羊水单细胞RNA测序揭示胎儿发育独特见解（数据集）

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23655939

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 5.53 GB。

数据说明

概述 我们使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）构建了首个来自健康孕中期胎儿的羊水细胞图谱。对来自7例在妊娠15–25周时结构正常、核型正常的妊娠所采集的羊水样本进行了scRNA-seq，所有这些妊娠均最终分娩出健康的足月或近足月婴儿。采用Pool等人（2023）开发的改良转录组进行比对，以帮助减少计数稀疏性。使用有监督的细胞类型注释、无监督聚类和标记基因分析来确定羊水中存在的细胞类型。数据说明 所提供的数据集文件夹以压缩的.tar.gz格式提供。我们的数据以原始和细胞过滤后的Cell Ranger输出形式提供，分别使用标准的Cell Ranger参考转录组（CellRanger_no_optref.tar.gz）和Pool等人（2023）开发的优化参考转录组（CellRanger_optref.tar.gz）。Processed_Objects.tar.gz包含：由optref文件构建的、以Seurat格式提供的我们数据集的经过处理和注释的数据集（以及.csv格式的样本元数据）。我们样本与Gerli等人样本的整合数据集。

(2024)，以Seurat格式提供（附带样本元数据，格式为.csv）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。