急性髓系白血病HLA配体组图谱：面向肽基免疫治疗的靶向策略

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD015748

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

要确定具有生理相关性的肽疫苗靶点，需要直接分析全部天然呈现的人类白细胞抗原（HLA）配体，即HLA配体组。在本研究中，我们采用免疫沉淀和质谱分析这一直接方法，以确定急性髓系白血病（AML）相关的肽疫苗靶点。通过绘制15例AML患者和35例健康对照者的HLA I类配体组图谱，鉴定出超过25,000种不同的天然呈现HLA配体。基于AML独有性和在AML队列中高呈现频率进行的靶点优先级排序，确定了一组132种LiTAA（配体组来源的肿瘤相关抗原），以及341种相应的HLA配体（LiTAP（配体组来源的肿瘤相关肽）），这些配体独立地在超过20%的AML患者中代表性呈现。通过干扰素-γ ELISPOT（酶联免疫斑点）和细胞内细胞因子染色对LiTAP进行功能表征，证实了AML特异性CD8+ T细胞识别。值得注意的是，我们的平台还鉴定出代表几种已知AML相关抗原的HLA配体（例如

NPM1、MAGED1、PRTN3、MPO、WT1），但发现其中80%也存在于健康对照样本中。HLA II类配体组的映射提供了额外的CD4+ T细胞表位以及可能具有协同作用的嵌入HLA配体，从而能够补充用于AML免疫治疗的多肽疫苗。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。