、heterogeneity、ischemic stroke、hemorrhagic stroke、Mus musculus、Brain、Other、Transcriptome。

【获取与许可】

源站页面:http://data.iscr.ac.cn/Article?id=d985b6a1fff649a9a3fd14c054e71587

使用许可:licenseAgreement。

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    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集基于单细胞RNA测序技术构建,旨在研究缺血性和出血性中风脑组织的细胞异质性和基因表达差异。数据包含健康与损伤纹状体的全局基因表达谱,通过非线性降维(tSNE)聚类分析识别了缺血性和出血性脑组织中具有独特遗传特征的细胞群。数据集提供了差异表达基因(DEGs)的统计结果,例如在星形胶质细胞中,出血性中风相比缺血性中风有135个下调的DEGs,并进一步识别出10个功能不同的星形胶质细胞亚型;在小胶质细胞/巨噬细胞中,共获得75个DEGs。数据来源于中风动物模型实验,主要应用于神经科学、中风病理机制研究、细胞类型鉴定和生物标志物发现等领域。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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