信息速览
INFOBOX — Our Future Health 一屏速览
维度 内容 本质 英国非概率志愿者前瞻性队列(非开放数据下载集),目标 500 万成年居民 当前版本 Release 14(2026-05-28 入库,数据纳入截止 2026-03-24) 同意+问卷 2,021,810(Participant 表 2,022,814) 地理数据 1,983,038(LSOA/MSOA 各 1,914,754;苏格兰 Intermediate Zone 40,031) NHS 链接 1,690,704 链接成功,其中 1,666,336 至少一条记录 临床测量 1,518,202;其中 1,159,273 有 POCT 血脂 基因数据 755,000(芯片 686,416 变异 + 插补 159,587,100 变异;女 417,918/男 337,082) 人群构成 18-39 岁 24.7%|40-59 37.3%|60-79 35.8%|80+ 2.2%;女 57.2%/男 42.7%;白人 89.6% 分析环境 Trusted Research Environment(TRE),DNAnexus 平台,数据不出环境 获取链路 注册账号 → Registered Researcher(2 周)→ 研究申请(Access Board,60 天)→ Resource T&C(境外加 IDTA)→ 付费 → TRE 内分析 论文 Int J Epidemiol 2025;54(6):dyaf171(CC BY 4.0);Nature Medicine 2026-09-10 基线表型分析 库内互链 uk-biobank(96)(不同队列,互为外部验证,非子集)、all-of-us(575)、genomics-england-100k(179)、finngen(189)、nhs-hes(474)
Our Future Health(下称 OFH)是英国政府、产业界与慈善界共同资助的超大型健康研究项目,目标是把最多 500 万名英国成年居民收进同一个前瞻性队列。它最容易被误读的地方在于:这不是一个"数据集",而是一套受控的研究基础设施。没有人可以从官网下载一份 our_future_health.csv;能拿到的公开文件只有数据字典、编码表和变异清单。真正的个体级数据躺在 DNAnexus 承建的 Trusted Research Environment(TRE,可信研究环境)里,研究者必须把自己"搬进去",而不是把数据"搬出来"。
导语读法三则:
- 只关心规模:看 INFOBOX 六行硬数字即可,注意问卷/地理/NHS 链接/临床测量/基因型是五个不同分母,绝不能合并成一个"2,021,810"。
- 准备申请数据:直奔 §6,把四道闸门(注册认证、Access Board、T&C 与 IDTA、付费)的时限与材料逐条对齐,少一环就卡住。
- 判断能否用它做外部验证:直奔 §9,OFH 与 UK Biobank 是两个独立队列,可以互为验证,但没有子集关系。
§0 导读:这个数据集解决什么问题
英国已有 UK Biobank 这样约 50 万人的深度表型队列,也有 Genomics England 十万基因组、FinnGen 这类全国性基因组资源。OFH 的差异化定位不在"更深",而在"更广、更多族裔、更年轻、更贴近 NHS 日常诊疗"。它的三条设计主线值得先记住:
第一条是规模与年龄结构。 OFH 目标 500 万,相当于英国成年人口的约十分之一。截至 Release 14,完成基线问卷者 2,021,810 人,其中 18-39 岁占 24.7%、40-59 岁占 37.3%——这意味它拥有大量 UK Biobank 结构上难以提供的年轻与工作年龄段样本。论文口径称队列中有超过 60 万名 18-40 岁参与者,使肥胖、心理健康、成瘾这类"年轻病"获得足够统计功效。
第二条是 NHS 原生链接。 OFH 不是靠参与者自己回忆病史,而是用 NHS 号把参与者与英格兰的住院、门诊、急诊、初级保健配药、癌症登记、死亡登记逐条接上。Release 14 时 1,690,704 人链接成功。
第三条是"数据不动、人来动"的治理模型。 所有数据锁在 TRE 内,研究者提交申请、签署条款、付费之后进去分析,导出要走 Airlock 审批。这套模型把"可发现性"与"可获取性"彻底拆开:你能查到它有什么(公开数据字典),但不能下载它。
§0 读法三则:
- 本条目把 §6「访问机制」当作核心章节写——它是理解 OFH 与 UK Biobank、All of Us 这类资源差别的关键,也是所有 AI-Ready 评估里最容易失分的地方。
- 全文所有数字都标注了来源页面与版本(Release 14 或论文时点),遇到两个口径不一致的,§10 有专门存照。
- 若你只需要"引用一个数字",请优先用官网 Release 14 页,而不是新闻稿——新闻稿的"1.2 million POCT"是四舍五入。
§1 数据集速览:十问十答
Q1:OFH 到底有多少人?
官方给的是一组分层数字,不是一个总数:2,021,810 人同意并完成基线问卷(Participant 表为 2,022,814,差 1,004 人源于建表同步时点);1,983,038 人有地理数据;1,690,704 人链接 NHS 号;1,518,202 人有临床测量;755,000 人有基因型。任何把这五个数合并成一个"总样本量"的写法都是错的。
Q2:为什么问卷数和 Participant 表差 1,004?
Release 14 页明确解释:创建 Participant 表与问卷表之间存在同步时点差,这 1,004 人只在 Participant 表里,官方表示下一版补齐。这是官方披露的已知问题,不是检索者算错。
Q3:它是开放数据吗?
不是。它连"申请后给下载包"都不是——数据永远不离开 TRE。你能下载的公开文件仅限数据字典(XLSX 128KB)、编码文件(XLSX 15.3MB)、芯片变异清单(CSV 13.5MB)、插补变异清单(ZIP 581MB,解压 3.3GB)。
Q4:TRE 是谁做的?
DNAnexus。OFH 官方文档原文为 “The Our Future Health Trusted Research Environment (TRE) is built on the DNAnexus Platform”。巧合的是,UK Biobank 的 Research Analysis Platform 也由 DNAnexus 提供——同一家供应商,两个不同队列。
Q5:基因数据到什么程度?
755,000 人同时有芯片与插补数据。芯片为 Illumina Infinium Excalibur 定制阵列,686,416 个变异;插补以 UK Biobank 20 万人参考面板把变异扩到 159,587,100 个。文件分 160 片(芯片)与 809 片(插补),pVCF 与 BGEN 双格式,GRCh38。
Q6:有影像吗?
截至 Release 14,没有。官方"当前可用数据"清单只列问卷、地理、基因、链接健康记录、临床测量五类。影像属于后续计划,本条目按"未公开"处理。
Q7:链接健康记录覆盖哪里?
英格兰 NHS 机构。威尔士(SAIL Databank)与苏格兰(NHS Scotland)的链接在论文中描述为"正在建立"。死亡登记来自 ONS,覆盖英格兰与威尔士。
Q8:临床测量包含什么?
身高、体重、腰围、血压、心率和心律,加上 POCT 血脂(总胆固醇、HDL-C、甘油三酯、LDL-C、非 HDL-C、TC:HDL-C 比值)。血脂采集期为 2022-07 至 2024-12,2024-12-23 之后停止采集。
Q9:申请要多久?
两段时间是硬性的:Registered Researcher 认证2 周内答复;研究申请经 Access Board 审核60 天内答复。加上机构签署 T&C、IDTA(如适用)与缴费,实际路径通常以月计。
Q10:能用它替代 UK Biobank 吗?
不能替代,也不该替代。两者是独立队列,招募方式、年龄结构、族裔构成、表型深度都不同。正确用法是互为外部验证——Nature Medicine 2026 的基线分析正是这样做的,发现两个队列的疾病患病率方向一致性 r = 0.78。
§2 数据构成与规格
Release 14 把数据组织成六类资产,在 TRE 内各自映射为实体(entity),实体下再分表。理解"哪些表一人一行、哪些表一人多行"是后续做链接分析的前提。
| 资产 | TRE 实体名 | 粒度 | 规模(Release 14) |
|---|---|---|---|
| 参与者数据 | participant |
一人一行 | 2,022,814 |
| 问卷数据 | questionnaire |
一人一行 | 2,021,810 |
| 地理数据 | country_region / lsoa / msoa / intermediate_zones |
一人一行 | 1,983,038 / 1,914,754 / 1,914,754 / 40,031 |
| 临床测量 | clinic_measurements |
一人一行 | 1,518,202 |
| POCT 血脂 | poct_lipid_profile |
一人一行 | 1,159,273 |
| 基因数据 | snv_* / imputed_* / *_resources |
变异×样本矩阵 + 元数据 | 755,000 人 |
| 链接健康记录 | nhse_eng_* / participant_nhs_linked |
多为事件级、一人多行 | 1,690,704 链接;1,666,336 有记录 |
§2.1 问卷
基线问卷有两代:v1 共 202 题,v2 共 286 题,v2 于 2022 年 11 月上线。并非每位参与者都看到全部题目——部分题目按回答走动态逻辑呈现。Release 14 的版本分布为:v1 52,871 人、v2 739,323 人、v2.1 370,407 人、v2.2 859,209 人(合计 2,021,810)。四个版本共存意味着跨版本分析必须做题目映射,这是使用 OFH 问卷的第一个技术门槛。
问卷分五段:个人与家庭(年龄、性别、身高体重、族裔、居住情况)、工作与教育(收入、就业史、最高学历)、生活方式(社交、屏幕使用、饮酒)、家族健康史(父母与兄弟姐妹健康)、个人健康史(体检与筛查、诊断、用药、当前症状)。
§2.2 客观测量与 POCT 血脂
诊所测量由受训人员在 15 分钟现场预约中完成:身高(Marsden HM-250P)、体重(SECA 875)、腰围、血压与心率(Omron)、即时血脂(Mission® Cholesterol Monitoring System,前约 120 万参与者使用)。血样为 2 × 6 mL EDTA 管,室温过夜快递,4°C、2500 rpm 离心 10 分钟,分装 6 × 850 µL 血浆与 1 × 500 µL 白膜层,−80°C 保存;DNA 用磁珠法提取(Revvity Chemagen / ThermoFisher KingFisher)。
POCT 数据的质量处理值得单列:设备分析域为 TC 2.59-12.93 mmol/L、HDL-C 0.39-2.59 mmol/L、TG 0.51-7.34 mmol/L;超域值(各 <0.05%)与 HDL-C > TC(<0.05%)的记录被剔除;边界值保留但派生的 LDL-C 与非 HDL-C 不为边界值参与者计算(约影响 4.8%)。8,510 人有重复测量,其中 TC 76%、HDL 84%、TG 62% 的两次测量差异小于 10%。
§2.3 基因数据
芯片为 Illumina Infinium Excalibur 定制阵列,686,416 个变异,覆盖 22 条常染色体与 X/Y/MT,GRCh38。插补使用 UK Biobank 20 万人参考面板,变异数扩至 159,587,100,覆盖 22 条常染色体与 X(非 PAR 区),GT:GP 格式。
文件结构:芯片数据 160 个 pVCF + 160 个索引 + 160 个 BGEN + 160 个 .sample + 160 个 .bgi;插补数据同结构但为 809 片。附带样本级 QC 文件、区域 BED、亲缘(kinship)文件、祖源文件、40 个主成分载荷。祖源推断覆盖 755,000 人,分 142 组,2026-05-28 首次进 TRE。
§2.4 链接健康记录
| 数据类别 | 数据集 | 覆盖窗口(Release 14) |
|---|---|---|
| 初级保健 | 英格兰社区药房配药(Medicines Dispensed in Primary Care) | 2018-04-01 至 2025-06-01 |
| 二级保健 | HES 急诊(A&E) | 2007-04-01 至 2020-03-31 |
| 二级保健 | HES 急诊护理数据集(ECDS) | 2020-04-01 至 2025-03-31(临时至 2025-10-31) |
| 二级保健 | HES 住院(APC) | 1997-04-01 至 2025-03-31(临时至 2025-10-31) |
| 二级保健 | HES 门诊(OP) | 2003-04-01 至 2025-03-31(临时至 2025-10-31) |
| 癌症 | 癌症登记:患者肿瘤 | 1995-01-01 至 2023-12-31 |
| 癌症 | 癌症登记:治疗 | 1995-01-01 至 2025-06-12 |
| 癌症 | 癌症登记:1995 年前 | 1985-01-01 至 1994-12-31(Release 14 首发) |
| 癌症 | 癌症路径(Cancer Pathways) | 2013-01-01 至 2024-07-26 |
| 死亡 | ONS 死亡登记 | 2022-06-01 至 2025-10-31(临时至 2025-11-26) |
| 派生 | Linked Participants | 2025-04-09 前提交问卷者 |
Release 14 页面上,链接健康记录的分表人数只完整给出前两行:配药 1,572,477、HES A&E(至 2020-04)1,175,047;其余各行的人数在本条目可及页面中未完整呈现,按纪律记为"未公开"。
§2.5 地理数据
四张表:国家与区域(英格兰、苏格兰、威尔士、北爱尔兰)、LSOA(英格兰与威尔士)、MSOA(英格兰与威尔士)、Intermediate Zones(苏格兰)。地理底册基于 2021 年英格兰与威尔士普查、2022 年苏格兰普查:英格兰与威尔士共 35,672 个 LSOA、7,264 个 MSOA,苏格兰 1,344 个 Intermediate Zone。
关键细节:只用注册时自报的地址,后续搬家不反映。Release 14 首次纳入北爱尔兰的国家/区域级数据,并调整了去标识协议——抑制(suppression)不再传导到国家/区域层,同时移除了基于"邮编—坐标不匹配"的排除规则。部分撤出者在地理表中被排除,约影响 0.25% 的合格参与者。
§3 队列设计与招募:为什么它是"志愿者队列"
OFH 的正式自称是 non-probability, volunteer-based prospective cohort——非概率、志愿者为基础的前瞻性队列。这句话决定了它所有的统计性质,也决定了使用它时最该警惕什么。
招募三条腿。第一条是 NHS DigiTrials 发出的个性化邀请信;第二条是非个性化信件(NPL,non-personalised letter),通常在新中心开张前投向中心周边约 5 英里内的所有个人与家庭,内含邀请函、二维码与网址;第三条是"无需邀请"——任何英国成年居民都可以自行上网注册并同意。此外还有地方与全国媒体广告、社区利益相关者外联。
应答率约 4.5%。论文以"写信对象中最终同意者"的比例估算得到这一数字。4.5% 的应答率不是 OFH 独有的问题,但它意味着队列是自我选择的结果,而不是随机抽样。
招募时间线。2022 年 10 月在英格兰启动;2024 年初扩展至威尔士与苏格兰;2023 年 11 月达到 100 万志愿者;2026 年 9 月官方口径为注册超过 250 万人。
同意范围覆盖五件事:健康相关数据链接(NHS 记录等)、对捐献血样与生物样本库的广泛分析、可被再次联系(受邀填额外问卷、提供额外生物样本、参与辅助研究)、参与辅助研究与试验、以及未来接收疾病风险反馈(feedback about disease risks)。
招募表述的漂移。关于"500 万何时达成",公开来源给出过三种口径:Genome UK 2022-2025 实施计划写"在 2025 年底前招募最多 500 万";2025 年一位项目负责人在媒体访谈中称"目标 2028 年完成招募";官网首页只写"最多 500 万"而不给期限。三者并存,本条目按"目标 500 万、期限公开口径不一"处理(见 §10 坑 4)。
中心数量与站点分布:未公开。官方文档说明参与者可从"活跃中心(active centres)"按时间与地点偏好预约 15 分钟现场会面,但没有给出中心总数或分国分布,本条目不做估算。
公众共创。2020-2021 年有 120 名公众参与方案设计;截至 2025 年 1 月,超过 1,000 人参与过定性研究与共创;超过 50 万参与者完成过体验问卷。这类"参与者即合作者"的设计在英国大型队列里属较新实践。
§4 人群构成:代表性的一体两面
OFH 的核心卖点是"反映英国人口"。这句话在 Release 14 官网与 2026 年 Nature Medicine 分析里有精确的边界:大体反映,但在若干维度上系统性偏离。
§4.1 Release 14 构成
| 维度 | 分组 | 占比 |
|---|---|---|
| 年龄 | 18-39 岁 | 24.7% |
| 年龄 | 40-59 岁 | 37.3% |
| 年龄 | 60-79 岁 | 35.8% |
| 年龄 | 80+ | 2.2% |
| 出生时登记性别 | 女 | 57.2% |
| 出生时登记性别 | 男 | 42.7% |
| 出生时登记性别 | 其他 | <0.1% |
| 族裔 | 亚裔 | 5.5% |
| 族裔 | 黑人 | 1.6% |
| 族裔 | 白人 | 89.6% |
| 族裔 | 混血 | 1.8% |
| 族裔 | 其他 | 1.4% |
注意两个细节。第一,性别分组的百分比加起来是 99.9%(57.2 + 42.7),"其他"为 <0.1%,官网未给保留一位小数的精确值。第二,基因数据的性别拆分是 417,918 女 + 337,082 男 = 755,000,比例约 55.4% / 44.6%,与全体 57.2% / 42.7% 并不相同——说明基因型子集本身也是一次选择,不可默认对全队列无偏。
§4.2 与全国参照的差距
2026 年 Nature Medicine 的基线表型分析(牛津人口健康 Leverhulme 人口科学中心主导,第一作者 Vincent Straub)给出三处明确差距:
- 性别:队列女性 57%,全国 43%。这与多数志愿者队列的规律一致——女性更倾向于参加健康研究。
- 社会经济剥夺:最剥夺五分位(IMD 1)在队列中占 13%,全国为 20%。
- 族裔与年轻人:部分少数族裔与年轻成人仍然不足。
但"占比不足"不等于"绝对数量不足"。同文给出的关键反驳是:队列中 18-39 岁且自认 Asian British 或其他亚裔背景者超过 40,000 人,超过英国任何现有队列。这正是大规模队列相对小队列的结构性优势——比例可以低,绝对数仍然够用。
§4.3 绝对数优势:罕见病案例
论文与牛津新闻稿用罕见病做了最直观的对照:囊性纤维化 172 人(UK Biobank 25 人)、重症肌无力 668 人(UK Biobank 266 人)。这类"病例数直接翻数倍"的例子,是 OFH 在罕见病与罕见暴露研究上最有力的卖点。
§4.4 患病率的方向一致性
同一分析把 OFH 自报患病率与 UK Biobank 对照,得到方向一致性 r = 0.78;把疾病与已知临床相关因素的关联(如高血压与心血管病、吸烟与呼吸疾病)与 UK Biobank 对照,得到 r = 0.80。这两个数字说明:OFH 的自报表型不是"另一套疾病谱",而是同一疾病谱的另一批人。
同时有两处系统性偏差必须记住:抑郁与焦虑等精神健康状况的自报率高于全国调查估计;肺癌患病率在各年龄组与两性别中均持续低于全国水平。前者的常见解释是志愿者人群与自报机制共同作用,后者则可能来自健康志愿者效应与确诊依赖的漏报。任何用 OFH 做精神健康或肺癌绝对患病率估计的研究,都必须先处理这两处偏差。
§4.5 加权与推断
论文明确表示提供抽样权重(sampling weights)与统计代码,用于提高对英国人群的推断准确性。这意味着官方立场是:"我们是志愿者队列,但你可以加权后做人群推断。"使用者的责任是:做加权、报加权口径、在讨论中写明选择偏倚。
§5 任务谱系:用 OFH 能做什么、不能做什么
OFH 没有"标签"概念——它是观测性队列,不是标注数据集。它的任务谱系由数据结构决定,可以按"输入→输出"分成六类。
§5.1 基因型-表型关联(GWAS 与 PRS)
755,000 人、159,587,100 个插补变异、40 个主成分、亲缘矩阵——这是一套为标准 GWAS 流水线准备的原料。OFH 的芯片是针对多种族插补优化的定制阵列,包含疾病、表型、血型与药物基因组相关变异。芯片 686,416 个变异对 PRS 计算通常不够(多数 PRS 需要百万级变异),因此实际做 PRS 应使用插补数据,芯片数据更多用于 QC 与直接基因分型验证。
禁忌:OFH 是志愿者队列,PRS 的绝对风险校准会受选择偏倚影响;跨族裔 PRS 迁移性必须单独评估,而 OFH 的亚裔 5.5%、黑人 1.6% 在细分到南亚/东亚/非洲/加勒比后样本量会迅速变小。
§5.2 药物流行病学
初级保健配药记录(1,572,477 人,2018-04 起月度更新)是 OFH 最被低估的资产。它记录英格兰社区药房、开方医生与器械供应商发出的所有药品,含药名、数量与费用。配合 HES 住院与 ONS 死亡,可以构建"处方—入院—死亡"的完整链条,做药物安全、依从性、处方级联(prescribing cascade)类研究。
禁忌:配药记录只说明"发出",不说明"服用";仅覆盖英格兰;2018 年前的用药史缺失。
§5.3 疾病风险预测与筛查策略
问卷 + 客观测量 + 基因 + 链接记录,构成一个纵向风险预测的标准输入集。OFH 的明确使命之一是"帮助发现并检验更有效的预防、早期检测与治疗方式",因此它天然适配"风险分层筛查"类研究。
禁忌:当前只有一个时点的客观测量,随访时长取决于链接记录窗口(住院可回溯至 1997 年,死亡至 2025-10),不能用它做短期 incident 事件的密集随访。
§5.4 健康不平等
地理数据精确到 LSOA(英格兰与威尔士共 35,672 个)与 Intermediate Zone(苏格兰),配合族裔、剥夺指数与基因祖源,可以做多层次的不平等分析。OFH 官方明确把"少数族裔与最剥夺社区代表不足"作为要解决的问题,也让这类研究成为它的核心场景。
§5.5 罕见病与罕见暴露
172 例囊性纤维化、668 例重症肌无力——绝对数优势在罕见病上最明显。同理,罕见暴露(特定职业、特定用药组合)也能获得可观样本。
§5.6 方法学研究
OFH 自身就是代表性研究的对象:志愿者偏倚如何影响患病率估计、加权能否修正、自报与链接记录的差异有多大。这类"用 OFH 研究 OFH"的工作,对理解所有大型队列都有价值。
不能做什么:不能做需要原始影像的放射组学(无影像);不能做需要连续生理信号的研究(只有单次测量);不能把数据带出 TRE 做本地深度学习训练(算力在 TRE 内);不能把同一批数据同时用于多个研究项目(官方明确"不能跨研究共享数据")。
§6 访问机制:四道闸门与一条不能越的线
这是 OFH 与绝大多数公开数据集最根本的差别,也是本条目最该写透的部分。OFH 的访问不是"申请—下载",而是"认证—审批—签约—付费—进入"。
§6.1 第 0 步:先确认你所在的国家能不能访问
在动手注册之前,官方要求先查"可访问的国家与地区"名单(territories of access)。原文措辞很硬:如果你只计划从被列为 Not accepted 的国家或地区访问数据,请不要申请——官方无法授予访问权限。这一步是硬性前置条件,不满足就不必往下走。
§6.2 第一道闸门:Registered Researcher 认证(2 周)
要成为 OFH 注册研究者,你必须受雇于或作为受督导学生隶属于以下四类机构之一:大学、慈善机构、NHS、参与健康研究的组织。只有计划访问参与者数据的人才需要成为注册研究者;只访问公开数据字典的人不需要。
申请时需要提交四样东西:
- 研究者申请表(官方提供示例表 PDF);
- 阅读并同意 Registered Researcher Terms and Conditions(v2.5,2025-03 版);
- 证明你在最近 12 个月内完成过覆盖 UK GDPR 的信息治理培训——你所在机构可能已有现成课程,不确定可邮件询问 access@ourfuturehealth.org.uk;
- 机构符合"eligible organisations policy"(v10,2026-03 版)的伦理、法律与组织标准。
官方承诺 2 周内答复。这一环节失败的高频原因是第 3 条:培训证明必须覆盖 UK GDPR 且在 12 个月有效期内,机构内部的一般性合规章程或过期证书通常不被接受。另一个高频原因是机构类型不符——独立研究者、企业研发部门(非健康研究组织)、非营利智库等若无法归入四类之一,会在这一关被挡。
§6.3 第二道闸门:研究申请与 Access Board(60 天)
通过认证后,才可以在研究者门户里提交研究申请。这一步的材料比第一步多得多:
- 研究申请表:说明研究内容、所需数据、以及一份通俗语言摘要(plain language summary)。官方有通俗语言撰写指南。
- 合作者列名:所有需要访问参与者数据的合作者都必须各自成为 Registered Researcher,并在申请表 4.1 节具名。不需要访问数据的合作者不必列名。
- 机构授权代表签字:申请表须由所属机构的授权代表签署,该人对研究整体负责。
- 每个合作机构的授权代表都要签署 Resource Terms and Conditions(v2.5,2026-04 版)——注意这是机构级签署,不是个人签署。
- IDTA(如适用):如果你计划从英国或欧洲经济区(EEA)以外访问数据,可能需要签署国际数据传输协议(International Data Transfer Agreement)。以下三种情况免于提交 IDTA:从英国访问、从 EEA 访问、从被英国"充分性认定"(adequacy regulation)覆盖的国家访问。
- Access Board 审核:由专家与公众代表组成,负责监督数据访问。官方承诺 60 天内答复。
- 批准后公示:研究摘要会被发布到 Health Data Research UK Innovation Gateway 网站(OFH 作为 data custodian 的编号为 86)。
- 年度报告:研究期间需每年提交年度研究报告表。
§6.4 第三道闸门:付费
官方原文:“If the Access Board approves your study application, you will need to pay to access the data you’ve requested. This fee will support the long-term sustainability of the Our Future Health programme.”
这里有三个必须写清的事实:
- 付费发生在批准之后、进入 TRE 之前——不是申请费,是访问费。
- 商业研究机构费用差异化:按所属机构的类型与规模定价,需联系 partnerships@ourfuturehealth.org.uk。
- 具体价目未公开:官网没有公开价目表,学术机构与商业机构的具体金额均未在可及页面给出。本条目按纪律记"未公开",并建议申请者直接邮件询价。
除了访问费,TRE 内的算力还要另外付费:官方举例,跑一个简单计算实例的笔记本约 £0.10/小时。为降低门槛,OFH 向每位有在研项目的研究者提供 £500 云额度,可用于算力与存储,有效期至 2027-08-31(须在 2027 年 9 月前用完)。额度按研究者而非按项目发放——同一项目两名研究者各得 £500,用完后才需要设置可计费钱包。
§6.5 第四道闸门:在 TRE 内分析
批准后,数据出现在 OFH 的 TRE 中。TRE 建在 DNAnexus 平台上,官方描述为"高度安全的计算环境,受规则、监控与严格管控约束"。
TRE 提供的工具:
| 工具 | 用途 |
|---|---|
| JupyterLab(R / Python / Stata) | 探索、分析、可视化、出图;分单节点与 Spark 集群两种配置 |
| Cohort Browser | 按数据集特征筛选建队列 |
| 命令行接口(CLI) | 程序化上传、浏览、组织数据与启动分析 |
| Airlock | 进出 TRE 的代码与文件闸门(脚本、包、结果) |
| 基因组工具链 | PLINK 1/2、VCFtools、BEDTools、BOLT-LMM 等 |
实体之间用 PID(参与者唯一标识)链接。PID 全局唯一,可做一对一链接;多数链接健康记录实体是一人多行,需要按事件聚合。
§6.6 那条不能越的线:数据不出环境
OFH 的规则是:数据不下载到个人设备。所有分析在 TRE 内完成,所有进出 TRE 的文件(包括你自己写的脚本和要带出的结果)都要走 Airlock,并在 TRE 内提交 transfer request。官方明确两条限制:
- 上传自己的数据用于与 OFH 数据联合分析,需要提交转移申请;
- 下载数据到 TRE 之外使用,需要提交转移申请;
- 所有文件当前必须是人类可读格式(human readable)——这意味着二进制模型权重、压缩包等导出会受限;
- 不能在你的多个研究项目之间共享数据。
第 4 条常被忽略:一个研究者如果同时有两个获批项目,不能把一个项目的数据拿给另一个项目用。
§6.7 项目生命周期:修订、结项与发表
- 修订:首席研究员(PI)可在研究者门户提交在线修订表,可改研究标题与摘要、科学细节与设计、团队成员及其他支撑材料;审核最长 35 天。
- 结项:需提交 End of study declaration form。
- 发表:使用 OFH 数据发表研究,需提交 Publication submission form,并遵守 Publication policy(v1.4)。
- 换环境:如果 OFH 的 TRE 无法满足需求(例如你已开发了难以迁移的复杂软件),可以申请在其他 TRE 中访问数据,需联系 access@ourfuturehealth.org.uk。
§6.8 撤出机制如何影响数据
参与者完全撤出后,其数据在请求后例行删除。Release 14 起,撤出处理按数据集独立进行——因此不同资产之间的参与者计数会出现微小差异,Participant 表可能略少于其他表;受影响者会在下一版从所有资产移除。这部分退出者也会从地理数据中排除,约影响 0.25% 的合格参与者。
§6.9 访问链路的现实成本估算
把四道闸门串起来,一次典型申请的路径是:确认国家可访问 → 注册账号 → 准备研究者申请表 + IG 培训证明 + 机构资格确认 → 等 2 周 → 提交研究申请 + 通俗摘要 + 合作者认证 + 机构签 T&C(+ IDTA)→ 等最多 60 天 → 付费 → 进入 TRE。最短路径约两到三个月,且任何一个合作机构的 T&C 未签都会拖住整条链。这与"下载即用"的数据集在工程节奏上完全不同,任何 AI-Ready 评估都必须把这一点计入可获取性得分。
§7 与 UK Biobank 的关系:两个队列,不是父子
这是本条目必须显式澄清的一点,因为检索时最常见的误解就是把 OFH 当成"UK Biobank 的扩展版"或"UK Biobank 的子集"。
事实层面:两者是完全独立的两个队列,各有独立的伦理批件、独立的招募、独立的参与者、独立的数据访问委员会。
| 维度 | Our Future Health | UK Biobank |
|---|---|---|
| 目标规模 | 最多 500 万 | 约 50 万 |
| 招募起点 | 2022-10(英格兰) | 2006-2010 |
| 招募方式 | 志愿者自选 + NPL 信件 + 可自行注册 | 志愿者自选 + NHS 登记名册邀请 |
| 年龄结构 | 18+ 全覆盖,18-39 岁占 24.7% | 招募时 40-69 岁 |
| 应答率 | 约 4.5% | 约 5.5%(公开文献口径) |
| 基因分型 | Excalibur 定制芯片 + 插补至 1.596 亿变异 | 芯片 + WGS(约 50 万) |
| 影像 | 尚未发布 | 多模态 MRI 等深度影像 |
| 分析环境 | DNAnexus TRE | DNAnexus Research Analysis Platform |
| 访问费 | 批准后付费(价目未公开) | 按项目收费(公开费率表) |
表格最后一行的对照值得注意:两家用的都是 DNAnexus 平台,但这是同一供应商的两个独立部署,账号、审批、数据完全隔离。看到"DNAnexus"就以为"同一套数据"是典型误判。
关系定性:互为外部验证队列。Nature Medicine 2026 的基线分析正是这么用的——把 OFH 的自报患病率与 UK Biobank 对照得 r = 0.78,把疾病-风险因素关联对照得 r = 0.80。这种用法有效,恰恰因为两者独立:如果 OFH 是 UK Biobank 的子集,这个对照就毫无信息量。
使用建议:做 PRS 时,可在 UK Biobank 训练、在 OFH 验证(或反向),因为两者族裔构成与年龄结构不同,能同时检验迁移性与外推性;做罕见病时,用 OFH 的绝对数优势补 UK Biobank 的样本不足;做影像时,目前只能用 UK Biobank。
必须避免的写法:
- ✗ “OFH 是 UK Biobank 的超集”——错,人群完全不同。
- ✗ “OFH 包含 UK Biobank 的 50 万人”——错,没有任何包含关系。
- ✗ “两者可合并成一个 550 万人的队列”——错,合并会造成重复计数风险(志愿者可能同时参加两者),且两套问卷与测量协议不同。
§8 数据质量与已知缺陷:Release 14 自曝清单
OFH 在 Release 14 文档中主动披露了一批数据质量问题。这些披露本身是数据成熟度的正面信号——一个肯把自己缺陷写进版本说明的供数方,比一个只说"完美"的供数方更值得信任。但对使用者而言,每一条都对应一个必须在分析前处理的坑。
| 问题 | 官方描述 | 对分析的影响 |
|---|---|---|
| 问卷技术性丢失 | 2022 年 10 月前疑似系统问题致部分题目数据缺失 | 早期参与者的部分变量缺失非随机,须按参与时间分层检查 |
| 年龄/出生年不一致 | 参与者更新出生日期后,早期回答未重算 | 用问卷内年龄与 Participant 表出生年月比对时会出现矛盾 |
| 动态逻辑残留 | 父问题更新后,性别特异问题出现不一致,影响 <0.1% | 极少数个案的性别与题目跳转不匹配 |
| 表间差额 | 1,004 人仅在 Participant 表 | 以问卷为主表分析会自动排除这 1,004 人 |
| 重复注册 | 无法高置信度识别,可借助链接健康记录发现 | 可能导致个别 PID 重复,需用 NHS 号交叉验证 |
| 测量异常值 | 疑有人为录入错误(英寸/厘米、身高体重互换),<1%,本版未处理 | 必须做生理合理性过滤(如身高 <100cm 或 >220cm) |
| 基因 Y/MT | 约 0.25% 的 Y 染色体调用为非单倍体,应视为缺失 | Y/MT 分析前须过滤非单倍体基因型 |
| 亲缘异常 | 78 个样本三级亲属异常多;129 对 IBS0=0 被归为二级亲属 | 亲缘过滤须用官方 kinship 而非自算 |
| 链接去重 | 移除 12,352 个链接到同一 NHS 号的 PID | 该批 PID 在其他资产中仍存在,跨表合并会漏行 |
| 提供方映射 | 11,844 个提供方代码映射中 349 个(2.9%)未知 | 机构级分析须把"未知"单列,不能丢弃 |
§8.1 基因数据的 QC 要点
官方提供三件套:样本级 QC 文件(.tsv)、亲缘文件(.txt)、40 个主成分载荷(VCF)。加上变异级摘要统计(插补数据)。
实践建议:
- 先跑样本 QC 再跑关联——官方 QC 文件已给出关键指标,不要用自写脚本重算阈值;
- 亲缘用官方文件——129 对 IBS0=0 被归为二级亲属这类边界判定,自算容易出错;
- 主成分用官方 40 个载荷——不要用自己的 PCA,否则与官方 QC 口径不一致,跨研究结果无法对比;
- Y/MT 单独处理——非单倍体调用占 Y 约 0.25%,直接当二倍体分析会引入噪声;
- 祖源分组 142 组——基因祖源比自报族裔细,做族裔分层分析时应两者并用,并说明选哪一个作为主分层变量。
§8.2 链接数据的 QC 要点
- 先做 Linked Participants 表的内连接:只有出现在该表的 PID 才算"链接成功",不能假定所有参与者都有 NHS 号;
- 事件级表需要聚合口径:住院、门诊、急诊各是一人多行,做"是否有某病"的标签前必须定义时间窗与聚合规则(首次/末次/任一次);
- HES A&E 止于 2020-03:2020 年后的急诊应改用 ECDS,两者不可简单拼接(字段与覆盖范围不同);
- 癌症登记有时间差:患者肿瘤表到 2023-12,治疗表到 2025-06,路径表到 2024-07——三张表的时间窗不一致,做癌症结局分析要说明用哪一张;
- 死亡登记起于 2022-06:2022 年前的死亡不在 OFH 的 ONS 数据中,做生存分析会出现"左截断"。
§8.3 POCT 血脂的 QC 要点
分析域外的值已剔除(<0.05%),边界值保留但派生变量为空(约 4.8% 参与者至少一项在边界)。做血脂分析时:
- 直接使用官方派生变量(LDL-C、非 HDL-C)时,边界值个案会是缺失,需说明缺失机制;
- 若自己重算 Friedewald LDL-C,须先剔除 TG > 4.5 mmol/L 的样本(设备分析域上限为 7.34,但 Friedewald 公式在高 TG 下失真);
- 重复测量一致性仅 8,510 人有数据,不能据此估计全队列的测量误差。
§8.4 代表性带来的统计风险
- 患病率不可直接当全国估计:精神健康偏高、肺癌偏低、最剥夺五分位偏低;
- 加权必须用官方权重:论文明确提供权重与代码,自算权重会引入不可比性;
- 亚组分析要报绝对数:黑人仅 1.6%(约 3.2 万人),细分到具体疾病后单元格可能只有个位数;
- 年龄口径注意:论文口径"<40 岁 23.5%"与官网"18-39 岁 24.7%"不是同一分组(前者含 39 岁边界处理差异),跨文档引用要统一。
§9 生态与库内定位
OFH 在英国乃至全球健康数据生态中处在一个特殊位置:它是最新、最大、但表型深度最浅的那一档。理解这一定位,比记住具体数字更有用。
§9.1 与库内条目的关系
| 库内条目 | rid | 关系 |
|---|---|---|
| UK Biobank | 96(及 569) | 独立队列,互为外部验证;表型更深、有影像、样本量小一个量级;同一 TRE 供应商(DNAnexus)但部署独立 |
| All of Us | 575(及 13) | 同为国家级志愿者队列,美国版对照;族裔构成与数据模型不同;可做跨国 PRS 迁移比较 |
| Genomics England 100k | 179 | 基因组旗舰,偏罕见病与 WGS;OFH 偏常见病与芯片+插补 |
| FinnGen | 189 | 全国注册链接 + 基因,芬兰人群瓶颈效应明显;OFH 为多族裔英国人群 |
| Million Veteran Program | 453 | 美国退伍军人,男性为主;与 OFH 的女性偏多形成对照 |
| BioBank Japan | 195 | 医院型生物银行,病例富集;OFH 为人群志愿者 |
| NHS HES | 474 | OFH 链接健康记录的源数据库之一,是理解 nhse_eng_inpat 等实体的必备参照 |
| CohortX | 939 | 队列定义可计算化挑战赛,可作为"把 OFH 转成可计算表型"的方法学参照 |
§9.2 关键区分(必须显式写)
与 uk-biobank(96) 的区分是本条目最容易出错的地方,三条硬结论:
- 不是子集关系。OFH 不包含 UK Biobank 的任何参与者,UK Biobank 也不包含 OFH 的。两个队列的参与者是两批不同的人。
- 可互为外部验证。正因为独立,用 OFH 验证在 UK Biobank 上训练的模型才有意义。Nature Medicine 2026 报告的 r = 0.78(患病率方向一致性)与 r = 0.80(疾病-风险因素关联)就是这种验证的实证。
- 不可合并计数。把 500 万与 50 万相加得到"550 万英国队列"是错误陈述;志愿者可能同时参加两者,合并还会因问卷协议不同而不可比。
§9.3 数据生态的其他节点
- HDR UK Innovation Gateway:OFH 作为 data custodian 登记于此(编号 86),获批研究的摘要也发布在此,是发现"谁在用 OFH 做什么"的入口。
- NHS DigiTrials:招募信发放渠道。
- SAIL Databank(威尔士)与 NHS Scotland:论文描述为正在建立链接的伙伴,当前 Release 14 的链接记录仍以英格兰为主。
- UK Biobank 的插补服务:Genome UK 计划提到 UK Biobank 将开发可扩展的基因变异插补服务,“用于丰富 OFH 等使用低成本分型的资源”。这解释了为什么 OFH 的插补使用 UK Biobank 20 万人参考面板——技术上是借用,人群上仍是两个队列。
- Genomics plc:Genome UK 计划提到与 OFH 合作计算 PRS 并向参与者反馈健康洞察。这是"研究队列反哺参与者"的罕见案例,也意味着部分 PRS 已被项目自身使用,外部研究者做 PRS 研究时需注意这一点。
§9.4 OFH 在 AI-Ready 光谱上的位置
按"可发现—可获取—可互操作—元数据—可持续"五维看,OFH 呈现一种极不均衡的剖面:可发现性与元数据质量很高(公开数据字典、编码表、版本说明、Quality 自曝清单),可获取性极低(TRE + 审批 + 付费 + 不得带出),互操作性中等(TRE 内是标准表格与 VCF/BGEN,但导出受限使下游复用困难)。详见附录 B。
§10 避坑清单:十个已踩过的坑
坑 1:把五个分母合并成一个总数
最常见的错误是把 2,021,810 当作"OFH 总样本量"然后默认所有人都有基因与链接记录。实际是五层嵌套但不完全嵌套的分母:问卷 2,021,810 与地理 1,983,038、NHS 链接 1,690,704 是一层层缩小(每层都是上一层子集),但基因 755,000 与临床测量 1,518,202 之间没有包含关系(有人有基因无测量,反之亦然)。任何分析都必须先声明「我的分析样本是哪几个集合的交集」。
坑 2:以为可以下载数据
OFH 没有下载包。连"获批后给你一个 tar.gz"都没有。所有分析在 TRE 内完成,结果导出走 Airlock 且须人类可读格式。把 OFH 当成"申请制数据集"来做本地训练管线设计,会在第一步就崩。
坑 3:问卷数与 Participant 表数对不上
官网首页写 2,021,810(问卷),Release 14 页写 Participant 表 2,022,814。差的 1,004 人是官方披露的建表同步问题。引用时写清用的是哪张表,不要以为是检索错误。
坑 4:500 万的期限有三种说法
Genome UK 计划说"2025 年底前最多 500 万";2025 年媒体访谈说"2028 年完成";官网只写"最多 500 万"不给期限。三种口径并存,引用时必须指明来源,不要自行合并成"2028 年达成 500 万"。
坑 5:把 OFH 当成 UK Biobank 的扩展
见 §7。两者独立,无包含关系,唯一正确关系是"互为外部验证"。
坑 6:以为 IDTA 人人要签
IDTA 只在从英国/EEA 以外、且不在英国充分性认定名单的国家访问时需要。从英国本土或 EEA 访问不需要。误以为"所有人都要 IDTA"会白白增加申请复杂度;反过来,忽略 IDTA 会在 Access Board 批准后卡在签约环节。
坑 7:把"付费"理解成申请费
付费发生在 Access Board 批准之后,是数据访问费,不是申请费。而且批准后还有 TRE 内的算力费(约 £0.10/小时/简单实例),虽然有 £500 额度但有效期到 2027-08-31。预算要按"访问费 + 算力费"两笔算。
坑 8:忽略"不能跨研究共享"
同一研究者有两个获批项目时,不能把一个项目的数据给另一个项目用。这在多人协作、机构内部复用场景下极易踩线。团队要提前规划:是合并成一个项目申请,还是各自独立申请。
坑 9:把 HES A&E 与 ECDS 直接拼接
HES A&E 止于 2020-03,ECDS 始于 2020-04,两者字段与覆盖范围不同。直接 concat 会造成 2020 年前后的急诊记录口径断裂。正确做法是分段分析或统一到 ECDS 字段模型。
坑 10:用自报族裔比例推断基因祖源比例
自报族裔(白人 89.6%)与基因祖源(142 组)是两套变量。两者在个体层面会不一致——自报"白人"者可能有非欧祖源成分,自报"亚裔"者可能祖源混合。做遗传分层时必须用基因祖源或主成分,不能用自报族裔替代;反之做社会流行病学分析时,自报族裔才是正确的社会变量。
§11 总结
Our Future Health 是英国在 UK Biobank 之后下的一次"规模赌注":不追求表型最深,而追求人数最多、族裔最广、年龄最年轻、与 NHS 日常诊疗贴得最近。到 Release 14,它已经交出了 202 万份问卷、169 万条 NHS 链接、151 万份临床测量、75.5 万份基因型的成绩单,并在 2026 年 9 月用一篇 Nature Medicine 基线分析证明"这份数据在疾病谱上与 UK Biobank 对得上"。
但它同时是一个治理实验。数据不出 TRE、研究者要认证、要过 Access Board、要签机构级条款、要付费、要每年报告、发表要报备——这套设计的代价是可获取性极低,收益是参与者信任与数据安全的可持续。对 AI-Ready 评估来说,OFH 是一个典型样本:元数据可以做得极好,可获取性可以做得极差,而这两件事并不矛盾。
对使用者的三条结论:
- 把它当基础设施而非数据集。设计研究时先问"我的分析能不能在 TRE 内完成",而不是"我要下载多少 GB"。
- 把它当验证队列而非发现队列的主角。它的绝对数优势在罕见病与亚组分析,它的代表性缺陷要求你永远配一个加权口径或一个外部对照。
- 把它和 UK Biobank 并列写,不要嵌套写。两个独立队列、互为验证,是对两者都最准确也最有用的表述。
FAQ(高频问答 24 问)
Q1:OFH 的数据能下载吗?
不能。所有个体级数据只在 Trusted Research Environment 内可访问,导出需 Airlock 审批且须人类可读格式。公开可下载的只有数据字典、编码文件与变异清单。
Q2:TRE 是谁提供的?
DNAnexus。OFH 官方文档原文:“The Our Future Health Trusted Research Environment (TRE) is built on the DNAnexus Platform.”
Q3:注册研究者认证要多久?
官方承诺 2 周内答复。前提是材料齐全:申请表、T&C 同意、12 个月内覆盖 UK GDPR 的 IG 培训证明、机构符合 eligible organisations policy。
Q4:Access Board 审核要多久?
60 天内答复。批准后研究摘要会发布到 HDR UK Innovation Gateway。
Q5:从中国申请需要什么额外文件?
需要 IDTA(国际数据传输协议),因为中国不在英国/EEA 内,也不在英国充分性认定名单中。此外必须先确认中国不在"Not accepted"地区名单里——若在,官方明确表示无法授予访问。
Q6:访问费多少?
未公开。官网只说明"批准后需付费",商业机构按类型与规模差异化定价,需联系 partnerships@ourfuturehealth.org.uk 询价。
Q7:TRE 内算力怎么收费?
约 £0.10/小时(简单计算实例)。每位有在研项目的研究者获 £500 云额度,有效期至 2027-08-31,按人发放而非按项目。
Q8:能把自己写的代码带进 TRE 吗?
能,走 Airlock 上传。所有进出文件都需在 TRE 内提交 transfer request。
Q9:能用 OFH 数据训练深度学习模型吗?
可以在 TRE 内训练(有 Spark 集群配置),但模型权重等二进制文件导出会受限(要求人类可读),且算力按小时计费。
Q10:有多少人有基因数据?
755,000 人(女 417,918 / 男 337,082),同时有芯片与插补数据,约相当于问卷参与者的 37.4%。
Q11:芯片有多少变异?
686,416 个(Illumina Infinium Excalibur 定制阵列),GRCh38,覆盖 22 常染色体与 X/Y/MT。
Q12:插补后多少变异?
159,587,100 个,用 UK Biobank 20 万人参考面板,覆盖 22 常染色体与 X(非 PAR)。
Q13:有全基因组测序吗?
截至 Release 14 未公开有 WGS 数据。当前基因数据为芯片 + 插补。
Q14:有影像数据吗?
没有。当前可用数据为问卷、地理、基因、链接健康记录、临床测量五类,影像未在发布清单中。
Q15:NHS 链接覆盖哪些地区?
英格兰 NHS 机构的诊疗记录(住院、门诊、急诊、初级保健配药、癌症登记);ONS 死亡登记覆盖英格兰与威尔士。威尔士与苏格兰的链接在建立中。
Q16:为什么 HES A&E 只到 2020 年 4 月?
这是 NHS 数据本身的分界:2020-04 起急诊记录转入 ECDS(Emergency Care Data Set)。OFH 两者都提供,2020 年后用 ECDS。
Q17:队列里女性为什么这么多?
志愿者队列的普遍规律,女性更倾向参加健康研究。队列 57.2% vs 全国 43%。加权可部分修正。
Q18:最剥夺人群代表不足多严重?
最剥夺五分位占 13%,全国 20%。这是 OFH 明确承认的缺口之一,Nature Medicine 2026 也把它列为局限。
Q19:能用来估计英国某病的患病率吗?
可以做,但必须加权(官方提供 sampling weights 与代码),并在讨论中写明选择偏倚。精神健康会偏高、肺癌会偏低,这是已知系统性偏差。
Q20:OFH 和 UK Biobank 能合并吗?
不建议。两者独立队列,问卷与测量协议不同,且志愿者可能同时参加两者,合并有重复计数风险。
Q21:能只申请一部分参与者吗?
可以。研究申请需说明所需数据,Access Board 按申请范围审批。但获批后数据仍以 TRE 内实体形式提供,不能只导出子集。
Q22:研究期间能改方案吗?
能。PI 在研究者门户提交在线修订表,审核最长 35 天。可改标题摘要、科学细节、团队成员等。
Q23:发表有什么要求?
需提交 Publication submission form,遵守 Publication policy v1.4;研究期间每年提交年度报告。
Q24:参与者撤出后数据会怎样?
完全撤出者的数据在请求后例行删除。Release 14 起按数据集独立处理,跨资产计数会有微小差异,受影响者在下一版从所有资产移除。
事实清单(硬事实 42 条)
| # | 事实 | 来源 |
|---|---|---|
| 1 | 目标招募最多 500 万英国成年居民(18+) | research.ourfuturehealth.org.uk 首页 |
| 2 | 队列性质为非概率、志愿者为基础的前瞻性队列 | Int J Epidemiol 2025;54(6):dyaf171 |
| 3 | 招募于 2022 年 10 月在英格兰开启,2024 年初扩展至威尔士与苏格兰 | IJE dyaf171 |
| 4 | 2023 年 11 月达到 100 万志愿者 | 2026-05 发布新闻稿 |
| 5 | Release 14 发布于 2026-05-28,数据纳入截止 2026-03-24 | Release 14 文档页 |
| 6 | 同意并完成基线问卷 2,021,810 人 | 官网 Data and cohort |
| 7 | Participant 表 2,022,814 人(差 1,004 人) | Release 14 文档页 |
| 8 | 有地理数据 1,983,038 人 | 官网 Data and cohort |
| 9 | LSOA 与 MSOA 各 1,914,754 人(英格兰与威尔士) | Release 14 文档页 |
| 10 | 苏格兰 Intermediate Zones 40,031 人 | Release 14 文档页 |
| 11 | 链接 NHS 号 1,690,704 人 | 官网 Data and cohort |
| 12 | 其中 1,666,336 人至少一条二级保健/配药/死亡记录 | 官网 Data and cohort |
| 13 | 有临床测量 1,518,202 人 | 官网 Data and cohort |
| 14 | 其中 POCT 血脂 1,159,273 人 | 官网 Data and cohort |
| 15 | 有芯片与插补基因型 755,000 人(女 417,918 / 男 337,082) | 官网 Genetic data 段 |
| 16 | 芯片变异 686,416 个(Illumina Infinium Excalibur) | Release 14 文档页 |
| 17 | 插补变异 159,587,100 个(UK Biobank 200k 参考面板) | Release 14 文档页 |
| 18 | 芯片 pVCF/BGEN 各 160 片;插补各 809 片;GRCh38 | 官方数据文档 Overview of data in the TRE |
| 19 | 40 个主成分、kinship 文件、祖源 142 组 | 官方数据文档 |
| 20 | 问卷 v1 202 题,v2 286 题,v2 于 2022-11 上线 | 官网 Data and cohort |
| 21 | 问卷版本分布 52,871 / 739,323 / 370,407 / 859,209 | Release 14 文档页 |
| 22 | 年龄构成 18-39 24.7%、40-59 37.3%、60-79 35.8%、80+ 2.2% | 官网 Data and cohort |
| 23 | 出生性别 女 57.2% / 男 42.7% / 其他 <0.1% | 官网 Data and cohort |
| 24 | 族裔 亚裔 5.5% / 黑人 1.6% / 白人 89.6% / 混血 1.8% / 其他 1.4% | 官网 Data and cohort |
| 25 | TRE 建在 DNAnexus 平台 | OFH gitbook 首页 + DNAnexus 官网 |
| 26 | Registered Researcher 认证 2 周内答复 | apply-to-access 页 |
| 27 | 须隶属大学/慈善/NHS/健康研究组织,或为其受督导学生 | apply-to-access 页 |
| 28 | 须提供 12 个月内覆盖 UK GDPR 的 IG 培训证明 | apply-to-access 页 |
| 29 | Access Board 审核 60 天内答复 | apply-to-access 页 |
| 30 | 批准后须付费;商业机构按类型与规模差异化 | apply-to-access 页 |
| 31 | 英国/EEA 及 adequacy 覆盖国以外需 IDTA | apply-to-access 页 |
| 32 | 各合作机构授权代表须签署 Resource T&Cs(v2.5,2026-04) | apply-to-access 页 |
| 33 | TRE 简单实例算力约 £0.10/小时 | analysing-the-data 页 |
| 34 | 每位研究者 £500 云额度,至 2027-08-31 | analysing-the-data 页 |
| 35 | 导出数据须在 TRE 内提交 transfer request,文件须人类可读,不能跨研究共享 | analysing-the-data 页 |
| 36 | 研究修订审核最长 35 天 | apply-to-access 页 |
| 37 | 初级保健配药 1,572,477 人;HES A&E 1,175,047 人 | 官网链接健康记录表 |
| 38 | 链接去重移除 12,352 个 PID;提供方映射 349 个(2.9%)未知 | Release 14 文档页 |
| 39 | 癌症记录覆盖英格兰 190,000 人,登记跨度 1985-2023(38 年) | 2026-05 发布新闻稿 / 官网首页 |
| 40 | POCT 采集期 2022-07 至 2024-12(2024-12-23 停采),Mission® 设备 | Release 14 文档页 |
| 41 | 与 UK Biobank 疾病患病率方向一致性 r = 0.78,疾病-风险因素关联 r = 0.80 | Nature Medicine 2026 / 牛津 Nuffield 人口健康系新闻页(NDPH) |
| 42 | 队列应答率约 4.5%(写信对象中最终同意者比例) | IJE dyaf171 |
术语表(28 条)
| 术语 | 释义 |
|---|---|
| Trusted Research Environment(TRE,可信研究环境) | 数据不落地、分析在受控计算环境内完成的数据访问模式 |
| DNAnexus | 提供 TRE 平台的商业云基因组数据公司,OFH 与 UK Biobank 均采用 |
| PID(Participant ID) | OFH 参与者唯一标识,全局唯一,用于跨实体链接 |
| Airlock | TRE 的进出闸门,所有文件上传下载须经其审批 |
| Registered Researcher | OFH 认证研究者,是申请数据的先决身份 |
| Access Board | OFH 的数据访问审查委员会,由专家与公众代表组成 |
| IDTA(International Data Transfer Agreement) | 英国信息专员办公室认可的跨境数据传输协议 |
| UK GDPR | 英国版通用数据保护条例 |
| adequacy regulation(充分性认定) | 英国认定某国数据保护水平等效的决定,被覆盖国免于 IDTA |
| Resource Terms and Conditions | 机构级数据使用条款,每个合作机构授权代表须签署 |
| POCT(Point-of-Care Testing,即时检验) | 诊所现场即时完成的检测,OFH 用于血脂 |
| HES(Hospital Episode Statistics) | 英格兰医院事件统计,含住院、门诊、急诊 |
| ECDS(Emergency Care Data Set) | 2020-04 起替代 HES A&E 的急诊数据集 |
| NDRS(National Disease Registration Service) | 英格兰国家疾病登记服务,提供癌症登记 |
| ONS(Office for National Statistics) | 英国国家统计局,提供死亡登记 |
| LSOA / MSOA | 英格兰与威尔士的下层/中层超级输出区,小地理统计单元 |
| Intermediate Zone | 苏格兰的小地理统计单元 |
| IMD(Index of Multiple Deprivation) | 多重剥夺指数,衡量社会经济剥夺程度 |
| NPL(non-personalised letter) | 非个性化邀请信,投向中心周边地区所有住户 |
| 应答率(response rate) | 写信对象中最终同意参加的比例,OFH 约 4.5% |
| 插补(imputation) | 用参考面板推断未直接分型位点的基因型 |
| 参考面板(reference panel) | 插补所用的高密度全基因组样本集,OFH 用 UK Biobank 200k |
| 亲缘(kinship) | 参与者间血缘关系估计,用于剔除相关样本 |
| 主成分(principal components) | 群体结构校正变量,OFH 提供 40 个 |
| 基因祖源(genetic ancestry) | 由基因型推断的祖源分组,OFH 分 142 组 |
| PRS(polygenic risk score,多基因风险评分) | 由多个变异效应加权求和得到的个体遗传风险 |
| sampling weights(抽样权重) | 使志愿者队列可对目标人群做推断的统计权重 |
| 健康志愿者效应(healthy volunteer effect) | 自愿参加者系统性比一般人群更健康的偏倚 |
附录
附录 A:条目信息速查卡
| 项 | 值 |
|---|---|
| 条目名 | Our Future Health |
| url_name | our-future-health |
| 类型 | 前瞻性志愿者队列(受控访问,TRE 内分析) |
| 论文 | Int J Epidemiol 2025;54(6):dyaf171(CC BY 4.0);Nature Medicine 2026-09-10 |
| 运营主体 | Our Future Health(英国伦敦),CEO Raghib Ali |
| 当前版本 | Release 14(2026-05-28) |
| 问卷参与者 | 2,021,810 |
| 基因型参与者 | 755,000 |
| 分析环境 | DNAnexus TRE |
| 许可 | 非开放许可:认证 + 审批 + 签约 + 付费 |
| 抓取时点 | 2026-10-17 |
| 库内互链 | uk-biobank(96)/all-of-us(575)/genomics-england-100k(179)/finngen(189)/nhs-hes(474)/million-veteran-program(453) |
附录 B:DAIMS 评估全表
| 维度 | 评分(1-10) | 依据 |
|---|---|---|
| D 可发现性 | 8 | 官网 Data and cohort 页 + 公开数据字典 + 编码文件 + 变异清单可直接下载;HDR UK Gateway 登记(custodian 86);版本说明透明 |
| A 可获取性 | 2 | 四道闸门(认证 2 周 / Access Board 60 天 / 机构签 T&C + IDTA / 付费);数据不出 TRE;导出须审批且人类可读;不能跨研究共享——本维度为全条目最大失分项 |
| I 可互操作 | 5 | TRE 内为标准表格实体 + PID 主键 + pVCF/BGEN 国际标准格式;但导出受限、无官方开放 API、无法与外部数据本地联合,实际互操作半径小 |
| M 元数据质量 | 9 | 数据字典 + 编码表 + 变异清单 + Release 14 逐项变更说明 + 主动自曝十项数据质量缺陷;问卷跨四版本需自行映射,微降 |
| S 可持续性 | 8 | 政府(Industrial Strategy Challenge Fund)+ 产业 + 慈善三方资助;半年一次发版节奏稳定;参与者可撤出且有删除机制;依赖单一 TRE 供应商为主要风险 |
| 综合评级 | 6.4/10(中等) | 元数据与规模一流,可获取性严重拖累;这与 UK Biobank 类资源一致——治理强度越高,AI-Ready 流水线的直接可用性越低 |
附录 C:逐项证据链自证
| 关键数字 | 来源 | 位置 |
|---|---|---|
| 2,021,810 / 1,983,038 / 1,690,704 / 1,666,336 / 1,518,202 / 1,159,273 / 755,000 | research.ourfuturehealth.org.uk/data-and-cohort/ | “The Our Future Health cohort” 段 |
| 2,022,814 / 52,871 / 739,323 / 370,407 / 859,209 | ourfuturehealth.gitbook.io/.../release-14 | 各数据集段落 |
| 1,914,754 / 40,031 | 同上 | 地理数据段 |
| 686,416 / 159,587,100 / 160 片 / 809 片 | 同上 + 官方 Overview of data in the TRE | 基因数据段 |
| 417,918 / 337,082 | data-and-cohort Genetic data 段 | 芯片与插补两段重复出现 |
| 24.7% / 37.3% / 35.8% / 2.2%;57.2% / 42.7%;5.5% / 1.6% / 89.6% / 1.8% / 1.4% | data-and-cohort | 三张构成表 |
| TRE 建在 DNAnexus | ourfuturehealth.gitbook.io 首页 + dnanexus.com/biobanks | 首段 / 末段 |
| 2 周 / 60 天 / 35 天 / IDTA 豁免 | research.ourfuturehealth.org.uk/apply-to-access-the-data/ | 第 2、3、5 步 |
| £0.10/小时 / £500 / 2027-08-31 / 人类可读 / 不能跨研究共享 | research.ourfuturehealth.org.uk/analysing-the-data/ | 算力费与转移两段 |
| 12,352 PID / 349 提供方 / 4.8% 边界值 / 8,510 重复测量 | gitbook Release 14 | 链接数据与 POCT 段 |
| 1,572,477 / 1,175,047 | data-and-cohort 链接健康记录表 | 前两行 |
| 2,461,601 / 1,859,888 / 1,418,749 / 4.5% / 96.1% / 43 项研究 | PMC12527338 | Key Features 与招募、链接段 |
| r=0.78 / r=0.80 / 172 vs 25 / 668 vs 266 / 57% vs 43% / 13% vs 20% | Nature Medicine 2026(经牛津 Nuffield 人口健康系新闻页(NDPH)) | 主要发现段 |
| 190,000 / 1985-2023 | 2026-05 发布新闻稿 + 官网首页 | “new for this data release” |
附录 D:数据获取决策树
你的所在国家是否在 Not accepted 名单?
├── 是 → 停止,官方明确不授访问
└── 否
├── 你在英国 / EEA / 英国 adequacy 覆盖国?
│ ├── 是 → 无需 IDTA
│ └── 否 → 需签 IDTA
├── 所属机构属于 大学 / 慈善 / NHS / 健康研究组织?
│ ├── 否 → 无法成为 Registered Researcher,停止
│ └── 是 → 准备:申请表 + 12 个月内 UK GDPR 培训证明 + T&C 同意
│ → 提交(2 周)→ 通过
├── 研究申请:申请表 + 通俗摘要 + 合作者逐一认证 + 机构授权代表签字
│ + 各合作机构签 Resource T&C(+ IDTA)→ Access Board(60 天)
├── 批准 → 付费(学术/商业差异化,需询价)→ 进入 DNAnexus TRE
└── 分析期:算力约 £0.10/小时(每人 £500 额度至 2027-08-31)
导出走 Airlock;每年报年度报告;修订最长 35 天;结项交声明
附录 E:Release 14 数据资产一览
| 资产 | 实体/文件 | 规模 | 首次可用 |
|---|---|---|---|
| 参与者 | participant |
2,022,814 | 早期 |
| 问卷 | questionnaire |
2,021,810 | 早期 |
| 地理(国家/区域) | country_region |
1,983,038 | 早期 |
| 地理(LSOA) | lsoa |
1,914,754 | 早期 |
| 地理(MSOA) | msoa |
1,914,754 | 早期 |
| 地理(苏格兰 IZ) | intermediate_zones |
40,031 | 早期 |
| 临床测量 | clinic_measurements |
1,518,202 | 2024-12-12 |
| POCT 血脂 | poct_lipid_profile |
1,159,273 | 2026-05-28 |
| 芯片基因型 | snv_pvcf / snv_bgen |
755,000 × 686,416 | 2023-12-12 |
| 插补基因型 | imputed_pvcf / imputed_bgen |
755,000 × 159,587,100 | 2025-12-12 |
| 遗传祖源 | ancestry 文件(142 组) | 755,000 | 2026-05-28 |
| 链接:配药 | nhse_eng_primcare_meds |
1,572,477 | 早期 |
| 链接:急诊 A&E | nhse_eng_ed |
1,175,047 | 早期 |
| 链接:住院 | nhse_eng_inpat |
未公开 | 早期 |
| 链接:门诊 | nhse_eng_outpat |
未公开 | 早期 |
| 链接:ECDS | nhse_eng_ecds |
未公开 | 早期 |
| 链接:癌症(肿瘤/治疗/路径/1995 前) | nhse_eng_can* |
190,000(有任一癌症记录) | 早期;1995 前为 R14 首发 |
| 链接:死亡 | nhse_engwal_deaths |
未公开 | 早期 |
| 链接:参与者汇总 | participant_nhs_linked |
1,690,704 | 早期 |
附录 F:与 UK Biobank 对照速查
| 对照点 | Our Future Health | UK Biobank |
|---|---|---|
| 目标人数 | 最多 500 万 | 约 50 万 |
| 当前问卷/表型人数 | 2,021,810 | 约 50 万(基线) |
| 招募期 | 2022-10 起,持续中 | 2006-2010 |
| 年龄 | 18+,18-39 占 24.7% | 招募时 40-69 |
| 女性占比 | 57.2% | 未在本档案核证(不引未核实数字) |
| 白人占比 | 89.6% | 未在本档案核证(不引未核实数字) |
| 基因分型 | 755,000(芯片 + 插补) | 约 50 万(芯片 + WGS) |
| 影像 | 未发布 | 多模态 MRI 等 |
| 链接记录 | NHS England 多源 + ONS | HES、死亡、癌症等 |
| 分析平台 | DNAnexus TRE | DNAnexus RAP |
| 访问模式 | 认证 + Access Board + 付费 | 申请 + 付费 |
| 关系 | 独立队列,互为外部验证,非子集 | 同左 |
尾注
尾注 1:版本沿革与发版节奏
OFH 每半年向 TRE 投放一次新数据。与条目相关的历次节点如下(时间以官方文档与新闻稿为准):
| 时间 | 事件 |
|---|---|
| 2022-10 | 英格兰招募开启,基线问卷 v2 上线(2022-11) |
| 2023-11 | 志愿者达 100 万 |
| 2023-12-12 | 芯片基因型数据首次进 TRE |
| 2023-12-21 | 问卷 v2.1 启用 |
| 2024 初 | 招募扩展至威尔士与苏格兰 |
| 2024-06-13 | 问卷 v2.2 启用 |
| 2024-12-12 | 诊所临床测量数据首次进 TRE |
| 2024-12-23 | POCT 血脂停止采集 |
| 2025-06-03 | 第 11 次数据发布(论文口径),同意 2,461,601 人 |
| 2025-12 | 上一版数据发布;插补基因型首次进 TRE(2025-12-12) |
| 2026-05-28 | Release 14 发布;遗传祖源数据首次进 TRE |
| 2026-09-10 | Nature Medicine 基线表型分析在线 |
尾注 2:本条目不覆盖的内容
为避免检索者误读条目范围,明确列出未覆盖项:
- 影像数据:截至 Release 14 未发布,条目中凡涉及影像均按"未发布"处理,不做推测性描述。
- 生物样本的再分发:论文提到参与者同意血样用于广泛分析,但样本的对外申请路径未在可及页面给出,记为未公开。
- 逐表链接人数:Release 14 页仅完整给出配药与 HES A&E 两行人数,其余未完整呈现,记为未公开。
- 访问费具体金额:官网不公开价目,仅说明按机构类型与规模差异化,记为未公开。
- TRE 内数据实体的字段级字典细节:公开数据字典可下载,但字段级解读不在本条目范围。
尾注 3:如何引用本条目
学术写作中引用 OFH 时,建议同时引用三件材料:Cohort Profile 论文(设计依据)、Release 14 页面(数字依据)、以及具体使用的数据集文档(字段与 QC 依据)。三者缺一,都会让读者无法判断你的数字属于哪个时点。
尾注 4:与 UK Biobank 条目的关系定位
本条目与库内 uk-biobank(96) 条目应作为并列条目互链,而非上下游条目。两者在方法论上有可比性(同为英国志愿者队列、同用 DNAnexus 平台、同受严格访问治理),但在数据本体上完全独立。任何"OFH 是 UK Biobank 扩充""OFH 包含 UK Biobank"的表述都与事实不符,已在 §7 与 §9.2 两处显式澄清。
建议互链点(供主会话串接)
| 库内条目 | rid | 互链理由 |
|---|---|---|
| uk-biobank | 96 | 独立队列,互为外部验证;同供应商 TRE;表型深度对照 |
| all-of-us | 575 | 美国国家级志愿者队列对照,PRS 跨人群迁移研究 |
| genomics-england-100k | 179 | 同为英国基因组旗舰,WGS vs 芯片+插补的路线对照 |
| finngen | 189 | 注册链接 + 基因的全国队列范式对照 |
| nhs-hes | 474 | OFH 链接健康记录中 HES 部分的源数据库 |
| million-veteran-program | 453 | 美国退伍军人队列,性别与年龄结构对照 |
| cohortx | 939 | 队列定义可计算化方法学参照 |
| biobank-japan | 195 | 医院型生物银行 vs 人群志愿者队列的抽样框架对照 |
存照:三处双口径与两处未公开
双口径 1:问卷人数。 官网 Data and cohort 页写 2,021,810(Questionnaire),Release 14 页写 Participant 表 2,022,814。差 1,004 人,官方解释为两表建立时的同步时点差,受影响者将在下一版补齐。本条目主口径采用 2,021,810(与官方首页一致),并在正文标明 Participant 表数值。
双口径 2:POCT 人数。 官网与 Release 14 页写 1,159,273;2026-05 的发布新闻稿写"约 120 万(1.2 million)"。前者为精确口径,后者为四舍五入。本条目采用 1,159,273。
双口径 3:族裔构成。 官网 Release 14 前后写白人 89.6%、非白人合计 10.4%;论文(数据截至 2025-06-03)写白人 90.0%、非白人 10%。差别源于时点不同,并非矛盾。本条目采用官网最新口径 89.6%。
未公开 1:访问费金额。 官方仅说明"Access Board 批准后需付费",商业机构按类型与规模差异化定价,需联系 partnerships@ourfuturehealth.org.uk。学术与商业的具体金额均未公开。
未公开 2:链接健康记录逐表人数。 Release 14 页完整给出配药 1,572,477 与 HES A&E 1,175,047 两行,其余表(住院、门诊、ECDS、癌症、死亡)的人数在本条目可及页面中未完整呈现,按纪律记"未公开",不做估算。
另附存照:招募期限。 Genome UK 2022-2025 实施计划写"2025 年底前招募最多 500 万",2025 年媒体访谈引项目负责人称"目标 2028 年完成招募",官网仅写"最多 500 万"不给期限。三口径并存,本条目不做取舍,正文 §3 与 §10 坑 4 并存照。
写作说明
本条目所有事实来自三类一手来源:Our Future Health 官方研究门户(Data and cohort 页,Updated 2026-09-04;Apply to access the data 页,Updated 2026-10-14;Analysing the data 页)、Our Future Health 官方技术文档(gitbook,含 Release 14 页与 TRE 数据结构页)、以及同行评议文献(Int J Epidemiol 2025;54(6):dyaf171 的 Cohort Profile 与 Nature Medicine 2026 基线表型分析)。
凡上述来源未覆盖的字段——包括访问费金额、链接记录逐表人数、影像数据发布时间、Nature Medicine 论文 DOI——一律按"未公开"处理,未做任何推测性补写。核验过程中记录的双口径冲突逐条在"存照"一节列出,供后续版本对照。
本条目与 uk-biobank(96) 的关系在 §7 与 §9.2 两处显式澄清:两者是不同队列,可互为外部验证,但不是子集关系。
附录 G:研究者操作 SOP(从零到第一篇结果)
这一节把 §6 的流程图展开成可执行清单,面向第一次申请 OFH 的团队。每一步都标注了官方承诺的时限与常见失败点。
阶段 A:资格自查(1-3 天)
- 查 territories of access 名单,确认所在国不在 Not accepted 列表。
- 查 eligible organisations policy(v10,2026-03),确认所属机构属于大学/慈善/NHS/健康研究组织四类之一。
- 确认机构内是否已有覆盖 UK GDPR 的信息治理培训——必须在最近 12 个月内完成,过期需重训。这一步常被低估,重训往往需要一周以上。
- 确认拟合作的全部机构都愿意签署 Resource T&C。机构法务流程慢的团队,应在阶段 A 就启动法务预审。
阶段 B:注册与认证(官方 2 周)
- 在访问研究门户创建研究者账号。
- 填写研究者申请表(官方有示例 PDF,可先对照准备材料)。
- 阅读并同意 Registered Researcher T&C(v2.5)。
- 上传 IG 培训证明。
- 提交,等待 2 周答复。
- 若被拒,常见原因是机构类型不符或培训证明不合规;补正后重新提交。
阶段 C:研究申请(官方 60 天)
- 在研究门户内填写研究申请表:研究目的、所需数据、通俗语言摘要。
- 撰写通俗语言摘要——官方有专门指南,要求用非专业读者能懂的语言说明研究价值与方法。这段摘要会被公开,写不好会影响 Access Board 印象。
- 列名所有需要访问参与者数据的合作者,并确认他们各自已成为 Registered Researcher。
- 机构授权代表签署申请表。
- 每个合作机构的授权代表签署 Resource T&C(v2.5,2026-04)。
- 若从英国/EEA/adequacy 覆盖国以外访问,签署 IDTA。
- 提交,等待 Access Board 审核(最长 60 天)。
- 批准后,研究摘要发布到 HDR UK Innovation Gateway。
阶段 D:付费与开通
- 联系 access@ 或 partnerships@ 确认费用并完成支付。
- 进入 DNAnexus TRE,确认项目空间、数据集可见性。
- 检查 £500 云额度是否已挂到个人钱包(按研究者而非按项目)。
阶段 E:TRE 内分析
- 用 Cohort Browser 先做一次样本量探查,确认申请的数据集与预期一致。
- 通过 Airlock 上传分析代码(脚本、包)。
- 在 JupyterLab 内跑 QC:样本 QC 文件、亲缘、主成分。
- 按 PID 链接实体;事件级表先定义聚合规则。
- 结果导出前,在 TRE 内提交 transfer request,确保输出为人类可读格式。
阶段 F:项目维护与结项
- 每年提交年度研究报告。
- 方案变更走在线修订表(最长 35 天)。
- 发表前提交 Publication submission form,遵守 Publication policy v1.4。
- 结项提交 End of study declaration。
常见失败点汇总:
| 环节 | 失败表现 | 根因 |
|---|---|---|
| 阶段 A | 白做一轮 | 所在国在 Not accepted 名单 |
| 阶段 B | 2 周后被拒 | IG 培训超 12 个月,或机构类型不符 |
| 阶段 C | 反复补件 | 合作者未各自认证;某机构未签 T&C |
| 阶段 C | 60 天后被拒 | 通俗摘要不清、数据需求与研究目的不匹配 |
| 阶段 D | 开通延迟 | 未完成付费;IDTA 未签 |
| 阶段 E | 导出被拒 | 输出为二进制或含个体级明细 |
附录 H:典型研究场景的样本量估算
以下估算基于 Release 14 的公开人数与比例,仅作规划参考,实际分析前须在 Cohort Browser 内核实。
| 研究场景 | 可用分母 | 粗略样本 | 注意 |
|---|---|---|---|
| 全队列 GWAS(常见病) | 755,000 有基因型者 | ~75 万 | 表型来自问卷需先映射四版本题目 |
| 亚裔 GWAS | 亚裔 5.5% | ~4.2 万(全队列外推);基因子集更少 | 细分南亚/东亚后每格可能不足万 |
| 黑人 GWAS | 黑人 1.6% | ~3.2 万(全队列外推) | 基因子集比例可能不同 |
| 80+ 老年表型 | 80+ 2.2% | ~4.4 万(全队列外推) | 该组死亡率高,链接记录随访价值大 |
| 处方-入院链条 | 配药 1,572,477 | ~157 万 | 仅英格兰 |
| POCT 血脂横断面 | 1,159,273 | ~116 万 | 采集止于 2024-12 |
| 罕见病病例 | 全队列 | 囊性纤维化 172、重症肌无力 668 | 官方对照 UK Biobank 的公开数字 |
| 地理小单元分析 | LSOA 表 1,914,754 | 35,672 个 LSOA | 部分 LSOA 样本量极小,须做小样本抑制 |
估算纪律:表中"全队列外推"的样本是比例乘以 2,021,810 的结果,不是官方公布的绝对数,且比例来自问卷完成者而非基因子集——基因子集的性别比已知与全体不同(55.4% vs 57.2%),族裔比也可能偏移。任何写进论文的样本量,都应来自 TRE 内的实际计数,而不是本表外推。
附录 I:四个问卷版本的题目映射策略
OFH 的问卷跨越 v1(202 题)、v2(286 题)、v2.1、v2.2 四个版本,Release 14 中四版本人数分别为 52,871 / 739,323 / 370,407 / 859,209。做跨版本分析时,有三种策略可选。
策略一:只用全版本共有的稳定题目。 优点是样本最大(可用全部 202 万),缺点是可分析的表型集被大幅压缩。适合做需要最大样本的常见病分析。
策略二:按版本分层分析再合并。 每版内部做完整分析,最后用 meta 分析合并。优点是保留全部题目,缺点是需要每版至少数万人才能稳定估计——v1 只有 52,871 人,某些题目在 v1 内可能样本不足。
策略三:映射到 v2 题目集,早期版本缺失处标记为缺失。 这是最常用的折中:以当前活跃版本 v2.2 为标准,把 v1/v2/v2.1 的题目映射过去,无法映射的记缺失。缺点是缺失机制与参与时间相关(早期参与者集中在特定地区与招募批次),须在敏感性分析中处理。
实践建议:
- 先查公开数据字典,确认目标题目在四个版本中的存在情况;
- 对关键暴露变量,报告"四版本可得率",而不是只报总体缺失率;
- 对 v1 独有的题目(如果存在),单独说明只覆盖 2.6% 的样本;
- 题目映射表建议作为论文附件公开,便于复现。
附录 J:TRE 内文件组织与命名规范
Release 14 的基因文件采用固定命名规则:ofh_ 前缀 + 内容标识(snv 表示芯片,imputed 表示插补)+ 版本号(如 .v6)+ 染色体(如 .chrZ)+ 区域标识(如 -bXXXX)+ 扩展名。
分片逻辑:芯片 160 片、插补 809 片,按染色体与区域切分。做全基因组分析时,常见做法是先按染色体合并再分析,或按片并行后合并结果。
配套元数据文件:
| 文件 | 内容 | 用途 |
|---|---|---|
Sample QC(.tsv) |
样本级 QC 指标 | 剔除低质量样本 |
| Regions BED | 区域坐标 | 分片定位与合并 |
Kinship(.txt) |
亲缘对 | 剔除相关样本 |
| PCA Loadings(VCF) | 40 个主成分 | 群体结构校正 |
| Variant summary stats(VCF) | 变异级统计 | 插补质量控制 |
| Ancestry | 祖源分组(142 组) | 族裔分层 |
命名陷阱:芯片用"25 条染色体"(22 常染色体 + X + Y + MT)描述,插补用"23 条"(22 常染色体 + X 非 PAR)描述。做全基因组合并时不能假定两者染色体集合相同——Y 与 MT 只在芯片数据中。
附录 K:OFH 与 UK Biobank 的互补使用方案
既然两者独立且互补,最有价值的用法不是二选一,而是设计"训练—验证—迁移"三段式。
方案一:UK Biobank 训练,OFH 验证。 适用于 UK Biobank 已有的深度表型(如影像衍生表型、加速计、生化指标)。OFH 提供独立人群的外部验证,能检验模型是否过拟合 UK Biobank 的特定招募批次。
方案二:OFH 发现,UK Biobank 复现。 适用于罕见病与年轻人群疾病——OFH 的绝对数优势在这里最明显,UK Biobank 的深度表型与长期随访可做机制性复现。
方案三:双队列 PRS 迁移测试。 在 UK Biobank 的欧洲祖源样本训练 PRS,在 OFH 的亚裔、黑人、混血子集测试迁移性。OFH 的 142 组基因祖源比自报族裔更细,能把"亚裔"拆到更细的分组,这是它相对多数队列的独特优势。
三方案共同的前提:两边的表型定义必须逐字对齐。同一个"高血压",在 OFH 的问卷自报、OFH 的诊所测量、UK Biobank 的基线测量、两边的 HES 链接记录里是四个不同的操作化定义。跨队列研究失败的最常见原因不是模型,而是表型定义没对齐。
附录 L:条目维护提示
OFH 每半年发一版数据,本条目中的数字会在下一次发版后过期。维护时优先更新以下字段:
- INFOBOX 六行规模数字(对应官网 Data and cohort 页);
- §2 表格的资产规模列(对应 Release 14 之后的 Release 15 页面);
- §2.4 链接健康记录的覆盖窗口(每次发版都会延长);
- §4 人群构成表(比例会随招募缓慢变化);
- §6.3/§6.4 的时限与费用(条款版本号会更新,如 Resource T&Cs 从 2026-04 版向后滚动);
- §10 坑点中涉及"当前版本"的表述。
不建议轻易改动的内容:§7 与 §9.2 关于"与 UK Biobank 关系"的定性——这是结构性事实,不随发版变化;§6 关于 TRE 的定性——除非 OFH 更换平台供应商,否则不变。
附录 M:Release 14 变更逐项解读
Release 14 相对上一版(2025 年 12 月那版)的主要变化,官方与新闻稿共列出七项。逐项解读其研究含义:
变更一:POCT 血脂首次独立成表。 此前血脂数据可能混在临床测量表中,R14 单独建表并入 TRE。研究含义:可以直接用 poct_lipid_profile 做横断面血脂分布分析,不必再从 clinic_measurements 里挑字段。注意该表只覆盖 2022-07 至 2024-12 的采集,2025 年后无新增。
变更二:1995 年前癌症登记数据首次纳入。 覆盖 1985-01-01 至 1994-12-31 诊断的可登记肿瘤。研究含义:老年参与者的既往癌症史更完整,癌症随访窗口从 1995 年向前延伸十年,总跨度达 38 年(1985-2023)。对研究长期生存者、第二原发癌尤其有价值。
变更三:撤出按数据集独立处理。 此前撤出可能统一从所有资产移除,R14 起各资产独立处理,导致跨资产计数出现微小差异(Participant 表可能略少)。研究含义:跨表按 PID 合并时,会遇到"某人在问卷表有、在 Participant 表无"的极端个案,须做外连接而非内连接,并说明损失。
变更四:地理位置数据新增北爱尔兰(国家/区域级),更新去标识协议。 抑制不再传导到国家/区域层;移除基于邮编—坐标不匹配的排除规则。研究含义:北爱尔兰参与者现在可以进入国家级分析;同时因为移除了一类排除,R14 的国家/区域计数可能比 R13 略高,跨版本比较须注意口径变化。
变更五:诊所数据新增三个诊所级变量。 CLINIC_SITE_REF(诊所标识)、CLINIC_PROVIDER(提供方)、IS_MOBILE_CLINIC(是否移动诊所),均伪编码去标识。研究含义:可以做诊所层面的聚类校正与移动诊所效应分析——此前测量值只能归到参与者,无法归到采集地点。
变更六:链接数据去重与提供方代码更新。 移除 12,352 个链接到同一 NHS 号的 PID(这批 PID 仍存在于其他产品中);提供方代码映射 11,844 个,其中 349 个(2.9%)未知。研究含义:做机构级分析时,必须把这批被去重的 PID 与"未知提供方"单列,否则会低估某些机构的量。
变更七:基因数据清理与祖源扩容。 移除多等位基因位点数据、移除误报变异;祖源更新至 755,000 人、142 组。研究含义:多等位位点被移除意味着某些特定变异(如部分 HLA 区域、部分 CNV 邻近位点)在 R14 中不可用,做免疫遗传学或药物基因组学的团队须核对目标位点是否保留。
附录 N:常见方法学问题与建议答案
问题一:OFH 的样本能代表英国人口吗?
部分能。人口学与社会经济构成大体接近,但女性偏高(57.2% vs 全国约 43%)、最剥夺五分位偏低(13% vs 20%)、部分少数族裔与年轻人不足。官方提供抽样权重,加权后可用于人群推断,但须在局限性中写明。
问题二:为什么不能直接算患病率?
因为分母不是随机样本。自报患病率还受回答意愿影响——精神健康类偏高、肺癌偏低就是证据。正确做法:加权 + 与全国调查或 UK Biobank 对照 + 报告敏感性分析。
问题三:基因数据的样本量与问卷样本量差这么多,会不会有偏?
会。基因子集只占问卷参与者的 37.4%,且性别比(55.4% 女)与全体(57.2% 女)不同。做基因分析时,应报告基因子集的人口学构成,而不是引用全队列构成。
问题四:能用 OFH 做纵向随访吗?
可以,但"纵向"主要来自链接记录(住院回溯至 1997,死亡至 2025-10),而不是重复测量。OFH 目前只有一次基线客观测量。随访研究的核心假设是"链接记录完整",而链接只覆盖英格兰 NHS,威尔士与苏格兰仍在建立。
问题五:缺失数据怎么处理?
分三类:结构性缺失(某版本没有某题)、机制性缺失(早期系统问题)、个体缺失(未答)。三者处理方式不同。建议先做缺失模式图,再决定用完整案例分析、多重插补还是加权。
问题六:为什么 Access Board 会拒?
常见原因:研究目的与数据需求不匹配(要了全量基因但只做问卷分析)、通俗摘要不清、合作者未各自认证、机构未签 T&C。也有价值观层面的拒绝——研究问题被认为不符合公共利益。
问题七:能在 TRE 里用 GPU 吗?
官方工具清单列的是 JupyterLab(含 Spark 集群)与命令行,未在可及页面明确列出 GPU 规格。做大模型训练前应向 access@ 确认算力类型与计费。
问题八:能把 TRE 里的结果图直接用于发表吗?
可以,但要遵守 Publication policy v1.4,并在发表前提交 Publication submission form。图表中不得出现可识别个体的信息;小样本单元格(如某 LSOA 只有 1 人)通常需要抑制。
附录 O:与 All of Us 的简要对照
同为国家级志愿者队列,All of Us(美国,库内 rid 575)与 OFH 有可比性也有根本差异。
| 对照点 | Our Future Health | All of Us |
|---|---|---|
| 国家 | 英国 | 美国 |
| 目标规模 | 最多 500 万 | 未在本档案核证(不引未核实数字) |
| 基因数据 | 芯片 + 插补(755,000) | 未在本档案核证 |
| 健康记录 | NHS England 链接 | EHR 链接 + 问卷 |
| 族裔策略 | 目标提高少数族裔比例 | 未在本档案核证 |
| 访问模式 | TRE 内分析 + 付费 + 认证 | 研究者工作台(Researcher Workbench) |
| 参与者反馈 | 计划反馈疾病风险 | 返还部分遗传结果 |
两者的核心差异在"反馈"与"族裔超额招募"两处:All of Us 更早、更系统地向参与者返还遗传结果,OFH 的反馈仍在推进中(Genome UK 计划提到与 Genomics plc 合作计算 PRS 并反馈)。做跨国比较研究时,这两点会直接影响参与者的组成与依从性。
附录 P:条目自检清单
本条目成稿前逐项核对:
| 检查项 | 状态 |
|---|---|
| 五个规模分母分列、不合并 | 已核对(INFOBOX 与 §2 表格) |
| 访问链路四道闸门逐条写清 | 已核对(§6.2-§6.6) |
| 时限(2 周 / 60 天 / 35 天) | 已核对(§6 与 FAQ) |
| IDTA 适用与豁免条件 | 已核对(§6.3、坑 6) |
| 付费时点与算力费分离 | 已核对(§6.4、坑 7) |
| 数据不得带出与 Airlock | 已核对(§6.6) |
| 与 UK Biobank 非子集关系 | 已核对(§7、§9.2、尾注 4) |
| 双口径存照 | 已核对(存照节) |
| 未公开字段标注 | 已核对(存照节、尾注 2) |
| 库内互链与 rid | 已核对(建议互链点表) |
| DAIMS 表 | 已核对(附录 B) |
| 坑点编号 ≥ 5 | 已核对(§10 共 10 坑) |
附录 Q:逐维度数据字典摘要
公开数据字典(Release 14,XLSX 128KB)给出全部字段名与取值。本附录只摘录与常见研究最相关的字段族,完整清单请下载原文件。
§Q.1 字段族总览
| 表 | 代表字段族 | 用于 |
|---|---|---|
participant |
PID、出生年月、自报性别/社会性别、族裔、同意版本、注册年月 | 链接键与人口学 |
questionnaire |
问卷版本、人口学、社会经济、生活方式、家族史、个人健康史 | 自报表型 |
clinic_measurements |
身高、体重、腰围、血压、心率、心律、诊所标识/提供方/移动诊所 | 客观表型 |
poct_lipid_profile |
TC、HDL-C、TG、LDL-C、非 HDL-C、TC:HDL-C、边界标志 | 血脂表型 |
nhse_eng_* |
事件日期、诊断/手术码、提供方、药名与数量、肿瘤部位、死因 | 结局与用药 |
lsoa / msoa / intermediate_zones |
地理代码 | 小地理分析 |
完整字段名与取值域以公开数据字典(XLSX 128KB)与编码文件(XLSX 15.3MB)为准;本条目不复述字典全文。
附录 R:申请材料的三个最常见卡点
按官方流程,一次申请要交的材料包括研究者申请表、T&C 同意、IG 培训证明、研究申请表、通俗语言摘要、合作者逐一认证、机构授权代表签字、各合作机构的 Resource T&C、以及(境外适用时)IDTA。材料清单本身以 apply-to-access 页为准,本附录只记录实操中最容易卡住的三处。
卡点一:IG 培训证明的时间窗。 必须是最近 12 个月内完成、且覆盖 UK GDPR 的培训。机构内部的一般合规培训、不合规的行业课程、或已过期的证书都会被退。若机构无现成课程,官方建议直接邮件询问 access@。
卡点二:合作者认证的连带效应。 只有需要访问参与者数据的人才必须认证,但只要名单上有一个人没认证,整个申请 4.1 节就不完整。多方合作项目应在提交前做一次"认证状态核对表"。
卡点三:机构级 T&C 的法务周期。 Resource T&C 是机构签署,不是个人签署。大型机构法务审阅常需数周,而这一步与 Access Board 的 60 天可以部分并行——建议在提交申请的同时启动法务审阅,而不是等批准后再签。
附录 S:条目与官方文档的对应索引
| 本条目章节 | 对应官方页面 |
|---|---|
| §2 数据构成 | Data and cohort 页;gitbook Overview of data in the TRE |
| §2.4 链接记录 | Data and cohort 链接表;gitbook Release 14 |
| §4 人群构成 | Data and cohort 三张构成表;Nature Medicine 2026 |
| §5 任务谱系 | 官网首页"研究资源"段;Cohort Profile 论文 |
| §6 访问机制 | Apply to access the data 页;Analysing the data 页 |
| §7 UK Biobank 关系 | 两站对照;DNAnexus 官网 biobanks 页 |
| §8 质量缺陷 | gitbook Release 14"数据质量"段 |
| §9 生态 | 官网首页;HDR UK Gateway(custodian 86) |
| 附录 B DAIMS | 综合上述各页 |
本条目到此结束。再次强调三条使用底线:五个分母不可合并、数据不出 TRE、OFH 与 UK Biobank 是并列而非嵌套。凡与这三条冲突的写法,都应回到 §7 与 §9.2 重新核对。
附录 T:Release 14 与论文口径的逐项对账
《Cohort Profile: Our Future Health》(数据截至 2025-06-03,第 11 次数据发布)与 Release 14(2026-05-28)之间约相差一年,两套数字不能混用。下表逐项对账,便于跨文档引用时判断。
| 指标 | 论文口径(2025-06-03) | Release 14(2026-05-28) | 差异说明 |
|---|---|---|---|
| 已同意 | 2,461,601 | 未单列(Participant 表 2,022,814) | 论文的"同意"含未完成问卷者;R14 表按问卷完成加入库 |
| 完成问卷 | 1,859,888 | 2,021,810 | 一年增长约 16.2 万 |
| 链接 EHR | 约 130 万 | 1,690,704 | 一年增长约 39 万 |
| 完成现场预约 | 约 140 万 | 近 160 万 | 官方 R14 页描述为"近 160 万" |
| 问卷+可用血样 | 1,418,749 | 未单列 | 论文特有交叉口径 |
| 有基因数据 | 论文称"截至发文 >65 万" | 755,000 | 增长约 10 万 |
| 白人占比 | 90.0% | 89.6% | 随招募略降 |
| 非白人占比 | 10% | 10.4% | 同上 |
| 亚裔 | 5.4% | 5.5% | 微升 |
| 黑人 | 1.5% | 1.6% | 微升 |
| 混血 | 1.7% | 1.8% | 微升 |
| 其他 | 1.4% | 1.4% | 持平 |
对账结论:论文的已同意数(246 万)大于 R14 的问卷完成数(202 万),这不是矛盾,而是两个不同概念的差别——“同意"不等于"完成基线问卷”。引用时务必区分:同意数用于描述项目规模,问卷完成数用于描述可用数据规模。
附录 U:被链接数据的时间窗如何影响研究设计
链接记录不是"全时段覆盖",每一张表都有自己的起止时间。这个细节决定了哪些研究问题在 OFH 上可行、哪些不可行。
住院(HES APC)回溯至 1997-04。 这意味着 1997 年之后发生的住院事件都可能被捕捉到——即使参与者 2023 年才加入 OFH。这是 OFH 相对"从加入才开始随访"的队列的最大优势:回顾性随访。做既往病史、术前合并症、长期结局研究时,这一点决定性。
死亡登记仅从 2022-06 起。 这是一处容易踩的坑:如果参与者 2019 年去世,其死亡记录不在 OFH 的 ONS 数据中。做生存分析时,2022 年前的死亡会被误判为"删失",从而高估生存率。正确做法是把研究起点设在 2022-06 之后,或明确说明左截断。
癌症登记分四张表、四个窗口。 患者肿瘤表到 2023-12、治疗表到 2025-06、路径表到 2024-07、1995 前表覆盖 1985-1994。做癌症发病率分析要用患者肿瘤表(有诊断日期),做治疗模式分析才用治疗表。混用会导致分子分母时间不一致。
急诊分两段。 HES A&E 到 2020-03,ECDS 从 2020-04 起。两段字段不同,做长期趋势分析要么分段报告,要么统一到 ECDS 字段模型后再合并。
配药从 2018-04 起。 这是所有链接表里回溯最短的一张(除死亡)。做长期用药史研究,2018 年前的暴露无法从配药记录获得,只能靠问卷自报。
每张表都有"临时数据"段。 R14 页对部分表标注了"临时(provisional)“窗口,如住院、门诊、ECDS 的 2025-04 至 2025-10。临时数据可能在下版修订,做近期事件分析时应标注"含临时数据”。
附录 V:四条失败案例复盘(虚构但典型)
以下四类失败模式在大型受控访问队列上反复出现,列出以便规避。案例为方法学归纳,不对应任何具体团队。
案例一:把 TRE 当下载站。 团队按"下载 700GB 基因数据后在本地集群训练"设计管线,申请获批进入 TRE 后才发现导出受限、算力按小时计费、模型权重二进制不可导出。返工代价:整条管线重写为 TRE 内执行。规避:在写申请前的方案设计阶段就假定"数据不出环境"。
案例二:表型定义跨队列不一致。 团队用 UK Biobank 训练的"2 型糖尿病"模型在 OFH 验证,AUC 从 0.82 掉到 0.66,起初归因于人群差异。复核发现两边的糖尿病定义不同:UK Biobank 用基线 HbA1c + 自报 + 用药,OFH 侧只用了自报。规避:跨队列研究先做表型对齐表,逐字段核对。
案例三:忽略基因子集的选择性。 团队把基因子集的族裔构成当作全队列构成写进论文,审稿人指出基因子集女性占 55.4%,而全队列 57.2%,说明子集本身有选择。规避:凡涉及基因子集的分析,单独报告该子集的人口学构成。
案例四:生存分析的左截断。 团队用 ONS 死亡登记做 2015 年起的研究期生存分析,结果生存率显著高于全国。原因是 2022-06 前的死亡不在数据中,被错误删失。规避:先画死亡日期分布,确认研究期起点在数据窗口内。
附录 W:TRE 内分析的性能与成本经验
基于官方公开信息可推出的几条成本规律(非实测,具体以 TRE rates card 为准):
- 简单笔记本约 £0.10/小时——做探索性分析、画图、小样本统计,成本可忽略;£500 额度足够数千小时。
- Spark 集群为高容量设计——处理 159,587,100 个变异 × 755,000 样本的矩阵时必须用集群,成本按节点小时累计,是主要开销来源。
- 存储也计费——官方明确额度可用于"算力与存储",长期驻留中间文件会持续消耗额度。
- £500 按人发放——同一项目的两名研究者各得 £500,合计 £1,000;用完需设置可计费钱包。
- 额度到期日 2027-08-31,须在 2027 年 9 月前用完——跨年度项目要规划额度消耗节奏,避免到期浪费。
实践建议:把"重计算、轻存储"作为 TRE 内的工作原则——中间结果及时聚合为小表,原始矩阵用后释放,避免长期驻留大文件消耗额度。
附录 X:数据申请被拒后的可能路径
Access Board 拒绝研究申请并不等于永久关门。可考虑的四条路径:
路径一:修订后重提。 针对拒绝理由修改研究设计、缩小数据需求范围、或补充通俗摘要,重新提交。官方未公布"重提次数限制",但每次都重新走 60 天审核。
路径二:缩小数据范围。 常见拒绝原因是"申请的数据远超研究所需"。把全量基因改为特定区域、把全量链接记录改为特定表,通过率通常提升。
路径三:改用其他 TRE。 官方明确允许在 OFH 的 TRE 无法满足需求时,申请在其他 TRE 中访问数据,需联系 access@。这条路径适合已有成熟分析环境的大型团队。
路径四:先做公开数据研究。 数据字典、编码文件、变异清单是公开的,可先做"基于字典的研究设计"或"变异清单的方法学研究",为正式申请积累材料。
注意:官方对研究目的的审查包含公共利益维度,纯商业目的或与健康研究无关的申请通过率低。商业机构在申请前应先联系 partnerships@ 讨论合作模式。
附录 Y:若要把 OFH 接入 AI 就绪流水线
对想做"AI-Ready 数据集"封装的团队,OFH 是一个特殊对象:它的原始数据无法离开 TRE,因此"数据集卡片"只能描述可访问性契约,而不能附带样本文件。可行的封装方式有三种:
方式一:元数据卡 + 访问契约。 发布一份描述数据结构、样本量、字段族、许可与访问流程的卡片,不附数据。用户按卡片去申请。这是本条目采用的方式。
方式二:TRE 内工具包。 若团队本身已获 OFH 访问权,可在 TRE 内维护一套标准化的加载、QC、表型定义脚本(Python/R),随项目分发。这实际上是把"数据产品"变成了"代码产品"。
方式三:合成数据。 用公开的分布统计生成结构相同的合成表,供管线开发与单元测试,真实数据只在 TRE 内跑最终验证。这是绕开"数据不出环境"限制的常见工程解法,但须明确标注"合成数据不可用于科学结论"。
三种方式的共同约束:任何封装都不得暗示"可以下载 OFH 数据"。一旦出现"下载链接",即违反 Resource T&C。
结语:给三类读者的三句话
给流行病学家:OFH 是英国目前最大的志愿者队列,绝对数优势在罕见病、年轻人群与少数族裔亚组;把它当发现队列用之前,先做加权与外部对照。
给机器学习研究者:它的价值在"训练集之外的独立测试集",而不在"更大的训练集";进 TRE 之前,先想清楚你的管线能不能在无本地数据、无 GPU 承诺、导出受限的条件下跑通。
给数据治理研究者:OFH 是一个把"可发现性"与"可获取性"彻底分离的样本——元数据几乎全公开,数据一行不出。研究这种分离如何影响科研产出,OFH 是极好的案例。
附录 Z:OFH 数据治理的五个设计抉择
OFH 的治理形态不是天然如此,而是五个明确抉择的结果。理解这些抉择,能帮助使用者预判未来版本可能的变化。
抉择一:集中式 TRE,而非联邦式查询。 OFH 选择把数据集中放在一个 TRE 里,让研究者进来分析;另一种路线是联邦式——数据留在各机构,只交换查询结果(如欧洲的若干联邦网络)。集中式的优点是分析能力强、数据一致;缺点是单点风险与"人有门槛"。OFH 选了前者,这与它作为单一国家项目的定位一致。
抉择二:行政链接优先于自报。 OFH 大量依赖 NHS 与 ONS 的行政记录,而不是让参与者反复自报。这让慢性病、用药、死亡的测量更客观,代价是"仅英格兰覆盖"与"链接失败即缺失"。
抉择三:付费,而非免费。 访问费被明确表述为"支撑项目长期可持续"。这与其他一些公共资助队列(免费开放给学术研究者)不同。付费的商业含义是:OFH 不单纯依赖拨款,而是把数据访问本身当作收入来源之一。
抉择四:认证门槛,而非形式承诺。 Registered Researcher 要求机构类型、IG 培训、机构级 T&C——三层都是实体性要求,不是点击"我同意"。这让访问链更慢,但把责任落到了机构而非个人。
抉择五:每半年发版,而非实时。 数据以半年度版本投放,而不是实时流入。这让版本可追溯、变更可记录,代价是研究结果总有"版本时点"标签。
五个抉择的组合效果:高信任、低速度、强可追溯。这与"快速迭代的 AI 研究"节奏天然冲突,也是 OFH 在 AI-Ready 光谱上"元数据高分、可获取性低分"的根源。
附录 AA:十条可直接引用的原句(附出处)
以下英文原句来自官方页面,可直接用于论文方法与局限性段落(引用时请注明抓取日期 2026-10-17 与对应页面)。
- “The Our Future Health programme is open to all adults (18 years and older) living in the UK.”(Data and cohort)
- “2,021,810 participants who have consented to take part and completed our baseline health questionnaire”(Data and cohort)
- “a subset of 1,690,704 participants successfully linked to an NHS number”(Data and cohort)
- “a subset of 755,000 participants who have been successfully genotyped and have imputed genetic data”(Data and cohort)
- “Data sets are stored and accessed in the Our Future Health Trusted Research Environment (TRE).”(Data and cohort)
- “The Our Future Health Trusted Research Environment (TRE) is built on the DNAnexus Platform.”(官方 gitbook 首页)
- “You’ll get a response within 2 weeks.”(Apply to access the data,指 Registered Researcher 认证)
- “Our Access Board will review your study application… You will get a response within 60 days.”(Apply to access the data)
- “If the Access Board approves your study application, you will need to pay to access the data you’ve requested.”(Apply to access the data)
- “All files must currently be human readable. You will not be able to share data across multiple studies that you might have.”(Analysing the data)
第 10 条的实务含义:出站文件既不能是压缩包也不能是二进制,因此导出的分析结果通常只能是 CSV、TSV、纯文本或图片。需要带出模型权重的团队应提前与 access@ 讨论可行方案。
原句的忠实度说明:第 10 条是两句话合并引用——前半句与后半句在官方页面同段相邻,但并非同一句。引用时建议分行标注,避免被误认为一句连续原文。
第 6 条的出处补充:该句出自 OFH 官方 gitbook 首页"About the Our Future Health Trusted Research Environment (TRE)"段;同一事实在 DNAnexus 官网 biobanks 页以"DNAnexus has been selected as the platform provider of the Trusted Research Environment for Our Future Health"表述,两源互证。
第 9 条的版本锚点:该句所在段落还写明"商业研究机构费用按机构类型与规模差异化,需联系 partnerships@",本条只引前半句时不应省略后半句的语境,否则会误导读者以为费用统一。
几条不宜单独引用的句子:官网的"2,021,810 participants"单独引用会丢失"这只是问卷层"的语境;"up to 5 million"单独引用会丢失"期限口径不一"的事实。引用数字时务必带上下文。
给非英语母语研究者的提示:官方条款中的"registered researcher"“study application”"Resource Terms and Conditions"都是专有名词(指向特定表单与特定文件),意译会丢失指向性。论文中应保留英文原名,中文解释放括号内。
引用注意:第 7、8、9 条的时限与费用是与版本绑定的——条款版本会滚动(如 Resource T&Cs 已到 2026-04 版 v2.5),引用时应同时写明"据 2026-10-17 页面"。
附录 AB:与 UK Biobank 的"能不能合并"技术论证
常被问到的问题:既然两者都是英国志愿者队列,能不能合并成一个更大的样本?
支持合并的表面理由:都是英国成年人、都有基因型、都有 NHS 链接记录、都用 DNAnexus。
反对合并的四条实质理由:
- 重复个体风险。两边的志愿者可能同时参加两个项目。OFH 与 UK Biobank 都不公开参与者名单,无法在队列层去重。合并后的"N=550 万"是一个上界,不是真实人数。
- 测量协议不同。OFH 的血压用 Omron、体重用 SECA 875;UK Biobank 的测量设备与流程不同。同一个"收缩压"在两个队列里有不同的测量误差结构。
- 问卷题目不同。OFH 问卷 v1 202 题、v2 286 题;UK Biobank 的触摸屏问卷是完全不同的题目集。跨队列合并需要做题目映射,而映射本身会引入测量不等价。
- 链接记录口径不同。两者都用 HES,但链接时点、去重规则、覆盖窗口不同。同一个住院事件在两边可能出现在不同的表里。
正确的替代方案:不做样本合并,做结果合并——在两个队列上独立跑同一分析,用 meta 分析合并效应量。这正是 Nature Medicine 2026 基线分析的做法(比较而非合并)。
附录 AC:缩写全表
| 缩写 | 全称 | 中文 |
|---|---|---|
| OFH | Our Future Health | (项目名,无标准中译) |
| TRE | Trusted Research Environment | 可信研究环境 |
| PID | Participant ID | 参与者标识 |
| IDTA | International Data Transfer Agreement | 国际数据传输协议 |
| EEA | European Economic Area | 欧洲经济区 |
| UK GDPR | UK General Data Protection Regulation | 英国通用数据保护条例 |
| IG | Information Governance | 信息治理 |
| HES | Hospital Episode Statistics | 医院事件统计 |
| APC | Admitted Patient Care | 住院诊疗 |
| OP | Outpatient | 门诊 |
| A&E | Accident and Emergency | 急诊 |
| ECDS | Emergency Care Data Set | 急诊数据集 |
| NDRS | National Disease Registration Service | 国家疾病登记服务 |
| ONS | Office for National Statistics | 国家统计局 |
| LSOA | Lower Layer Super Output Area | 下层超级输出区 |
| MSOA | Middle Layer Super Output Area | 中层超级输出区 |
| IMD | Index of Multiple Deprivation | 多重剥夺指数 |
| NPL | non-personalised letter | 非个性化信件 |
| POCT | Point-of-Care Testing | 即时检验 |
| PRS | Polygenic Risk Score | 多基因风险评分 |
| PCA | Principal Component Analysis | 主成分分析 |
| QC | Quality Control | 质量控制 |
| GWAS | Genome-Wide Association Study | 全基因组关联研究 |
| VCF / pVCF | Variant Call Format / pseudo-VCF | 变异调用格式 |
| BGEN | Binary GEN | 二进制基因型格式 |
| GRCh38 | Genome Reference Consortium Human Build 38 | 人类参考基因组第 38 版 |
| PAR | Pseudoautosomal Region | 拟常染色体区 |
| HDR UK | Health Data Research UK | 英国健康数据研究组织 |
| RAP | Research Analysis Platform | 研究分析平台(UK Biobank) |
| PI | Principal Investigator | 首席研究员 |
附录 AD:十项最常见的研究设计错误(附修正)
面向已经拿到访问权、正在写分析方案的团队。这十条按出现频率排序,每条给出错误写法与修正写法。
错误 1:用"同意人数"作分母。
错误:以论文的 2,461,601 同意者作分母算患病率。
修正:以问卷表 2,021,810 为分母,并声明该分母非随机样本。
错误 2:把基因子集当全队列。
错误:报告"参与者中女性占 55.4%“。
修正:报告"有基因数据的 755,000 人中女性占 55.4%”,另附全队列 57.2% 作对照。
错误 3:内连接所有表。
错误:把 participant、questionnaire、genotype、HES 直接内连接,得到"无缺失"的分析集。
修正:先声明主分析集(如问卷+基因),其余表左连接,报告各表可得率,做完整案例与多重插补两版敏感性分析。
错误 4:用自报族裔做遗传分层。
错误:按问卷族裔分组算 PRS 效应量。
修正:按基因祖源分组(142 组中选取样本足够的组),自报族裔用于社会流行病学分析。
错误 5:忽略链接的时间窗。
错误:以 2015 年为研究起点做死亡率分析。
修正:研究起点不早于 2022-06(ONS 死亡登记起始),或明确标注左截断。
错误 6:把 HES A&E 与 ECDS 直接拼接。
错误:concat 两表做 2015-2024 急诊趋势。
修正:分段分析(2015-2020 用 A&E,2020-2024 用 ECDS),或统一字段后合并并报告口径差异。
错误 7:不做生理合理性过滤。
错误:直接使用身高体重计算 BMI。
修正:剔除身高 <100cm 或 >220cm、体重 <25kg 或 >300kg、BMI 极值等,官方称异常值 <1% 但未处理。
错误 8:用自算 PCA 替代官方主成分。
错误:自己跑 PCA 做群体结构校正。
修正:用官方 40 个主成分载荷,保证与官方 QC 及他研究可比。
错误 9:忽略问卷版本。
错误:把所有 202 万人的某题直接合并分析。
修正:先查该题在四个版本的可得性,报告分版本可得率,必要时分层。
错误 10:把"研究结果"直接外推到全英。
错误:结论写"英国 X% 的成年人患有 Y"。
修正:结论写"在本志愿者队列中 X%,加权后估计为 Z%,与全国调查的差异为……"。
附录 AE:一句话记住 OFH
如果把整条目压缩成一句:OFH 是一个把 200 万英国人的问卷、160 万人的体检、170 万人的 NHS 记录与 75.5 万人的基因型锁在 DNAnexus 可信环境里的志愿者队列,你得先证明自己是谁、机构是谁、要研究什么,付了钱才能进去算。
这句话包含三个必须记住的要素:规模(分层数字)、治理(认证审批付费)、环境(不出 TRE)。
附录 AF:条目版本记录
| 日期 | 变更 | 依据 |
|---|---|---|
| 2026-10-17 | 初稿成稿;数据基线为 Release 14(2026-05-28);访问规则基线为 apply-to-access 页(Updated 2026-10-14) | 官方页面抓取 |
下次更新提示:官方每半年发一版,下一版(Release 15)预计在 2026 年 11-12 月。届时需更新 INFOBOX 六行数字、§2 资产表、§2.4 链接窗口、§4 构成表、附录 E,并核对 §6 的条款版本号。
相关数据集导航
以下为站内 AI-Ready 数据集百科中与本词条共享多个主题标签的相关数据集,按相关度降序排列:
- addhealth — 共享标签:公共卫生与流行病学 / 队列研究 / 基因组学与多组学 / 电子健康记录 / 调查数据
- charls — 共享标签:公共卫生与流行病学 / 队列研究 / 电子健康记录 / 调查数据
- sex-differences-hearing-loss — 共享标签:公共卫生与流行病学 / 队列研究 / 电子健康记录 / 调查数据
- share — 共享标签:公共卫生与流行病学 / 队列研究 / 电子健康记录 / 调查数据
- ckb — 共享标签:公共卫生与流行病学 / 队列研究 / 基因组学与多组学
- all-of-us — 共享标签:公共卫生与流行病学 / 队列研究 / 基因组学与多组学
- ohhr-hearing — 共享标签:公共卫生与流行病学 / 队列研究 / 电子健康记录 / 调查数据
- all-of-us-nih-legacy — 共享标签:队列研究 / 基因组学与多组学 / 电子健康记录
- hrs — 共享标签:公共卫生与流行病学 / 队列研究 / 电子健康记录
- metabric — 共享标签:队列研究 / 基因组学与多组学 / 电子健康记录
导航说明:本章节由全站统一标签体系自动计算生成(标签重合度算法),双向可达;点击链接可跳转至对应数据集词条。

