试验场外的疟疾疫苗接种-RTS,S/AS01：数据

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源站：https://doi.org/10.17035/cardiff.34360557.v1

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数据说明

本数据集及相关材料支持手稿《 Malaria vaccination outside the testing grounds- RTS,S/AS01 E in an imperfect cohort 》。RTS,S疟疾疫苗于2021年获WHO批准，据估计可在疟疾流行国家的接种婴儿中预防约9%的死亡。尽管在疟疾流行地区的同一区域还存在其他寄生虫合并感染的重负，但目前尚无其他研究考察合并感染对RTS,S疫苗性能的影响。在此，我们考察一个数据集，该数据集包含马拉维一组学龄前儿童为期三年的纵向随访（接种前一年和接种后两年）。问卷和现场诊断检测在三个研究期（2022年7月、2023年7月和2024年7月）于马拉维湖西南岸的Mangochi区开展。保存在乙醇中的粪便样本和保存在Whatman 3MM滤纸上的干血斑样本被送至Liverpool School of Tropical Medicine进行DNA提取和实时PCR。

将寄生虫靶DNA的实时PCR Ct值以β-珠蛋白参考基因Ct值（针对疟原虫）或通用细菌16s参考基因Ct值（针对血吸虫和十二指肠贾第虫）进行标准化，以提供寄生虫丰度的相对定量。我们使用该寄生虫丰度数据，结合人口学数据和疫苗接种情况，检验疫苗效力与同时期或既往血吸虫和贾第虫感染之间的关系。本文件夹包含：分析中使用的数据集，提供长格式和宽格式两种版本（vaccines_datlong.csv和vaccines_datwide.csv）；数据集文件中变量的说明（vaccines_datakey.docx）；用于重现相关手稿中报告的GLM和GLMM的R脚本。分析使用Rstudio 4.5.2版本进行。补充材料1——包含向参与者监护人发放的问卷。补充材料

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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