PXD000811：小鼠肾小球细胞外基质LC-MSMS

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD000811

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在人类疾病的整个谱系中，细胞外基质（ECM）的组成和组织结构均发生显著变化。此外，疾病严重程度可因种族和性别而异，但这些变异的机制尚不清楚。以肾小球作为模型系统，我们检验了遗传背景和性别影响ECM组成与组织结构的假说。我们采用全基因组微阵列、发现蛋白质组学和电子显微镜技术，对具有不同肾小球疾病易感性的健康小鼠的ECM进行了表征。转录组学和蛋白质组学分析揭示了独特的品系和性别依赖性肾小球ECM特征，其中包含新型ECM蛋白，这些蛋白与肾小球功能障碍及大分子漏入肾小球滤液相关。此外，我们在疾病易感小鼠的基底膜中发现了显著的结构变化。这些发现无法用已知ECM或肾小球基因的突变来解释。对合并的转录组学和蛋白质组学数据集进行通路分析，识别出潜在的ECM调控通路，涉及基质金属蛋白酶抑制、LXR/RXR、NRF2、notch和CDK5。

因此，这些通路可能改变细胞外基质（ECM），并赋予疾病易感性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。