淀粉样变性—基因-疾病关联

蛋白质组学核心设施，基于心内膜心肌活检的质谱蛋白质组学对心脏淀粉样变性进行分型 [数据集]。主题标签：淀粉样变性、基因-疾病关联、心脏淀粉样变性、质谱蛋白质组学、心内膜心肌活检、循环系统疾病

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基因组预测淀粉样变性基因-疾病关联心脏淀粉样变性质谱蛋白质组学心内膜心肌活检循环系统疾病

基本信息

模态

基因组

任务类型

预测

创建/更新时间

2026-10-27

资源简介

淀粉样变性—基因-疾病关联

Amyloidosis — Gene-Disease Associations 是一个以心脏淀粉样变性为主题的蛋白质组学数据集，来源于 ebi.ac.uk，在本站归入循环系统疾病 / 其他分类。该数据集围绕心内膜心肌活检样本的质谱蛋白质组学分析展开，核心用途是对心脏淀粉样变性进行分型，并在此基础上关联淀粉样变性相关的基因与疾病信息。其主题标签涵盖淀粉样变性、基因-疾病关联、心脏淀粉样变性、质谱蛋白质组学、心内膜心肌活检以及循环系统疾病，适合关注淀粉样变性分子分型、心脏受累机制以及蛋白质组学在循环系统疾病中应用的研究者参考使用。

【数据集背景】

淀粉样变性是一类由异常折叠蛋白在组织中沉积所引起的疾病，当沉积累及心脏时可导致心脏淀粉样变性，其分型对临床诊断与治疗决策具有重要意义。该数据集由蛋白质组学核心设施（Proteomics Core Facility）产生，原始描述明确指出其主题为“基于心内膜心肌活检的质谱蛋白质组学对心脏淀粉样变性进行分型”，说明数据集的建立动机在于利用质谱蛋白质组学手段对心脏淀粉样变性样本进行分子层面的区分与鉴定，并进一步形成基因-疾病关联信息。数据集在站内被归入循环系统疾病 / 其他类别，与其心脏受累的疾病背景相吻合。

【数据内容】

依据来源描述，该数据集的内容围绕心脏淀粉样变性的蛋白质组学分型展开，涉及心内膜心肌活检样本的质谱蛋白质组学数据，并带有基因-疾病关联这一主题维度。主题标签进一步标明了淀粉样变性、心脏淀粉样变性、质谱蛋白质组学、心内膜心肌活检与循环系统疾病等关键词。除上述主题与标签信息外，数据集所包含的具体样本数量、蛋白或基因条目数、关联条目规模、文件格式与字段结构等，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk，对应 PRIDE Archive 项目 PXD033168，原始条目将其描述为蛋白质组学核心设施完成的、基于心内膜心肌活检的质谱蛋白质组学心脏淀粉样变性分型研究的数据集。数据产生机构为 Proteomics Core Facility。关于样本采集的具体时间范围、纳入与排除标准、样本来源中心、伦理审批信息以及质谱平台与仪器型号等细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于心脏淀粉样变性分型相关的研究场景，例如基于质谱蛋白质组学结果探讨淀粉样变性亚型的分子特征，或在基因-疾病关联视角下考察淀粉样变性相关基因与心脏受累之间的联系。对于循环系统疾病领域的研究者，该数据集可作为心脏淀粉样变性蛋白质组学分析的参考资源。此外，在蛋白质组学方法学研究中，涉及心内膜心肌活检样本的质谱数据处理与分型流程也可能参考该数据集。具体适用的分析任务类型与验证范围，源站未提供。

【使用方法】

该数据集通过 ebi.ac.uk 的 PRIDE Archive 项目页面（PXD033168）发布，使用者可依据该来源获取数据集条目信息。关于数据下载方式、文件组织方式、检索接口、配套分析工具以及推荐的分析流程，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为蛋白质组学核心设施产出的心脏淀粉样变性分型数据集，其主题与来源信息明确。但关于数据完整性、样本量、分型准确性验证、缺失值情况、批次效应控制以及质量控制指标等，源站未提供。使用者应注意，该数据集聚焦于心脏淀粉样变性这一特定疾病背景，其结论与适用范围不宜直接外推至其他类型淀粉样变性或其他循环系统疾病。

【引用与许可】

该数据集的引用信息为：Proteomics Core Facility, Subtyping of cardiac amyloidosis by mass spectrometry-based proteomics of endomyocardial biopsies [Dataset], https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD033168。关于该数据集的许可条款与使用限制，源站未提供。

原始链接

https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD033168

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使用方式

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD033168

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Proteomics Core Facility, Subtyping of cardiac amyloidosis by mass spectrometry-based proteomics of endomyocardial biopsies [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD033168

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
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       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别