RNA-Seq分析揭示Scleraxis在胚胎小鼠心脏瓣膜重塑中的新作用
数据围绕胚胎小鼠心脏瓣膜重塑过程，聚焦转录因子 Scleraxis（Scx）在瓣膜发育中的作用，可用于探索瓣膜重塑相关基因表达与信号通路，为心脏瓣膜病胚胎起源研究提供参考（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）
基本信息
资源简介
RNA-Seq分析揭示Scleraxis在胚胎小鼠心脏瓣膜重塑中的新作用
RNA-Seq Analysis to Identify Novel Roles of Scleraxis during Embryonic Mouse Heart Valve Remodeling
该数据集来自 plos.figshare.com，配套 2014 年发表于 PLoS ONE 的 RNA-Seq 研究，包含 2 个文件（Table_S1.docx、Table_S2.docx），作者为 Damien N. Barnette 等。数据围绕胚胎小鼠心脏瓣膜重塑过程，聚焦转录因子 Scleraxis（Scx）在瓣膜发育中的作用，可用于探索瓣膜重塑相关基因表达与信号通路，为心脏瓣膜病胚胎起源研究提供参考（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《RNA-Seq Analysis to Identify Novel Roles of Scleraxis during Embryonic Mouse Heart Valve Remodeling》发表于 PLoS ONE（2014），DOI：10.1371/journal.pone.0101425。源站首次发布：2014-07-01。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：心脏瓣膜病影响高达30%的人群，并已被证明起源于胚胎发育时期。瓣膜发生始于房室管和流出道区域心内膜垫的形成。随后，心内膜垫重塑、延长并逐步形成成熟的瓣膜结构，该结构由高度组织化的结缔组织构成，终生提供必要的生物力学功能。虽然心内膜垫形成已被充分研究，但瓣膜重塑所需的过程了解较少。转录因子Scleraxis（Scx）在小鼠瓣膜中从E15.5重塑初始阶段即可检测到，且表达一直保持高水平直至出生时高度组织化成熟结构形成完成。Scx-/-小鼠的心脏瓣膜异常增厚并出现纤维化表型，类似
【数据结构与技术规格】
文件数 2 个，合计 306.79 KB。数据集 DOI：10.1371/journal.pone.0101425。
【主题与分类】
源站学科分类：Biological Sciences。主题标签：anatomy、biological tissue、Connective tissue、cell biology、Cellular structures and organelles、Extracellular matrix、Signal transduction、cell signaling、Transcriptional signaling、Molecular cell biology。本站分类：循环系统疾病。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Biological Sciences。
【获取与许可】
源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/_RNA_Seq_Analysis_to_Identify_Novel_Roles_of_Scleraxis_during_Embryonic_Mouse_Heart_Valve_Remodeling_/1090132
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：N. Barnette, Damien; VandeKopple, Matthew; Wu, Yonggan; A. Willoughby, David; Lincoln, Joy (2016). RNA-Seq Analysis to Identify Novel Roles of Scleraxis during Embryonic Mouse Heart Valve Remodeling. PLOS ONE. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-05-30，引用时请注意版本时效。
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数据集获取（Figshare）
- 源站标题：RNA-Seq Analysis to Identify Novel Roles of Scleraxis during Embryonic Mouse Heart Valve Remodeling
- DOI：10.1371/journal.pone.0101425
- 发布日期：2014-07-01
- 文件数：2 个
- 文件总体积：306.79 KB
- 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/_RNA_Seq_Analysis_to_Identify_Novel_Roles_of_Scleraxis_during_Embryonic_Mouse_Heart_Valve_Remodeling_/1090132
命令行下载
curl -L -o "Table_S1.docx" "https://ndownloader.figshare.com/files/1576208"
curl -L -o "Table_S2.docx" "https://ndownloader.figshare.com/files/1576209"
文件清单
Table_S1.docx（120.20 KB）Table_S2.docx（186.59 KB）
文件总体积 306.79 KB（源站 API 实测）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据说明
心脏瓣膜病影响高达30%的人口，并已被证明起源于胚胎发育时期。瓣膜发生始于房室管和流出道区域心内膜垫的形成。随后，心内膜垫重塑、延长，并逐步形成由高度组织化的结缔组织构成的成熟瓣膜结构，从而在整个生命周期中提供必要的生物力学功能。虽然心内膜垫形成已得到充分研究，但瓣膜重塑所需的过程却知之甚少。转录因子Scleraxis（Scx）在小鼠瓣膜中从E15.5重塑初期即可检测到，且其表达一直保持较高水平直至出生时高度组织化成熟结构的形成完成。Scx-/-小鼠的心脏瓣膜异常增厚，并在幼年阶段出现类似人类疾病的纤维化表型。这些表型大约始于E15.5，并与结缔组织组织和瓣膜间质细胞分化的缺陷相关。
为了解该表型的病因，我们利用RNA-seq分析了从E15.5 Scx-/-胚胎中分离的重塑瓣膜的转录组。由此，我们鉴定了一组依赖Scx功能的蛋白质和非蛋白质mRNA谱，并运用生物信息学预测这些基因所影响的分子功能和生物学过程。这些过程与功能涉及基因调控（甲基转移酶活性、DNA结合、Notch信号传导）、维生素A代谢（视黄酸生物合成）以及细胞发育（细胞形态、细胞组装与组织）。此外，在缺乏Scx的情况下，若干mRNA受到可变剪接事件的影响，提示其在转录后修饰中具有额外作用。总之，我们的发现确定了来自E15.5 Scx-/-胚胎异常心脏瓣膜的转录组谱，这些谱未来可用于理解人群中心脏瓣膜疾病的机制。
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0101425（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/_RNA_Seq_Analysis_to_Identify_Novel_Roles_of_Scleraxis_during_Embryonic_Mouse_Heart_Valve_Remodeling_/1090132）。
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