PRJNA506209：腹水易感与抗性鸡表型及全转录组基因表达数据比较分析
腹水综合征（AS）是一种代谢紊乱，主要发生于肉用型鸡的较晚日龄。尽管已有许多研究，但关于该综合征的起源尚无共识。我们的主要目的是利用表型数据和RNA-Seq数据来研究该综合征，以阐明使鸡只易患AS的最主要因素
基本信息
资源简介
PRJNA506209：腹水易感与抗性鸡表型及全转录组基因表达数据比较分析
PRJNA506209 是一项针对肉用型鸡腹水综合征（Ascites Syndrome, AS）易感性与抗性比较的组学研究数据集，同时整合了表型观测与全转录组基因表达数据。腹水综合征是一种主要发生于肉用型鸡较晚日龄的代谢紊乱，尽管已有大量研究，其起源至今仍无共识。该数据集的核心目标是通过表型数据与RNA-Seq数据的联合分析，阐明使鸡只易患腹水综合征的最主要因素。研究围绕腹水综合征指标性状与生长相关性状之间的遗传关系展开，并对肺重、肺百分比等呼吸能力相关指标与易感性指标的相关性进行了考察，同时借助转录组数据探索潜在的分子机制。该数据集在分类上归入循环系统疾病中的心力衰竭方向，来源于ebi.ac.uk，适合从事家禽代谢病、遗传育种及转录组分析的研究者参考使用。
【数据集背景】
腹水综合征是肉用型鸡在较晚日龄发生的一种代谢紊乱。长期以来，关于该综合征的成因存在多种解释，但研究界尚未形成共识。该数据集所对应的研究正是针对这一空白而设计，其出发点是不满足于单一层面的解释，而是同时从表型层面和全转录组基因表达层面入手，寻找 predisposing（易感）因素。研究特别关注两个常见假设：生长速度过快与体重过大是否构成易感性的主要成因。通过对腹水综合征指标性状与生长相关性状之间遗传关系的分析，该研究试图厘清生长性能与腹水易感性之间的真实联系，并进一步评估呼吸能力相关指标在易感性形成中的作用。
【数据内容】
该数据集包含两类核心数据。其一是表型数据，涉及腹水综合征指标性状以及生长相关性状，并包含对上述性状遗传力的估计结果。其二是全转录组基因表达数据，即基于RNA-Seq获得的基因表达谱，用于比较腹水易感鸡与腹水抗性鸡之间的转录组差异。表型分析结果显示，腹水综合征指标性状具有中等至高的遗传力；腹水综合征指标性状与生长相关性状之间不存在一致的直接遗传相关。转录组数据分析的具体结果在源站描述中未完整给出，源站未提供该部分的详细结论。
【采集与来源】
该数据集的来源站为ebi.ac.uk，数据集英文名称为“PRJNA506209: The Comparative Analysis of Phenotypic and Whole Transcriptome Gene Expression Data of Ascites Susceptible Versus Ascites Resistant Chickens”。研究对象为肉用型鸡，比较方向为腹水易感组与腹水抗性组。关于样本量、采样时间、饲养条件、测序平台、测序深度及具体品系等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于家禽代谢紊乱尤其是腹水综合征的病因学与遗传机制研究。具体而言，可用于分析腹水综合征指标性状的遗传参数，评估生长速度与体重是否为易感性的主要决定因素，检验呼吸能力相关指标（如肺重与肺百分比）与易感性指标之间的相关性，以及利用转录组表达数据筛选易感与抗性个体之间的差异表达基因和通路。此外，该数据集也可为家禽育种中针对腹水抗性的选育策略提供参考依据，并可作为同类表型与转录组联合分析的方法学示例。
【使用方法】
使用该数据集时，可将表型数据用于估计腹水综合征指标性状的遗传力及其与生长相关性状的遗传相关，从而判断生长性能与易感性之间的遗传联系；可将肺重、肺百分比等呼吸能力指标与腹水综合征指标性状进行相关分析，以评估呼吸能力的保护性作用；可将RNA-Seq表达数据按易感组与抗性组进行对比分析，识别差异表达特征。由于源站未提供样本量、测序平台与数据处理流程等细节，具体分析前需自行核实数据文件结构与元数据说明。
【质量与限制】
该数据集的价值在于同时提供表型与转录组两个层面的数据，使易感性成因的分析不局限于单一维度。其表型分析已给出遗传力估计及性状间遗传相关的方向性结论，具有较好的参考意义。但需注意，源站描述中转录组数据分析的结论部分未完整呈现，相关分子层面的具体发现无法从现有信息中获知。此外，样本规模、群体背景、饲养环境及测序技术参数等影响结果外推性的关键信息均未提供，使用者在解读与推广结论时应保持谨慎，避免将特定群体中的关联直接视为普遍规律。
【引用与许可】
该数据集来源于ebi.ac.uk，英文名称为“PRJNA506209: The Comparative Analysis of Phenotypic and Whole Transcriptome Gene Expression Data of Ascites Susceptible Versus Ascites Resistant Chickens”。关于引用格式、作者列表、发表刊物及数据使用许可条款，源站未提供。
下载信息
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无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA506209
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
腹水综合征（AS）是一种主要发生于肉用型鸡较晚日龄的代谢性疾病。尽管已有大量研究，但关于该综合征的起源仍未达成共识。我们的主要目的是利用表型数据和RNA-Seq数据研究该综合征，以阐明使鸡只易患AS的最主要致病因素。表型数据分析表明，AS指标性状（AITs）具有中到高遗传力。AITs与生长相关性状（GRTs）之间不存在一致的直接遗传相关性，表明较快的生长速度和较重的体重均不是影响肉鸡对AS易感性的最主要因素。然而，呼吸能力被揭示为使鸡只易患AS的最可能因素，因为肺重量和肺百分比均与AITs呈负相关。转录组数据分析揭示了腹水组与健康组之间有125个差异表达基因（DEGs）。
腹水组中上调基因主要富集于气体运输生物学过程，而下调基因则涉及对细菌的防御反应、生物黏附、细胞黏附、杀伤其他生物细胞及细胞分裂。DEGs与人类心血管疾病的遗传关联提示腹水雏鸡存在过度的心脏问题。心脏很可能是AS易感鸡小型呼吸系统功能不全时首个受累的组织。换言之，组织缺氧导致自由基在心脏细胞中聚集，这可能是最终导致心力衰竭、窒息及雏鸡因AS死亡的一系列事件的开端。总体设计：采用Illumina Hiseq 2000对39日龄腹水鸡和健康鸡的右心室mRNA谱进行深度测序，设两个重复。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
