iPSC-内皮细胞表型药物筛选与计算分析鉴定AG1296用于肺动脉高压

Name: iPSC-内皮细胞表型药物筛选与计算分析鉴定AG1296用于肺动脉高压
Creator: Cincinnati Children's Hospital Medical Center
License: openSource

该数据集包含基于肺动脉高压患者特异性iPSC来源内皮细胞的表型药物筛选实验数据，涵盖细胞存活、血管生成功能等多模态细胞表型指标，以及通过计算分析关联公开转录组数据库所鉴定的先导化合物AG1296的作用机制信息，主要用于肺动脉高压的药物发现、靶点验证及患者特异性细胞模型在精准医疗中的应用研究。

Cincinnati Children's Hospital Medical Center

干细胞与再生医学数据中心

2022-02-20 更新

人iPSC-derived endothelial cell转录组

iPSC-endothelial cell phenotypic drug screening and in silico analyses identify tyrphostin AG1296 for pulmonary arterial hypertension

基本信息

许可

openSource

创建/更新时间

2022-02-20

资源简介

iPSC-内皮细胞表型药物筛选与计算分析鉴定AG1296用于肺动脉高压

【数据集背景】

本数据集源站标题为《iPSC-endothelial cell phenotypic drug screening and in silico analyses identify tyrphostin AG1296 for pulmonary arterial hypertension》。源站首次发布：2022-02-20。

【数据内容】

源站原始描述：Pulmonary arterial hypertension (PAH) is a progressive disorder leading to occlusive vascular remodeling. Current PAH therapies improve quality of life but do not reverse structural abnormalities in the pulmonary vasculature. Here, we used a high-throughput drug screen combined with in silico analyses of existing transcriptomic datasets to identify a promising lead compound to reverse PAH. Induced pluripotent stem cell-derived endothelial cells (iPSC-EC) generated from six patients with PAH were…

【主题与分类】

主题标签：人、iPSC-derived endothelial cell、primary pulmonary artery smooth muscle cell、primary pulmonary artery endothelial cell、转录组。

【获取与许可】

源站页面：http://data.iscr.ac.cn/Article?id=a5f3fcec0e15477dffab0a759a856295

使用许可：openSource。

原始链接

http://data.iscr.ac.cn/Article?id=a5f3fcec0e15477dffab0a759a856295

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源站：http://data.iscr.ac.cn/Article?id=a5f3fcec0e15477dffab0a759a856295

标准获取流程：

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- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集源于一项针对肺动脉高压（PAH）的药物发现研究，通过结合患者特异性诱导多能干细胞来源内皮细胞（iPSC-EC）的高通量表型药物筛选与公开转录组数据库的计算分析，鉴定出先导化合物AG1296。数据集包含来自6名PAH患者的iPSC-EC在4500种化合物处理后的细胞存活（caspase活性）与血管生成功能数据，以及基于基因表达综合数据库（GEO）和整合网络细胞特征数据库（LINCS）的关联分析结果。研究验证了AG1296通过增强BMPR2信号通路、抑制平滑肌增殖，并在离体肺器官培养与动物模型中逆转肺血管重构的作用，为PAH的靶向治疗提供了新的候选药物与机制见解。

数据加载示例（表格/文本类）

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))